More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_1428 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_1428  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 228 aa  464  9.999999999999999e-131  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00255062  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0054  DNA repair protein RadC  52 
 
 		 226 aa  247  1e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.00000000185738  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1625  DNA repair protein RadC  50.69 
 
 		 229 aa  216  2e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3086  DNA repair protein RadC  48.88 
 
 		 225 aa  207  9e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1864  DNA repair protein RadC  50.9 
 
 		 225 aa  207  1e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2442  DNA repair protein RadC  47.25 
 
 		 225 aa  199  3e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1909  DNA repair protein RadC  44.7 
 
 		 249 aa  190  1e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1283  DNA repair protein RadC  43.24 
 
 		 249 aa  190  2e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0949779  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1246  DNA repair protein RadC  43.78 
 
 		 246 aa  188  5.999999999999999e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.114408  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2599  DNA repair protein RadC  42.27 
 
 		 230 aa  181  1e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129734  normal  0.187954 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6762  DNA repair protein RadC  42.08 
 
 		 247 aa  174  7e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00351119  normal  0.181603 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7509  DNA repair protein RadC  42.08 
 
 		 242 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0732  DNA repair protein RadC  42.15 
 
 		 243 aa  172  2.9999999999999996e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2898  DNA repair protein RadC  40.53 
 
 		 241 aa  171  7.999999999999999e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.80937  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2270  DNA repair protein RadC  42.59 
 
 		 278 aa  170  2e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0335  DNA repair protein RadC  41.01 
 
 		 236 aa  170  2e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.75672 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0430  DNA repair protein RadC  41.01 
 
 		 254 aa  169  4e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0830  RadC family DNA repair protein  39.55 
 
 		 265 aa  168  7e-41  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0533914  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1511  DNA repair protein RadC  41.55 
 
 		 275 aa  167  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1454  DNA repair protein RadC  42.47 
 
 		 251 aa  166  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327679  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1709  DNA repair protein RadC  42.59 
 
 		 275 aa  165  5e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.537978 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1362  DNA repair protein RadC  36.32 
 
 		 228 aa  164  1.0000000000000001e-39  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1459  DNA repair protein RadC  42.13 
 
 		 260 aa  163  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.734795  hitchhiker  0.00198862 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2077  DNA repair protein RadC  38.29 
 
 		 238 aa  162  6e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0575  DNA repair protein RadC  38.71 
 
 		 242 aa  161  8.000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3569  DNA repair protein RadC  41.67 
 
 		 254 aa  161  1e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0720  DNA repair protein RadC  40.36 
 
 		 273 aa  159  3e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2304  DNA repair protein RadC  41.26 
 
 		 263 aa  159  4e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138327  normal  0.0504467 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1263  DNA repair protein RadC  37.61 
 
 		 272 aa  157  9e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.94843  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2163  DNA repair protein RadC  39.56 
 
 		 246 aa  157  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1240  DNA repair protein  37.61 
 
 		 275 aa  157  2e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.770366  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1462  RadC family DNA repair protein  37.61 
 
 		 271 aa  155  4e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.457457  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2483  DNA repair protein RadC  40 
 
 		 248 aa  154  8e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.582097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1171  DNA repair protein RadC  40.36 
 
 		 254 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2207  DNA repair protein RadC  39.11 
 
 		 248 aa  154  1e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.652517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1043  DNA repair protein RadC  38.43 
 
 		 226 aa  153  2e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.193077 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0585  DNA repair protein RadC  39.01 
 
 		 248 aa  151  8.999999999999999e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.489804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0286  DNA repair protein RadC  38.6 
 
 		 257 aa  149  2e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0389  DNA repair protein RadC  39.63 
 
 		 239 aa  149  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.741641  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0008  DNA repair protein RadC  40.81 
 
 		 258 aa  149  3e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0728991  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1493  DNA repair protein RadC  38.53 
 
 		 255 aa  146  3e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0152  DNA repair protein RadC  39.63 
 
 		 239 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0700  DNA repair protein RadC  40.09 
 
 		 250 aa  145  6e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2764  DNA repair protein RadC  42.15 
 
 		 261 aa  144  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2833  DNA repair protein RadC  42.71 
 
 		 223 aa  143  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1070  DNA repair protein RadC  36.2 
 
 		 272 aa  143  2e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0324215  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3283  DNA repair protein RadC  41.71 
 
 		 225 aa  144  2e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0363  DNA repair protein RadC  32.6 
 
 		 230 aa  141  9e-33  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2621  DNA repair protein RadC  39.44 
 
