More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4476 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4476  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 230 aa  446  1.0000000000000001e-124  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.352364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1070  DNA repair protein RadC  63.8 
 
 		 272 aa  276  2e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0324215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1311  DNA repair protein RadC  56.09 
 
 		 245 aa  262  4e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2599  DNA repair protein RadC  48.48 
 
 		 230 aa  231  1e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129734  normal  0.187954 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2304  DNA repair protein RadC  50.43 
 
 		 263 aa  226  3e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138327  normal  0.0504467 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2270  DNA repair protein RadC  47.81 
 
 		 278 aa  222  3e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6762  DNA repair protein RadC  51.83 
 
 		 247 aa  222  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00351119  normal  0.181603 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2163  DNA repair protein RadC  52.29 
 
 		 246 aa  221  8e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2077  DNA repair protein RadC  50.89 
 
 		 238 aa  220  9.999999999999999e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2483  DNA repair protein RadC  50.22 
 
 		 248 aa  219  3e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.582097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7509  DNA repair protein RadC  50.92 
 
 		 242 aa  218  6e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2898  DNA repair protein RadC  47.39 
 
 		 241 aa  218  6e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.80937  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2207  DNA repair protein RadC  51.38 
 
 		 248 aa  217  1e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.652517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1454  DNA repair protein RadC  46.29 
 
 		 251 aa  216  2.9999999999999998e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327679  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2621  DNA repair protein RadC  47.98 
 
 		 246 aa  213  1.9999999999999998e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0430  DNA repair protein RadC  47.03 
 
 		 254 aa  213  1.9999999999999998e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1171  DNA repair protein RadC  50.23 
 
 		 254 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0575  DNA repair protein RadC  46.79 
 
 		 242 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1459  DNA repair protein RadC  48.17 
 
 		 260 aa  212  3.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.734795  hitchhiker  0.00198862 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0732  DNA repair protein RadC  49.55 
 
 		 243 aa  211  7.999999999999999e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1493  DNA repair protein RadC  50.91 
 
 		 255 aa  209  2e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1709  DNA repair protein RadC  48.17 
 
 		 275 aa  209  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.537978 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0008  DNA repair protein RadC  48.39 
 
 		 258 aa  209  4e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0728991  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1909  DNA repair protein RadC  48.86 
 
 		 249 aa  208  5e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0335  DNA repair protein RadC  43.84 
 
 		 236 aa  208  6e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.75672 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0152  DNA repair protein RadC  48.86 
 
 		 239 aa  207  1e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3569  DNA repair protein RadC  50.23 
 
 		 254 aa  206  2e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1511  DNA repair protein RadC  47.25 
 
 		 275 aa  206  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0585  DNA repair protein RadC  51.38 
 
 		 248 aa  205  6e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.489804  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1283  DNA repair protein RadC  49.09 
 
 		 249 aa  204  7e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0949779  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0286  DNA repair protein RadC  50.23 
 
 		 257 aa  204  8e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0700  DNA repair protein RadC  47.95 
 
 		 250 aa  201  6e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2764  DNA repair protein RadC  50.23 
 
 		 261 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1246  DNA repair protein RadC  48.84 
 
 		 246 aa  200  9.999999999999999e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.114408  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1043  DNA repair protein RadC  46.12 
 
 		 226 aa  199  1.9999999999999998e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.193077 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0389  DNA repair protein RadC  47.25 
 
 		 239 aa  197  7.999999999999999e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.741641  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2833  DNA repair protein RadC  51.06 
 
 		 223 aa  188  7e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0720  DNA repair protein RadC  43.93 
 
 		 273 aa  186  2e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0363  DNA repair protein RadC  38.53 
 
 		 230 aa  178  7e-44  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0357  DNA repair protein RadC  38.03 
 
 		 224 aa  177  1e-43  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0649  DNA repair protein RadC  37.16 
 
 		 230 aa  176  2e-43  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0301917  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0830  RadC family DNA repair protein  41.28 
 
 		 265 aa  175  6e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0533914  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0675  DNA repair protein RadC  40.89 
 
 		 253 aa  166  2e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.461756  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1362  DNA repair protein RadC  36.28 
 
 		 228 aa  165  5e-40  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3052  DNA repair protein RadC  47.37 
 
 		 209 aa  165  5.9999999999999996e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.184717  normal  0.163227 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5346  DNA repair protein RadC  42.98 
 
 		 253 aa  159  4e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.67199 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5205  DNA repair protein RadC  44.65 
 
