More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1542 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1542  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 162 aa  332  1e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0793  DNA repair protein RadC  89.47 
 
 		 128 aa  212  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.542741 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1171  DNA repair protein RadC  62.31 
 
 		 254 aa  166  1e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2764  DNA repair protein RadC  57.14 
 
 		 261 aa  161  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2304  DNA repair protein RadC  56.55 
 
 		 263 aa  160  8.000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138327  normal  0.0504467 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0286  DNA repair protein RadC  57.14 
 
 		 257 aa  156  1e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3569  DNA repair protein RadC  58.73 
 
 		 254 aa  154  5.0000000000000005e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2599  DNA repair protein RadC  48.77 
 
 		 230 aa  152  2e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129734  normal  0.187954 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0335  DNA repair protein RadC  51.52 
 
 		 236 aa  150  7e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.75672 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0008  DNA repair protein RadC  59.06 
 
 		 258 aa  149  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0728991  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0389  DNA repair protein RadC  52.8 
 
 		 239 aa  146  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.741641  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0575  DNA repair protein RadC  50.81 
 
 		 242 aa  145  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0700  DNA repair protein RadC  55.46 
 
 		 250 aa  144  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6762  DNA repair protein RadC  56.67 
 
 		 247 aa  144  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00351119  normal  0.181603 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0732  DNA repair protein RadC  52.24 
 
 		 243 aa  144  6e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7509  DNA repair protein RadC  57.52 
 
 		 242 aa  144  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0152  DNA repair protein RadC  54.62 
 
 		 239 aa  144  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1454  DNA repair protein RadC  51.15 
 
 		 251 aa  144  7.0000000000000006e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327679  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0430  DNA repair protein RadC  52.8 
 
 		 254 aa  143  9e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1459  DNA repair protein RadC  49.28 
 
 		 260 aa  142  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.734795  hitchhiker  0.00198862 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2270  DNA repair protein RadC  49.24 
 
 		 278 aa  142  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0720  DNA repair protein RadC  52.46 
 
 		 273 aa  138  1.9999999999999998e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1909  DNA repair protein RadC  50.41 
 
 		 249 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1283  DNA repair protein RadC  51.26 
 
 		 249 aa  138  3e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0949779  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1246  DNA repair protein RadC  51.69 
 
 		 246 aa  138  3.9999999999999997e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.114408  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1493  DNA repair protein RadC  50.81 
 
 		 255 aa  138  3.9999999999999997e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5346  DNA repair protein RadC  52.89 
 
 		 253 aa  136  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.67199 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1709  DNA repair protein RadC  49.24 
 
 		 275 aa  136  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.537978 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1511  DNA repair protein RadC  48.48 
 
 		 275 aa  135  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5205  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 223 aa  133  8e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2163  DNA repair protein RadC  53.33 
 
 		 246 aa  133  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2207  DNA repair protein RadC  51.67 
 
 		 248 aa  130  6.999999999999999e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.652517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3721  DNA repair protein RadC  51.24 
 
 		 138 aa  130  7.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0768638  normal  0.946215 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2483  DNA repair protein RadC  51.67 
 
 		 248 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.582097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2833  DNA repair protein RadC  66.67 
 
 		 223 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2077  DNA repair protein RadC  45.8 
 
 		 238 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2898  DNA repair protein RadC  45.45 
 
 		 241 aa  128  3e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.80937  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0585  DNA repair protein RadC  52.94 
 
 		 248 aa  128  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.489804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1070  DNA repair protein RadC  48.51 
 
 		 272 aa  127  5.0000000000000004e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0324215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2621  DNA repair protein RadC  48.44 
 
 		 246 aa  126  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1043  DNA repair protein RadC  46.28 
 
 		 226 aa  123  9e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.193077 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4476  DNA repair protein RadC  44.2 
 
 		 230 aa  122  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.352364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1311  DNA repair protein RadC  42.03 
 
 		 245 aa  122  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0208  DNA repair protein RadC  46.88 
 
 		 221 aa  119  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0478736 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0830  RadC family DNA repair protein  41.94 
 
 		 265 aa  118  3.9999999999999996e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0533914  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  45.33 
 
 		 224 aa  117  7.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0363  DNA repair protein RadC  36.15 
 
 		 230 aa  113  7.999999999999999e-25  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2319  DNA repair protein RadC  44.76 
 
