More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_2442 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_2442  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 225 aa  457  9.999999999999999e-129  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1864  DNA repair protein RadC  66.67 
 
 		 225 aa  301  7.000000000000001e-81  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3086  DNA repair protein RadC  65.33 
 
 		 225 aa  293  1e-78  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1625  DNA repair protein RadC  53.46 
 
 		 229 aa  241  9e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1428  DNA repair protein RadC  47.25 
 
 		 228 aa  199  3e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00255062  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0054  DNA repair protein RadC  47.27 
 
 		 226 aa  198  7e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.00000000185738  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7509  DNA repair protein RadC  43.52 
 
 		 242 aa  177  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1709  DNA repair protein RadC  41.63 
 
 		 275 aa  175  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.537978 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2599  DNA repair protein RadC  40.99 
 
 		 230 aa  174  8e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129734  normal  0.187954 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6762  DNA repair protein RadC  42.59 
 
 		 247 aa  173  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00351119  normal  0.181603 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2270  DNA repair protein RadC  43.06 
 
 		 278 aa  174  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2898  DNA repair protein RadC  41.01 
 
 		 241 aa  172  3.9999999999999995e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.80937  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1459  DNA repair protein RadC  43.11 
 
 		 260 aa  172  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.734795  hitchhiker  0.00198862 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0335  DNA repair protein RadC  40.55 
 
 		 236 aa  172  5e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.75672 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1511  DNA repair protein RadC  41.44 
 
 		 275 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1909  DNA repair protein RadC  40.44 
 
 		 249 aa  169  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1283  DNA repair protein RadC  40.45 
 
 		 249 aa  167  1e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0949779  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1246  DNA repair protein RadC  40.45 
 
 		 246 aa  167  1e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.114408  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0575  DNA repair protein RadC  39.17 
 
 		 242 aa  166  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0430  DNA repair protein RadC  40.09 
 
 		 254 aa  166  4e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1362  DNA repair protein RadC  38.99 
 
 		 228 aa  164  9e-40  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2077  DNA repair protein RadC  41.28 
 
 		 238 aa  162  3e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0585  DNA repair protein RadC  43.32 
 
 		 248 aa  161  7e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.489804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1454  DNA repair protein RadC  40.72 
 
 		 251 aa  161  8.000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327679  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2621  DNA repair protein RadC  42.01 
 
 		 246 aa  159  3e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0363  DNA repair protein RadC  37.16 
 
 		 230 aa  158  5e-38  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0649  DNA repair protein RadC  38.07 
 
 		 230 aa  157  9e-38  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0301917  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2483  DNA repair protein RadC  41.01 
 
 		 248 aa  156  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.582097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0700  DNA repair protein RadC  40.99 
 
 		 250 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2207  DNA repair protein RadC  40.55 
 
 		 248 aa  155  6e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.652517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0389  DNA repair protein RadC  41.01 
 
 		 239 aa  154  9e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.741641  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2163  DNA repair protein RadC  40.55 
 
 		 246 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0152  DNA repair protein RadC  40.09 
 
 		 239 aa  152  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2304  DNA repair protein RadC  39.63 
 
 		 263 aa  151  5.9999999999999996e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138327  normal  0.0504467 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0757  DNA repair protein RadC  36.82 
 
 		 223 aa  150  1e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1311  DNA repair protein RadC  38.99 
 
 		 245 aa  149  3e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0830  RadC family DNA repair protein  37.5 
 
 		 265 aa  148  5e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0533914  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1070  DNA repair protein RadC  38.01 
 
 		 272 aa  149  5e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0324215  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0559  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 232 aa  148  8e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000678315  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1240  DNA repair protein  37.33 
 
 		 275 aa  146  2.0000000000000003e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.770366  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0732  DNA repair protein RadC  37.56 
 
 		 243 aa  146  3e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0720  DNA repair protein RadC  36.49 
 
 		 273 aa  145  5e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0008  DNA repair protein RadC  38.57 
 
 		 258 aa  145  5e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0728991  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1171  DNA repair protein RadC  39.07 
 
 		 254 aa  145  6e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1263  DNA repair protein RadC  36.87 
 
 		 272 aa  143  2e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.94843  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1462  RadC family DNA repair protein  36.41 
 
