More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_5335 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_5335  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 226 aa  448  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00550179 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5194  DNA repair protein RadC  84.96 
 
 		 235 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0102732  normal  0.30357 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5284  DNA repair protein RadC  84.44 
 
 		 226 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0186  DNA repair protein RadC  81.42 
 
 		 226 aa  374  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.953222  hitchhiker  0.000000662884 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  66.96 
 
 		 224 aa  301  4.0000000000000003e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  66.07 
 
 		 224 aa  292  2e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  60.71 
 
 		 224 aa  286  2e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  63.39 
 
 		 224 aa  285  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  61.16 
 
 		 224 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  62.95 
 
 		 224 aa  285  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0222  DNA repair protein RadC  60.27 
 
 		 224 aa  285  5e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  60.27 
 
 		 224 aa  268  5e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  59.01 
 
 		 224 aa  264  8.999999999999999e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  59.82 
 
 		 223 aa  261  6.999999999999999e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2291  DNA repair protein RadC  57.66 
 
 		 242 aa  257  1e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0121519 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  56.31 
 
 		 224 aa  251  8.000000000000001e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  56.7 
 
 		 224 aa  250  2e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  55.36 
 
 		 224 aa  248  6e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  52.23 
 
 		 224 aa  246  2e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  52.23 
 
 		 224 aa  246  3e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2155  DNA repair protein RadC  55.36 
 
 		 223 aa  243  9.999999999999999e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.365065  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2972  DNA repair protein RadC  56.25 
 
 		 224 aa  243  9.999999999999999e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  53.57 
 
 		 224 aa  243  1.9999999999999999e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  54.02 
 
 		 224 aa  242  3.9999999999999997e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0327  DNA repair protein RadC  56.25 
 
 		 225 aa  240  2e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000320995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3828  DNA repair protein RadC  53.78 
 
 		 225 aa  237  9e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.760529  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0358  DNA repair protein RadC  54.5 
 
 		 224 aa  236  1e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0528  DNA repair protein RadC  54.5 
 
 		 224 aa  236  1e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.204187  unclonable  0.0000000000301239 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  53.15 
 
 		 228 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  54.46 
 
 		 224 aa  233  2.0000000000000002e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0326  DNA repair protein RadC  53.57 
 
 		 225 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0170314  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02919  DNA repair protein RadC  52.68 
 
 		 225 aa  233  2.0000000000000002e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  53.6 
 
 		 224 aa  232  3e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0376  DNA repair protein RadC  56.7 
 
 		 225 aa  229  2e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000147811  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0462  DNA repair protein RadC  56.25 
 
 		 225 aa  229  2e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000108191  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  51.35 
 
 		 224 aa  229  2e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  51.79 
 
 		 224 aa  229  3e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0125  DNA repair protein RadC  50.89 
 
 		 242 aa  228  5e-59  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.695011  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0110  DNA repair protein RadC  50.89 
 
 		 242 aa  228  5e-59  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  50.89 
 
 		 224 aa  228  6e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0377  DNA repair protein RadC  56.7 
 
 		 225 aa  228  6e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000108999  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0388  DNA repair protein RadC  56.7 
 
 		 225 aa  228  6e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000131294  hitchhiker  0.0000732355 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0402  DNA repair protein RadC  56.7 
 
 		 225 aa  228  6e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000130829  hitchhiker  0.000000000166485 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  50.9 
 
 		 224 aa  225  4e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0046  DNA repair protein RadC  47.77 
 
 		 224 aa  223  1e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.178856  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  51.56 
 
 		 234 aa  223  2e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3837  DNA repair protein RadC  52.23 
 
 		 225 aa  222  3e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00013144  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3481  DNA repair protein RadC  52.23 
 
 		 233 aa  222  3e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000421033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3597  DNA repair protein RadC  55.36 
 
 		 225 aa  222  3e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0215962  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4248  DNA repair protein RadC  55.36 
 
 		 225 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0359  DNA repair protein RadC  55.36 
 
 		 225 aa  221  4.9999999999999996e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.088498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3770  DNA repair protein RadC  55.36 
 
 		 225 aa  221  4.9999999999999996e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.625851  normal  0.642753 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1789  DNA repair protein  50.9 
 
