More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_1493 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_1493  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 255 aa  507  1e-143  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2621  DNA repair protein RadC  59.73 
 
 		 246 aa  271  6e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0335  DNA repair protein RadC  55.5 
 
 		 236 aa  249  4e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.75672 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2270  DNA repair protein RadC  56.42 
 
 		 278 aa  245  6e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1511  DNA repair protein RadC  57.34 
 
 		 275 aa  245  6e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0575  DNA repair protein RadC  54.59 
 
 		 242 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1459  DNA repair protein RadC  56.88 
 
 		 260 aa  244  9.999999999999999e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.734795  hitchhiker  0.00198862 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2207  DNA repair protein RadC  56.71 
 
 		 248 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.652517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2163  DNA repair protein RadC  57.8 
 
 		 246 aa  243  3e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0430  DNA repair protein RadC  54.59 
 
 		 254 aa  243  3e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1709  DNA repair protein RadC  56.88 
 
 		 275 aa  242  5e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.537978 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2483  DNA repair protein RadC  58.26 
 
 		 248 aa  241  7e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.582097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7509  DNA repair protein RadC  53.53 
 
 		 242 aa  240  2e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3569  DNA repair protein RadC  53 
 
 		 254 aa  238  6.999999999999999e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1171  DNA repair protein RadC  53 
 
 		 254 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6762  DNA repair protein RadC  55.96 
 
 		 247 aa  237  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00351119  normal  0.181603 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1909  DNA repair protein RadC  55.5 
 
 		 249 aa  236  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0732  DNA repair protein RadC  53.88 
 
 		 243 aa  236  2e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0152  DNA repair protein RadC  55.96 
 
 		 239 aa  236  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2599  DNA repair protein RadC  49.79 
 
 		 230 aa  236  4e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129734  normal  0.187954 
 
 
-
 
NC_004310  BR1283  DNA repair protein RadC  55.05 
 
 		 249 aa  234  8e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0949779  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2304  DNA repair protein RadC  52.53 
 
 		 263 aa  233  2.0000000000000002e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138327  normal  0.0504467 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1454  DNA repair protein RadC  52.75 
 
 		 251 aa  233  2.0000000000000002e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327679  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0830  RadC family DNA repair protein  49.54 
 
 		 265 aa  232  4.0000000000000004e-60  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0533914  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1246  DNA repair protein RadC  55.4 
 
 		 246 aa  232  5e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.114408  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0700  DNA repair protein RadC  55.05 
 
 		 250 aa  232  6e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2898  DNA repair protein RadC  54.59 
 
 		 241 aa  231  1e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.80937  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2077  DNA repair protein RadC  52.75 
 
 		 238 aa  231  1e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1070  DNA repair protein RadC  50.82 
 
 		 272 aa  229  3e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0324215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0389  DNA repair protein RadC  54.13 
 
 		 239 aa  229  4e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.741641  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0286  DNA repair protein RadC  46.96 
 
 		 257 aa  225  5.0000000000000005e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0585  DNA repair protein RadC  57.34 
 
 		 248 aa  222  6e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.489804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1043  DNA repair protein RadC  47.49 
 
 		 226 aa  221  8e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.193077 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2764  DNA repair protein RadC  52.53 
 
 		 261 aa  219  5e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0008  DNA repair protein RadC  48.39 
 
 		 258 aa  214  9e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0728991  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1311  DNA repair protein RadC  46.25 
 
 		 245 aa  207  2e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7387  DNA repair protein RadC  54.36 
 
 		 203 aa  202  4e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.21794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2833  DNA repair protein RadC  52.15 
 
 		 223 aa  201  7e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3052  DNA repair protein RadC  57.89 
 
 		 209 aa  198  6e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.184717  normal  0.163227 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0363  DNA repair protein RadC  43.12 
 
 		 230 aa  196  3e-49  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4476  DNA repair protein RadC  50.91 
 
 		 230 aa  195  6e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.352364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0720  DNA repair protein RadC  45.54 
 
 		 273 aa  193  3e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0649  DNA repair protein RadC  41.28 
 
 		 230 aa  190  2e-47  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0301917  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0357  DNA repair protein RadC  38.07 
 
 		 224 aa  184  2.0000000000000003e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1362  DNA repair protein RadC  39.25 
 
