More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0008 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0008  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 258 aa  523  1e-147  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0728991  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2304  DNA repair protein RadC  71.48 
 
 		 263 aa  366  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138327  normal  0.0504467 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1171  DNA repair protein RadC  67.83 
 
 		 254 aa  349  3e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2764  DNA repair protein RadC  68.22 
 
 		 261 aa  338  5e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3569  DNA repair protein RadC  63.57 
 
 		 254 aa  331  7.000000000000001e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2833  DNA repair protein RadC  70.04 
 
 		 223 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0286  DNA repair protein RadC  64.06 
 
 		 257 aa  295  5e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0720  DNA repair protein RadC  61.75 
 
 		 273 aa  277  1e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2599  DNA repair protein RadC  58.53 
 
 		 230 aa  276  2e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129734  normal  0.187954 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6762  DNA repair protein RadC  59.29 
 
 		 247 aa  267  1e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00351119  normal  0.181603 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1709  DNA repair protein RadC  57.6 
 
 		 275 aa  265  5.999999999999999e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.537978 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2077  DNA repair protein RadC  57.21 
 
 		 238 aa  263  2e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1454  DNA repair protein RadC  54.07 
 
 		 251 aa  262  3e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327679  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0732  DNA repair protein RadC  57.14 
 
 		 243 aa  261  8.999999999999999e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7509  DNA repair protein RadC  57.52 
 
 		 242 aa  260  1e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1511  DNA repair protein RadC  56.68 
 
 		 275 aa  260  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2898  DNA repair protein RadC  54.62 
 
 		 241 aa  258  5.0000000000000005e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.80937  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2270  DNA repair protein RadC  55.11 
 
 		 278 aa  258  6e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1043  DNA repair protein RadC  57.6 
 
 		 226 aa  258  9e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.193077 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0575  DNA repair protein RadC  54.71 
 
 		 242 aa  257  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2163  DNA repair protein RadC  56.96 
 
 		 246 aa  256  3e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0335  DNA repair protein RadC  55.05 
 
 		 236 aa  254  1.0000000000000001e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.75672 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1459  DNA repair protein RadC  56.22 
 
 		 260 aa  252  5.000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.734795  hitchhiker  0.00198862 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1909  DNA repair protein RadC  54.39 
 
 		 249 aa  250  2e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2483  DNA repair protein RadC  56.5 
 
 		 248 aa  249  2e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.582097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2207  DNA repair protein RadC  56.5 
 
 		 248 aa  249  4e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.652517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0585  DNA repair protein RadC  55.27 
 
 		 248 aa  248  9e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.489804  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1283  DNA repair protein RadC  57.75 
 
 		 249 aa  246  3e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0949779  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0430  DNA repair protein RadC  54.25 
 
 		 254 aa  245  4.9999999999999997e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1246  DNA repair protein RadC  57.55 
 
 		 246 aa  244  6.999999999999999e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.114408  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0830  RadC family DNA repair protein  52.25 
 
 		 265 aa  244  9.999999999999999e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0533914  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0389  DNA repair protein RadC  55.72 
 
 		 239 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.741641  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0152  DNA repair protein RadC  54.85 
 
 		 239 aa  241  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0700  DNA repair protein RadC  54.85 
 
 		 250 aa  240  2e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2621  DNA repair protein RadC  50.69 
 
 		 246 aa  223  2e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1493  DNA repair protein RadC  48.39 
 
 		 255 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3052  DNA repair protein RadC  59.77 
 
 		 209 aa  214  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.184717  normal  0.163227 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1070  DNA repair protein RadC  48.85 
 
 		 272 aa  206  4e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0324215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7387  DNA repair protein RadC  56.82 
 
 		 203 aa  202  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.21794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1311  DNA repair protein RadC  44.7 
 
 		 245 aa  199  5e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4476  DNA repair protein RadC  47.8 
 
 		 230 aa  195  6e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.352364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3794  DNA repair protein RadC  55.88 
 
 		 196 aa  194  2e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0842954  unclonable  0.000000153517 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3721  DNA repair protein RadC  62.6 
 
 		 138 aa  189  4e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0768638  normal  0.946215 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0649  DNA repair protein RadC  41.94 
 
 		 230 aa  187  1e-46  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0301917  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0363  DNA repair protein RadC  41.01 
 