 		 224 aa  220  9.999999999999999e-57  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.582251  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0385  DNA repair protein RadC  52.23 
 
 		 225 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00103198  hitchhiker  0.000000153707 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4561  DNA repair protein RadC  50.45 
 
 		 225 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000169917  hitchhiker  0.00000617306 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00049  DNA repair protein RadC  47.56 
 
 		 225 aa  218  7.999999999999999e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00103184  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  50.89 
 
 		 224 aa  214  8e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1254  DNA repair protein RadC  50.67 
 
 		 225 aa  214  9.999999999999999e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.700963  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1654  DNA repair protein RadC  48.1 
 
 		 237 aa  206  2e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0794365  normal  0.385806 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3339  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 224 aa  202  4e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0155907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0056  DNA repair protein RadC  43.5 
 
 		 225 aa  202  4e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.183755  normal  0.0623388 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0055  DNA repair protein RadC  44.55 
 
 		 222 aa  202  5e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00110117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4155  DNA repair protein RadC  44.55 
 
 		 222 aa  202  5e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000385869  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0061  DNA repair protein RadC  44.55 
 
 		 222 aa  202  5e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000803057  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3450  DNA repair protein RadC  47.9 
 
 		 238 aa  201  7e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.268052  normal  0.632907 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3252  DNA repair protein RadC  48.29 
 
 		 234 aa  201  8e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2777  DNA repair protein RadC  47.48 
 
 		 238 aa  199  1.9999999999999998e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  49.11 
 
 		 244 aa  197  9e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1917  DNA repair protein RadC  45.74 
 
 		 237 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0585  DNA repair protein RadC  47.25 
 
 		 242 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.92591 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5833  DNA repair protein RadC  46.98 
 
 		 257 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  45.91 
 
 		 221 aa  196  2.0000000000000003e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4390  DNA repair protein RadC  46.12 
 
 		 221 aa  194  6e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00436549  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0144  DNA repair protein RadC  44.6 
 
 		 222 aa  194  6e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00783617  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4842  DNA repair protein RadC  44.14 
 
 		 227 aa  194  8.000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000109613  hitchhiker  0.0000409278 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4100  DNA repair protein RadC  45.21 
 
 		 221 aa  193  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0607652  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3773  DNA repair protein RadC  46.84 
 
 		 237 aa  192  5e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4033  DNA repair protein RadC  51.56 
 
 		 225 aa  191  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0491  DNA repair protein RadC  44.09 
 
 		 226 aa  191  1e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4139  DNA repair protein RadC  44.6 
 
 		 222 aa  190  2e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000017896  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5008  DNA repair protein RadC  44.6 
 
 		 222 aa  190  2e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000900324  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0159  DNA repair protein RadC  44.09 
 
 		 221 aa  189  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130887  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4063  DNA repair protein RadC  44.6 
 
 		 222 aa  190  2e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000737579  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3973  DNA repair protein RadC  44.6 
 
 		 222 aa  190  2e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000015619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  44.6 
 
 		 222 aa  190  2e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0067  DNA repair protein RadC  44.6 
 
 		 222 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000216711  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0818  DNA repair protein RadC  44.29 
 
 		 253 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0073  DNA repair protein RadC  44.6 
 
 		 214 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000433644  hitchhiker  0.000000188277 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1834  DNA repair protein RadC  45.7 
 
 		 227 aa  188  5e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03495  DNA repair protein RadC  44.13 
 
 		 222 aa  188  7e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0032943  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2119  DNA repair protein RadC  45.05 
 
 		 227 aa  188  7e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03447  hypothetical protein  44.13 
 
 		 222 aa  188  7e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1890  DNA repair protein RadC  46.05 
 
 		 257 aa  187  8e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2526  DNA repair protein RadC  46.05 
 
 		 257 aa  187  8e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2501  DNA repair protein RadC  46.05 
 
 		 257 aa  187  8e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.970207  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3142  DNA repair protein RadC  50.45 
 
 		 226 aa  186  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00442306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0794  DNA repair protein RadC  47.42 
 
 		 256 aa  186  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.132133 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2695  DNA repair protein RadC  52.7 
 
 		 222 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  43.66 
 
 		 221 aa  182  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3148  DNA repair protein RadC  44.29 
 
 		 259 aa  182  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.886628  normal  0.925448 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>