 		 223 aa  153  2.9999999999999998e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7387  DNA repair protein RadC  45.35 
 
 		 203 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.21794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0229  DNA repair protein RadC  36.89 
 
 		 236 aa  150  2e-35  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0416143  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3794  DNA repair protein RadC  46.78 
 
 		 196 aa  150  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0842954  unclonable  0.000000153517 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1263  DNA repair protein RadC  35.22 
 
 		 272 aa  146  3e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.94843  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1240  DNA repair protein  35.53 
 
 		 275 aa  145  4.0000000000000006e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.770366  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1462  RadC family DNA repair protein  35.81 
 
 		 271 aa  144  1e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.457457  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1428  DNA repair protein RadC  38.79 
 
 		 228 aa  142  4e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00255062  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0054  DNA repair protein RadC  38.53 
 
 		 226 aa  141  7e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.00000000185738  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3721  DNA repair protein RadC  45.04 
 
 		 138 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0768638  normal  0.946215 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2935  DNA repair protein RadC  33.03 
 
 		 227 aa  136  3.0000000000000003e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.144285  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0757  DNA repair protein RadC  34.4 
 
 		 223 aa  132  3.9999999999999996e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0208  DNA repair protein RadC  39.77 
 
 		 221 aa  131  7.999999999999999e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0478736 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0559  DNA repair protein RadC  29.82 
 
 		 232 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000678315  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0257  DNA repair protein RadC  34.25 
 
 		 241 aa  130  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3086  DNA repair protein RadC  39.45 
 
 		 225 aa  129  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3283  DNA repair protein RadC  39.04 
 
 		 225 aa  127  1.0000000000000001e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2442  DNA repair protein RadC  34.86 
 
 		 225 aa  126  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1864  DNA repair protein RadC  36.14 
 
 		 225 aa  125  6e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1542  DNA repair protein RadC  44.2 
 
 		 162 aa  122  3e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0899  DNA repair protein RadC  34.1 
 
 		 226 aa  122  6e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0270  DNA repair protein RadC  30.81 
 
 		 211 aa  121  9e-27  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1625  DNA repair protein RadC  35.94 
 
 		 229 aa  120  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0625  DNA repair protein RadC, putative  29.63 
 
 		 218 aa  120  9.999999999999999e-27  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.42242  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2526  DNA repair protein RadC  39.25 
 
 		 257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1890  DNA repair protein RadC  39.25 
 
 		 257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2501  DNA repair protein RadC  39.25 
 
 		 257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.970207  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2550  DNA repair protein RadC  33.18 
 
 		 226 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.727412  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  34.58 
 
 		 224 aa  118  6e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  38.28 
 
 		 232 aa  118  6e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0777  DNA repair protein RadC  37.26 
 
 		 229 aa  118  7.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0585  DNA repair protein RadC  36.41 
 
 		 242 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.92591 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  37.81 
 
 		 224 aa  118  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1307  DNA repair protein RadC  35.75 
 
 		 231 aa  117  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00169173  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1630  DNA repair protein RadC  34.82 
 
 		 234 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1642  DNA repair protein RadC  37.27 
 
 		 235 aa  116  1.9999999999999998e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000389911  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  32.72 
 
 		 236 aa  116  3e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000438114  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5833  DNA repair protein RadC  37.38 
 
 		 257 aa  116  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2419  DNA repair protein RadC  42.25 
 
 		 258 aa  116  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.610645  hitchhiker  0.00254058 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  32.71 
 
 		 233 aa  115  6e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2548  DNA repair protein RadC  41.78 
 
 		 258 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  37.31 
 
 		 224 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0210  DNA repair protein RadC  35.45 
 
 		 244 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.567078  normal  0.0524973 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  33.64 
 
 		 224 aa  113  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  35.32 
 
 		 224 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0037  DNA repair protein RadC  37.64 
 
 		 233 aa  112  4.0000000000000004e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  35.51 
 
 		 224 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0327  DNA repair protein RadC  35.85 
 
 		 225 aa  112  6e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000320995  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1412  DNA repair protein RadC  32.24 
 
 		 227 aa  111  7.000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0818  DNA repair protein RadC  37.5 
 
 		 253 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0767  DNA repair protein RadC  38.2 
 
 		 233 aa  110  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488652 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3148  DNA repair protein RadC  37.19 
 
 		 259 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.886628  normal  0.925448 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  36.32 
 
 		 224 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0794  DNA repair protein RadC  39.37 
 
 		 256 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.132133 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>