 		 246 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0257  DNA repair protein RadC  36.99 
 
 		 241 aa  138  4.999999999999999e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0757  DNA repair protein RadC  33.49 
 
 		 223 aa  138  6e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5205  DNA repair protein RadC  38.29 
 
 		 223 aa  137  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0559  DNA repair protein RadC  33.49 
 
 		 232 aa  135  5e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000678315  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1917  DNA repair protein RadC  36.14 
 
 		 237 aa  134  8e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0357  DNA repair protein RadC  33.18 
 
 		 224 aa  134  9.999999999999999e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4476  DNA repair protein RadC  37.93 
 
 		 230 aa  133  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.352364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0675  DNA repair protein RadC  38.68 
 
 		 253 aa  132  3.9999999999999996e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.461756  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0649  DNA repair protein RadC  31.58 
 
 		 230 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0301917  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0899  DNA repair protein RadC  34.76 
 
 		 226 aa  131  9e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0514  DNA repair protein RadC  34.13 
 
 		 241 aa  131  1.0000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120777  hitchhiker  0.000000000242554 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1467  DNA repair protein RadC  34.58 
 
 		 230 aa  128  6e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7387  DNA repair protein RadC  40.8 
 
 		 203 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.21794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1311  DNA repair protein RadC  32.57 
 
 		 245 aa  125  4.0000000000000003e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1733  DNA repair protein RadC  37.23 
 
 		 239 aa  125  4.0000000000000003e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.112707  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02919  DNA repair protein RadC  35.47 
 
 		 225 aa  125  6e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  35.55 
 
 		 224 aa  125  6e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  32.86 
 
 		 233 aa  125  7e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3794  DNA repair protein RadC  41.62 
 
 		 196 aa  124  8.000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0842954  unclonable  0.000000153517 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2550  DNA repair protein RadC  33.81 
 
 		 226 aa  123  2e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.727412  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3052  DNA repair protein RadC  40.8 
 
 		 209 aa  123  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.184717  normal  0.163227 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  34.58 
 
 		 232 aa  123  3e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3784  DNA repair protein RadC  35 
 
 		 231 aa  122  6e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3868  DNA repair protein RadC  34.5 
 
 		 231 aa  120  9.999999999999999e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.956659 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1254  DNA repair protein RadC  37.31 
 
 		 225 aa  121  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.700963  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2526  DNA repair protein RadC  34.42 
 
 		 257 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1890  DNA repair protein RadC  34.42 
 
 		 257 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5346  DNA repair protein RadC  41.41 
 
 		 253 aa  118  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.67199 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2501  DNA repair protein RadC  34.42 
 
 		 257 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.970207  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  35.86 
 
 		 224 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0376  DNA repair protein RadC  35.23 
 
 		 225 aa  116  3e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000147811  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4100  DNA repair protein RadC  32.32 
 
 		 221 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0607652  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4248  DNA repair protein RadC  35.23 
 
 		 225 aa  115  5e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  35.65 
 
 		 234 aa  115  5e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3481  DNA repair protein RadC  33.85 
 
 		 233 aa  115  5e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000421033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1530  DNA repair protein RadC  32.56 
 
 		 227 aa  115  6e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0606843  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3597  DNA repair protein RadC  35.23 
 
 		 225 aa  115  6e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0215962  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2935  DNA repair protein RadC  30.99 
 
 		 227 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.144285  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0359  DNA repair protein RadC  35.23 
 
 		 225 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.088498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3828  DNA repair protein RadC  32.31 
 
 		 225 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.760529  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3770  DNA repair protein RadC  35.23 
 
 		 225 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.625851  normal  0.642753 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14250  DNA repair protein RadC  30.69 
 
 		 228 aa  115  6.9999999999999995e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326992  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0402  DNA repair protein RadC  35.23 
 
 		 225 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000130829  hitchhiker  0.000000000166485 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4138  DNA repair protein RadC  31.34 
 
 		 228 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.592557  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0377  DNA repair protein RadC  35.23 
 
 		 225 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000108999  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0388  DNA repair protein RadC  35.23 
 
 		 225 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000131294  hitchhiker  0.0000732355 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0462  DNA repair protein RadC  34.72 
 
 		 225 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000108191  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3148  DNA repair protein RadC  34.85 
 
 		 259 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.886628  normal  0.925448 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05605  putative DNA repair protein  32.51 
 
 		 231 aa  113  2.0000000000000002e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.762004  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4390  DNA repair protein RadC  32.32 
 
 		 221 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00436549  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 224 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>