More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_1032 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_1032  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 160 aa  328  2e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0308  RadC family DNA repair protein  94.97 
 
 		 159 aa  309  1e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00747747  hitchhiker  0.00434898 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3359  DNA repair protein RadC  81.82 
 
 		 158 aa  244  4e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2855  DNA repair protein, RadC family  77.86 
 
 		 158 aa  230  6e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.109102 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4680  DNA repair protein, RadC family  77.86 
 
 		 158 aa  230  7.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1655  DNA repair protein RadC  77.86 
 
 		 148 aa  230  8.000000000000001e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.153921  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3209  RadC family DNA repair protein  77.86 
 
 		 158 aa  229  8.000000000000001e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4804  RadC family DNA repair protein  77.86 
 
 		 158 aa  229  1e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1125  DNA repair protein, RadC family  77.14 
 
 		 158 aa  228  2e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2246  RadC family DNA repair protein  77.86 
 
 		 158 aa  228  2e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1402  DNA repair protein, RadC family  77.86 
 
 		 158 aa  228  3e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0957622 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4896  RadC family DNA repair protein  77.14 
 
 		 158 aa  228  4e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3350  RadC family DNA repair protein  76.43 
 
 		 158 aa  227  5e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3410  RadC family DNA repair protein  77.14 
 
 		 158 aa  227  6e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1062  RadC family DNA repair protein  77.14 
 
 		 158 aa  225  2e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.130862 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1772  DNA repair protein RadC  62.5 
 
 		 160 aa  206  7e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0323381  normal  0.027226 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3443  DNA repair protein RadC  58.49 
 
 		 159 aa  189  2e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0474  DNA repair protein RadC  56.95 
 
 		 157 aa  181  4.0000000000000006e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.995091 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3133  DNA repair protein RadC  58.28 
 
 		 156 aa  179  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0278844  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1383  DNA repair protein RadC  53.15 
 
 		 157 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0932  DNA repair protein RadC  53.25 
 
 		 157 aa  160  9e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.96706  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0692  DNA repair protein RadC  50.98 
 
 		 158 aa  157  7e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2888  DNA repair protein RadC  51.05 
 
 		 157 aa  156  9e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0750  RadC family DNA repair protein  46.88 
 
 		 162 aa  149  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4157  DNA repair protein RadC  53.74 
 
 		 168 aa  149  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2184  DNA repair protein RadC  50.71 
 
 		 164 aa  144  4.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2396  DNA repair protein  50.71 
 
 		 164 aa  144  5e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0946  DNA repair protein RadC  50.71 
 
 		 164 aa  144  6e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0685  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 164 aa  144  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.605515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1252  DNA repair protein RadC  46.71 
 
 		 169 aa  144  7.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31260  RadC-like protein  44.38 
 
 		 168 aa  143  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145795  unclonable  2.34568e-22 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1867  DNA repair protein RadC  43.79 
 
 		 168 aa  143  8.000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2319  DNA repair protein RadC  48.97 
 
 		 169 aa  143  9e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.094604  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2620  hypothetical protein  46.71 
 
 		 169 aa  143  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.521517 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36040  DNA repair protein RadC-like protein  48.98 
 
 		 168 aa  143  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2357  DNA repair protein RadC  49.66 
 
 		 160 aa  142  2e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.162482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  55.2 
 
 		 224 aa  142  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1182  DNA repair protein RadC  47.86 
 
 		 164 aa  142  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2636  DNA repair protein RadC  47.62 
 
 		 168 aa  142  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0606643 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1658  hypothetical protein  49.66 
 
 		 169 aa  142  2e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00985169  normal  0.385856 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1134  DNA repair protein RadC  49.32 
 
 		 169 aa  142  3e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2951  DNA repair protein, RadC family protein  50 
 
 		 158 aa  139  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.606536  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2347  DNA repair protein RadC  53.6 
 
 		 169 aa  139  9.999999999999999e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00287634  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  49.31 
 
 		 221 aa  139  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3538  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 169 aa  139  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001836  DNA repair protein RadC  55.74 
 
 		 158 aa  139  1.9999999999999998e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1273  DNA repair protein RadC  53.6 
 
 		 168 aa  139  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1383  putative DNA repair protein RadC  50.69 
 
