More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_3283 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_3283  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 225 aa  456  1e-127  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0757  DNA repair protein RadC  46.82 
 
 		 223 aa  208  5e-53  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1362  DNA repair protein RadC  39.62 
 
 		 228 aa  183  2.0000000000000003e-45  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0257  DNA repair protein RadC  43.84 
 
 		 241 aa  182  5.0000000000000004e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0559  DNA repair protein RadC  39.27 
 
 		 232 aa  181  9.000000000000001e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000678315  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0830  RadC family DNA repair protein  43.19 
 
 		 265 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0533914  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1511  DNA repair protein RadC  44.34 
 
 		 275 aa  171  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1493  DNA repair protein RadC  41.1 
 
 		 255 aa  171  9e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1709  DNA repair protein RadC  43.87 
 
 		 275 aa  170  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.537978 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0335  DNA repair protein RadC  43.14 
 
 		 236 aa  167  8e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.75672 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1909  DNA repair protein RadC  44.34 
 
 		 249 aa  167  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2270  DNA repair protein RadC  45.1 
 
 		 278 aa  167  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1454  DNA repair protein RadC  43.66 
 
 		 251 aa  167  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327679  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1283  DNA repair protein RadC  45.1 
 
 		 249 aa  166  2e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0949779  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1246  DNA repair protein RadC  45.1 
 
 		 246 aa  167  2e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.114408  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0430  DNA repair protein RadC  44.12 
 
 		 254 aa  166  2e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2599  DNA repair protein RadC  42.45 
 
 		 230 aa  166  4e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129734  normal  0.187954 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0054  DNA repair protein RadC  39.91 
 
 		 226 aa  163  2.0000000000000002e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.00000000185738  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2163  DNA repair protein RadC  44.61 
 
 		 246 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0585  DNA repair protein RadC  45.1 
 
 		 248 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.489804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0008  DNA repair protein RadC  42.86 
 
 		 258 aa  162  3e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0728991  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2304  DNA repair protein RadC  43.32 
 
 		 263 aa  162  4.0000000000000004e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138327  normal  0.0504467 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2207  DNA repair protein RadC  44.12 
 
 		 248 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.652517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2621  DNA repair protein RadC  39.19 
 
 		 246 aa  161  8.000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1459  DNA repair protein RadC  41.04 
 
 		 260 aa  161  8.000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.734795  hitchhiker  0.00198862 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2483  DNA repair protein RadC  43.63 
 
 		 248 aa  160  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.582097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1043  DNA repair protein RadC  39.81 
 
 		 226 aa  160  2e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.193077 
 
 
-
 
NC_002936  DET1462  RadC family DNA repair protein  38.99 
 
 		 271 aa  159  4e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.457457  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1240  DNA repair protein  38.53 
 
 		 275 aa  158  6e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.770366  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1625  DNA repair protein RadC  39.72 
 
 		 229 aa  158  8e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0575  DNA repair protein RadC  39.71 
 
 		 242 aa  157  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1263  DNA repair protein RadC  38.07 
 
 		 272 aa  157  2e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.94843  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1171  DNA repair protein RadC  40.55 
 
 		 254 aa  156  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1428  DNA repair protein RadC  39.62 
 
 		 228 aa  156  3e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00255062  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7509  DNA repair protein RadC  43.4 
 
 		 242 aa  156  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6762  DNA repair protein RadC  43.87 
 
 		 247 aa  155  6e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00351119  normal  0.181603 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2898  DNA repair protein RadC  41.67 
 
 		 241 aa  153  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.80937  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0363  DNA repair protein RadC  37.16 
 
 		 230 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0732  DNA repair protein RadC  41.67 
 
 		 243 aa  152  4e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3086  DNA repair protein RadC  39.82 
 
 		 225 aa  152  4e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1070  DNA repair protein RadC  41.28 
 
 		 272 aa  151  8e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0324215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2442  DNA repair protein RadC  37.5 
 
 		 225 aa  150  1e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0389  DNA repair protein RadC  43.14 
 
 		 239 aa  150  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.741641  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0700  DNA repair protein RadC  43.14 
 
 		 250 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0152  DNA repair protein RadC  43.14 
 