 		 228 aa  174  1.9999999999999998e-42  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3794  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 196 aa  172  2.9999999999999996e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0842954  unclonable  0.000000153517 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0054  DNA repair protein RadC  41.28 
 
 		 226 aa  159  4e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.00000000185738  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5205  DNA repair protein RadC  41.59 
 
 		 223 aa  159  5e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0675  DNA repair protein RadC  39.19 
 
 		 253 aa  158  9e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.461756  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1263  DNA repair protein RadC  36.24 
 
 		 272 aa  156  3e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.94843  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0757  DNA repair protein RadC  36.24 
 
 		 223 aa  155  7e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1462  RadC family DNA repair protein  35.53 
 
 		 271 aa  155  8e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.457457  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1240  DNA repair protein  36.24 
 
 		 275 aa  153  2e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.770366  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3283  DNA repair protein RadC  42.13 
 
 		 225 aa  152  5e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5346  DNA repair protein RadC  44.6 
 
 		 253 aa  151  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.67199 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0208  DNA repair protein RadC  46.86 
 
 		 221 aa  150  2e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0478736 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0210  DNA repair protein RadC  40 
 
 		 244 aa  147  1.0000000000000001e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.567078  normal  0.0524973 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1428  DNA repair protein RadC  38.53 
 
 		 228 aa  146  4.0000000000000006e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00255062  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3086  DNA repair protein RadC  42.2 
 
 		 225 aa  145  6e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0229  DNA repair protein RadC  35.78 
 
 		 236 aa  145  8.000000000000001e-34  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0416143  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0257  DNA repair protein RadC  35.4 
 
 		 241 aa  144  1e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2935  DNA repair protein RadC  33.78 
 
 		 227 aa  141  9e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.144285  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  38.97 
 
 		 232 aa  139  3e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3721  DNA repair protein RadC  48.09 
 
 		 138 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0768638  normal  0.946215 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1542  DNA repair protein RadC  50.81 
 
 		 162 aa  138  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2442  DNA repair protein RadC  39.01 
 
 		 225 aa  137  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0559  DNA repair protein RadC  31.19 
 
 		 232 aa  135  6.0000000000000005e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000678315  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  41.4 
 
 		 234 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1864  DNA repair protein RadC  40.59 
 
 		 225 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1412  DNA repair protein RadC  35.05 
 
 		 227 aa  132  6e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1625  DNA repair protein RadC  37.04 
 
 		 229 aa  131  9e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  36.92 
 
 		 224 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  38.46 
 
 		 224 aa  130  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1825  DNA repair protein RadC  32.55 
 
 		 233 aa  128  1.0000000000000001e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  32.86 
 
 		 221 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  32.86 
 
 		 221 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2376  DNA repair protein RadC  32.69 
 
 		 232 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000665213  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  32.86 
 
 		 221 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  32.86 
 
 		 221 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  32.86 
 
 		 221 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  37.31 
 
 		 224 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0176  DNA repair protein RadC  34.83 
 
 		 225 aa  127  2.0000000000000002e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.260187  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  37.81 
 
 		 224 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1467  DNA repair protein RadC  37.1 
 
 		 230 aa  126  4.0000000000000003e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0899  DNA repair protein RadC  31.16 
 
 		 226 aa  125  5e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3148  DNA repair protein RadC  35.24 
 
 		 259 aa  125  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.886628  normal  0.925448 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  33.18 
 
 		 233 aa  125  6e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0625  DNA repair protein RadC, putative  30.56 
 
 		 218 aa  125  7e-28  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.42242  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2550  DNA repair protein RadC  32.56 
 
 		 226 aa  124  1e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.727412  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2526  DNA repair protein RadC  36.92 
 
 		 257 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1890  DNA repair protein RadC  36.92 
 
 		 257 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2501  DNA repair protein RadC  36.92 
 
 		 257 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.970207  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  37.96 
 
 		 224 aa  123  2e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3784  DNA repair protein RadC  35.11 
 
 		 231 aa  122  4e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0585  DNA repair protein RadC  34.29 
 
 		 242 aa  122  5e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.92591 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  34.76 
 
 		 224 aa  122  5e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03495  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 222 aa  122  7e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0032943  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03447  hypothetical protein  33.33 
 
 		 222 aa  122  7e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3582  DNA repair protein RadC  32.72 
 
 		 229 aa  122  7e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  37.81 
 
 		 228 aa  122  8e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>