 		 169 aa  113  7.999999999999999e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.094604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1867  DNA repair protein RadC  41.96 
 
 		 168 aa  110  8.000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0357  DNA repair protein RadC  36.23 
 
 		 224 aa  109  1.0000000000000001e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0649  DNA repair protein RadC  35.07 
 
 		 230 aa  109  1.0000000000000001e-23  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0301917  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  44.06 
 
 		 224 aa  106  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31260  RadC-like protein  43.17 
 
 		 168 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145795  unclonable  2.34568e-22 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  43.45 
 
 		 224 aa  106  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  44.83 
 
 		 224 aa  106  1e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  50.43 
 
 		 234 aa  106  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2620  hypothetical protein  37.75 
 
 		 169 aa  104  6e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.521517 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3005  DNA repair protein RadC  43.45 
 
 		 164 aa  104  6e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0946  DNA repair protein RadC  44.62 
 
 		 164 aa  103  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2184  DNA repair protein RadC  44.62 
 
 		 164 aa  103  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2396  DNA repair protein  44.62 
 
 		 164 aa  103  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3052  DNA repair protein RadC  53.12 
 
 		 209 aa  102  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.184717  normal  0.163227 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  41.96 
 
 		 224 aa  102  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36040  DNA repair protein RadC-like protein  38.62 
 
 		 168 aa  102  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3538  DNA repair protein RadC  41.79 
 
 		 169 aa  102  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  41.89 
 
 		 224 aa  102  3e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08165  DNA repair protein RadC  40.14 
 
 		 305 aa  102  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1362  DNA repair protein RadC  36.03 
 
 		 228 aa  101  5e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  40.14 
 
 		 224 aa  100  7e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  40.14 
 
 		 224 aa  100  7e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  39.16 
 
 		 224 aa  99.8  1e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0308  RadC family DNA repair protein  39.86 
 
 		 159 aa  100  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00747747  hitchhiker  0.00434898 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1181  DNA repair protein RadC  40.28 
 
 		 165 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.426303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  39.44 
 
 		 224 aa  99.8  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0358  DNA repair protein RadC  42.14 
 
 		 224 aa  99.8  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0528  DNA repair protein RadC  42.14 
 
 		 224 aa  99.8  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.204187  unclonable  0.0000000000301239 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3148  DNA repair protein RadC  43.94 
 
 		 259 aa  98.6  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.886628  normal  0.925448 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2357  DNA repair protein RadC  44.96 
 
 		 160 aa  99  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.162482  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1032  DNA repair protein RadC  39.16 
 
 		 160 aa  98.2  4e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2636  DNA repair protein RadC  38.46 
 
 		 168 aa  98.2  4e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0606643 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 233 aa  98.2  4e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  40.85 
 
 		 224 aa  98.2  4e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  41.67 
 
 		 224 aa  97.8  5e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02919  DNA repair protein RadC  42.42 
 
 		 225 aa  97.8  5e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  40.43 
 
 		 244 aa  97.8  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0585  DNA repair protein RadC  41.35 
 
 		 242 aa  97.4  6e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.92591 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1402  DNA repair protein, RadC family  36.42 
 
 		 158 aa  97.4  7e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0957622 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4157  DNA repair protein RadC  42.07 
 
 		 168 aa  97.4  7e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2916  DNA repair protein RadC  47.31 
 
 		 167 aa  97.1  8e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3410  RadC family DNA repair protein  36.42 
 
 		 158 aa  97.1  8e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4680  DNA repair protein, RadC family  36.42 
 
 		 158 aa  97.1  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0750  RadC family DNA repair protein  40.28 
 
 		 162 aa  97.1  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4804  RadC family DNA repair protein  36.42 
 
 		 158 aa  97.1  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0695  DNA repair protein RadC  47.89 
 
 		 222 aa  96.7  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.63774 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  39.86 
 
 		 224 aa  96.7  1e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3209  RadC family DNA repair protein  36.42 
 
 		 158 aa  97.1  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1825  DNA repair protein RadC  43.14 
 
 		 233 aa  96.7  1e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2855  DNA repair protein, RadC family  35.76 
 
 		 158 aa  95.9  2e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.109102 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1062  RadC family DNA repair protein  35.76 
 
 		 158 aa  96.3  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.130862 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1383  putative DNA repair protein RadC  38.62 
 
 		 158 aa  95.9  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>