 		 239 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0675  DNA repair protein RadC  38.43 
 
 		 253 aa  149  3e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.461756  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2077  DNA repair protein RadC  40.19 
 
 		 238 aa  149  4e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0286  DNA repair protein RadC  37.79 
 
 		 257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0720  DNA repair protein RadC  39.15 
 
 		 273 aa  143  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  38.14 
 
 		 224 aa  142  4e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  38.68 
 
 		 221 aa  140  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  38.68 
 
 		 221 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  38.68 
 
 		 221 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  38.68 
 
 		 221 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  38.68 
 
 		 221 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3569  DNA repair protein RadC  37.9 
 
 		 254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1864  DNA repair protein RadC  39.41 
 
 		 225 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0649  DNA repair protein RadC  36.24 
 
 		 230 aa  139  3e-32  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0301917  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1311  DNA repair protein RadC  36.2 
 
 		 245 aa  139  3e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2764  DNA repair protein RadC  38.71 
 
 		 261 aa  138  6e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  36.74 
 
 		 228 aa  137  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2833  DNA repair protein RadC  41.4 
 
 		 223 aa  136  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0794  DNA repair protein RadC  38.68 
 
 		 256 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.132133 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0979  DNA repair protein RadC  41.71 
 
 		 278 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2230  DNA repair protein RadC  41.71 
 
 		 278 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1020  DNA repair protein RadC  41.71 
 
 		 278 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.569834  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1139  DNA repair protein RadC  41.71 
 
 		 278 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.437404  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2099  DNA repair protein RadC  41.71 
 
 		 278 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.208076  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2646  DNA repair protein RadC  41.71 
 
 		 278 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0984  DNA repair protein RadC  41.71 
 
 		 278 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2935  DNA repair protein RadC  34.09 
 
 		 227 aa  133  3e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.144285  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  36.45 
 
 		 224 aa  132  5e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0781  DNA repair protein RadC  41.23 
 
 		 262 aa  132  5e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.527544  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1890  DNA repair protein RadC  37.38 
 
 		 257 aa  131  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2526  DNA repair protein RadC  37.38 
 
 		 257 aa  131  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2501  DNA repair protein RadC  37.38 
 
 		 257 aa  131  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.970207  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  36.45 
 
 		 224 aa  131  7.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  36.45 
 
 		 224 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3784  DNA repair protein RadC  37.56 
 
 		 231 aa  129  2.0000000000000002e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  38.03 
 
 		 234 aa  129  5.0000000000000004e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3481  DNA repair protein RadC  35.21 
 
 		 233 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000421033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5833  DNA repair protein RadC  36.92 
 
 		 257 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5335  DNA repair protein RadC  40.47 
 
 		 226 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00550179 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  33.18 
 
 		 224 aa  127  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1654  DNA repair protein RadC  36.28 
 
 		 237 aa  127  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0794365  normal  0.385806 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4100  DNA repair protein RadC  34.43 
 
 		 221 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0607652  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7387  DNA repair protein RadC  40.59 
 
 		 203 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.21794  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00049  DNA repair protein RadC  33.64 
 
 		 225 aa  126  3e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00103184  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  36.92 
 
 		 224 aa  126  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  36.45 
 
 		 224 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02919  DNA repair protein RadC  36.28 
 
 		 225 aa  125  4.0000000000000003e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03495  DNA repair protein RadC  35.38 
 
 		 222 aa  125  5e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0032943  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03447  hypothetical protein  35.38 
 
 		 222 aa  125  5e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3052  DNA repair protein RadC  40.59 
 
 		 209 aa  125  6e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.184717  normal  0.163227 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3837  DNA repair protein RadC  33.8 
 
 		 225 aa  125  6e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00013144  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0585  DNA repair protein RadC  36.19 
 
 		 242 aa  125  6e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.92591 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0067  DNA repair protein RadC  35.38 
 
 		 222 aa  124  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000216711  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5008  DNA repair protein RadC  35.38 
 
 		 222 aa  124  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000900324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0818  DNA repair protein RadC  36.19 
 
 		 253 aa  124  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4139  DNA repair protein RadC  35.38 
 
 		 222 aa  124  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000017896  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>