 		 158 aa  138  3e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1254  DNA repair protein RadC  47.14 
 
 		 164 aa  138  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.621293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1396  DNA repair protein RadC  47.14 
 
 		 164 aa  138  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  52.63 
 
 		 244 aa  136  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3426  DNA repair protein RadC  47.14 
 
 		 164 aa  136  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334518 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  51.8 
 
 		 224 aa  135  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0492  DNA repair protein RadC  46.41 
 
 		 167 aa  135  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  52.46 
 
 		 224 aa  135  3.0000000000000003e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2861  DNA repair protein RadC  47.86 
 
 		 166 aa  134  4e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  47.74 
 
 		 224 aa  134  4e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  51.67 
 
 		 228 aa  134  5e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  48.76 
 
 		 221 aa  134  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  48.76 
 
 		 221 aa  134  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  48.76 
 
 		 221 aa  134  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  48.76 
 
 		 221 aa  134  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  50.75 
 
 		 224 aa  132  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  45.96 
 
 		 224 aa  132  9.999999999999999e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  52.52 
 
 		 224 aa  133  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  48.92 
 
 		 224 aa  133  9.999999999999999e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4181  DNA repair protein RadC  45.71 
 
 		 164 aa  133  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0593458  normal  0.95657 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2355  DNA repair protein RadC  45 
 
 		 164 aa  132  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000960813  unclonable  0.000000132381 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4100  DNA repair protein RadC  50.41 
 
 		 221 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0607652  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03495  DNA repair protein RadC  45.83 
 
 		 222 aa  132  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0032943  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0067  DNA repair protein RadC  45.83 
 
 		 222 aa  132  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000216711  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4139  DNA repair protein RadC  45.83 
 
 		 222 aa  132  3e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000017896  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5008  DNA repair protein RadC  45.83 
 
 		 222 aa  132  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000900324  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03447  hypothetical protein  45.83 
 
 		 222 aa  132  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  45.83 
 
 		 222 aa  132  3e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3005  DNA repair protein RadC  48.57 
 
 		 164 aa  131  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0073  DNA repair protein RadC  45.83 
 
 		 214 aa  132  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000433644  hitchhiker  0.000000188277 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3973  DNA repair protein RadC  45.83 
 
 		 222 aa  132  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000015619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4155  DNA repair protein RadC  57.69 
 
 		 222 aa  131  3.9999999999999996e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000385869  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  48.92 
 
 		 224 aa  131  3.9999999999999996e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0061  DNA repair protein RadC  57.69 
 
 		 222 aa  131  3.9999999999999996e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000803057  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0055  DNA repair protein RadC  57.69 
 
 		 222 aa  131  3.9999999999999996e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00110117  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  47.93 
 
 		 221 aa  130  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4063  DNA repair protein RadC  46.61 
 
 		 222 aa  131  5e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000737579  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4390  DNA repair protein RadC  49.59 
 
 		 221 aa  130  6e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00436549  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0101  DNA repair protein RadC  46.67 
 
 		 221 aa  130  7.999999999999999e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000716823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3773  DNA repair protein RadC  52.46 
 
 		 237 aa  130  7.999999999999999e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0159  DNA repair protein RadC  50.41 
 
 		 221 aa  129  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130887  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  52.24 
 
 		 223 aa  129  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3450  DNA repair protein RadC  52.63 
 
 		 238 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.268052  normal  0.632907 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3339  DNA repair protein RadC  50.38 
 
 		 224 aa  128  3e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0155907  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2777  DNA repair protein RadC  53.49 
 
 		 238 aa  128  3e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0144  DNA repair protein RadC  48.33 
 
 		 222 aa  128  3e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00783617  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  48.78 
 
 		 224 aa  128  3e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  50.34 
 
 		 234 aa  128  4.0000000000000003e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1789  DNA repair protein  47.55 
 
 		 224 aa  128  4.0000000000000003e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.582251  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  51.08 
 
 		 224 aa  128  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  47.15 
 
 		 224 aa  127  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2231  DNA repair protein RadC  56.67 
 
 		 193 aa  126  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.173334  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3142  DNA repair protein RadC  56.45 
 
 		 226 aa  126  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00442306  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>