 		 271 aa  142  5e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.457457  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0357  DNA repair protein RadC  33.94 
 
 		 224 aa  142  6e-33  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1043  DNA repair protein RadC  35.84 
 
 		 226 aa  141  7e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.193077 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2764  DNA repair protein RadC  41.4 
 
 		 261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1493  DNA repair protein RadC  39.01 
 
 		 255 aa  137  1e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3283  DNA repair protein RadC  37.5 
 
 		 225 aa  137  1e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5205  DNA repair protein RadC  37.61 
 
 		 223 aa  135  6.0000000000000005e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0286  DNA repair protein RadC  36.65 
 
 		 257 aa  135  7.000000000000001e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3569  DNA repair protein RadC  37.67 
 
 		 254 aa  134  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0818  DNA repair protein RadC  35.71 
 
 		 253 aa  131  6.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0675  DNA repair protein RadC  35.19 
 
 		 253 aa  131  7.999999999999999e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.461756  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3052  DNA repair protein RadC  42.13 
 
 		 209 aa  130  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.184717  normal  0.163227 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0257  DNA repair protein RadC  34.4 
 
 		 241 aa  131  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3148  DNA repair protein RadC  36.15 
 
 		 259 aa  129  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.886628  normal  0.925448 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2833  DNA repair protein RadC  41.27 
 
 		 223 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0585  DNA repair protein RadC  34.27 
 
 		 242 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.92591 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1467  DNA repair protein RadC  35.05 
 
 		 230 aa  126  3e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2935  DNA repair protein RadC  29.96 
 
 		 227 aa  122  3e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.144285  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7387  DNA repair protein RadC  39.66 
 
 		 203 aa  122  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.21794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  32.56 
 
 		 224 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  34.27 
 
 		 224 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0794  DNA repair protein RadC  34.74 
 
 		 256 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.132133 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  32.86 
 
 		 222 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03495  DNA repair protein RadC  32.86 
 
 		 222 aa  119  3e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0032943  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03447  hypothetical protein  32.86 
 
 		 222 aa  119  3e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3973  DNA repair protein RadC  32.86 
 
 		 222 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000015619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0073  DNA repair protein RadC  32.86 
 
 		 214 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000433644  hitchhiker  0.000000188277 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4139  DNA repair protein RadC  32.86 
 
 		 222 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000017896  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5008  DNA repair protein RadC  32.86 
 
 		 222 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000900324  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0067  DNA repair protein RadC  32.86 
 
 		 222 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000216711  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4063  DNA repair protein RadC  32.86 
 
 		 222 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000737579  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0979  DNA repair protein RadC  35.21 
 
 		 278 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2646  DNA repair protein RadC  35.21 
 
 		 278 aa  119  6e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2099  DNA repair protein RadC  35.21 
 
 		 278 aa  119  6e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.208076  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2230  DNA repair protein RadC  35.21 
 
 		 278 aa  119  6e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1139  DNA repair protein RadC  35.21 
 
 		 278 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.437404  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0781  DNA repair protein RadC  35.21 
 
 		 262 aa  118  6e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.527544  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1020  DNA repair protein RadC  35.21 
 
 		 278 aa  119  6e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.569834  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0984  DNA repair protein RadC  35.21 
 
 		 278 aa  119  6e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4476  DNA repair protein RadC  34.33 
 
 		 230 aa  117  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.352364  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  33.8 
 
 		 224 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  34.27 
 
 		 224 aa  116  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00049  DNA repair protein RadC  29.3 
 
 		 225 aa  116  3e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00103184  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  33.64 
 
 		 244 aa  115  5e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3794  DNA repair protein RadC  39.31 
 
 		 196 aa  115  5e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0842954  unclonable  0.000000153517 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3252  DNA repair protein RadC  33.04 
 
 		 234 aa  115  6e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2526  DNA repair protein RadC  32.71 
 
 		 257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  32.09 
 
 		 224 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5833  DNA repair protein RadC  31.46 
 
 		 257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1890  DNA repair protein RadC  32.71 
 
 		 257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2548  DNA repair protein RadC  34.56 
 
 		 258 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2501  DNA repair protein RadC  32.71 
 
 		 257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.970207  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  34.74 
 
 		 224 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3784  DNA repair protein RadC  31.96 
 
 		 231 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 224 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>