 		 230 aa  186  4e-46  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0357  DNA repair protein RadC  41.07 
 
 		 224 aa  182  5.0000000000000004e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5346  DNA repair protein RadC  49.33 
 
 		 253 aa  179  2.9999999999999997e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.67199 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5205  DNA repair protein RadC  45.79 
 
 		 223 aa  174  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1362  DNA repair protein RadC  38.32 
 
 		 228 aa  170  3e-41  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1263  DNA repair protein RadC  40.09 
 
 		 272 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.94843  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0675  DNA repair protein RadC  40.09 
 
 		 253 aa  163  2.0000000000000002e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.461756  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1462  RadC family DNA repair protein  39.63 
 
 		 271 aa  159  5e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.457457  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1240  DNA repair protein  39.17 
 
 		 275 aa  157  2e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.770366  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0229  DNA repair protein RadC  37.44 
 
 		 236 aa  156  2e-37  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0416143  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0054  DNA repair protein RadC  38.25 
 
 		 226 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.00000000185738  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  38.68 
 
 		 224 aa  150  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  39.62 
 
 		 224 aa  150  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0208  DNA repair protein RadC  45.03 
 
 		 221 aa  150  3e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0478736 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1428  DNA repair protein RadC  40.81 
 
 		 228 aa  149  3e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00255062  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1542  DNA repair protein RadC  59.06 
 
 		 162 aa  149  5e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0559  DNA repair protein RadC  34.56 
 
 		 232 aa  147  1.0000000000000001e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000678315  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0757  DNA repair protein RadC  38.25 
 
 		 223 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2442  DNA repair protein RadC  38.57 
 
 		 225 aa  145  6e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  37.26 
 
 		 224 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0257  DNA repair protein RadC  37.16 
 
 		 241 aa  143  3e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3283  DNA repair protein RadC  43.01 
 
 		 225 aa  142  4e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  38.79 
 
 		 224 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0585  DNA repair protein RadC  38.1 
 
 		 242 aa  139  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.92591 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0055  DNA repair protein RadC  36.79 
 
 		 222 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00110117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4155  DNA repair protein RadC  36.79 
 
 		 222 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000385869  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0061  DNA repair protein RadC  36.79 
 
 		 222 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000803057  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  36.45 
 
 		 224 aa  138  8.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1625  DNA repair protein RadC  38.22 
 
 		 229 aa  137  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  38.32 
 
 		 228 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2935  DNA repair protein RadC  34.4 
 
 		 227 aa  137  2e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.144285  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  36.49 
 
 		 224 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0818  DNA repair protein RadC  39.52 
 
 		 253 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00049  DNA repair protein RadC  36.87 
 
 		 225 aa  136  3.0000000000000003e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00103184  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0984  DNA repair protein RadC  41.04 
 
 		 278 aa  136  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2099  DNA repair protein RadC  41.04 
 
 		 278 aa  136  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.208076  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2646  DNA repair protein RadC  41.04 
 
 		 278 aa  136  4e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2230  DNA repair protein RadC  41.04 
 
 		 278 aa  136  4e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1139  DNA repair protein RadC  41.04 
 
 		 278 aa  136  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.437404  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0979  DNA repair protein RadC  41.04 
 
 		 278 aa  136  4e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1020  DNA repair protein RadC  41.04 
 
 		 278 aa  136  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.569834  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  36.92 
 
 		 224 aa  135  5e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0159  DNA repair protein RadC  37.74 
 
 		 221 aa  135  5e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130887  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  37.74 
 
 		 224 aa  135  8e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3086  DNA repair protein RadC  38.25 
 
 		 225 aa  135  8e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  37.26 
 
 		 224 aa  135  8e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1864  DNA repair protein RadC  37.75 
 
 		 225 aa  135  8e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  36.79 
 
 		 221 aa  134  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4100  DNA repair protein RadC  35.85 
 
 		 221 aa  134  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0607652  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4390  DNA repair protein RadC  36.32 
 
 		 221 aa  134  9.999999999999999e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00436549  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4063  DNA repair protein RadC  34.91 
 
 		 222 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000737579  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  34.91 
 
 		 222 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  36.32 
 
 		 221 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  40.85 
 
 		 232 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  36.32 
 
 		 221 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  36.32 
 
 		 221 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>