More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3426 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_3426  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 164 aa  330  4e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334518 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1254  DNA repair protein RadC  82.32 
 
 		 164 aa  286  1e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.621293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1396  DNA repair protein RadC  82.32 
 
 		 164 aa  286  1e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2355  DNA repair protein RadC  81.1 
 
 		 164 aa  282  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000960813  unclonable  0.000000132381 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1182  DNA repair protein RadC  81.1 
 
 		 164 aa  278  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4181  DNA repair protein RadC  76.22 
 
 		 164 aa  270  5.000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0593458  normal  0.95657 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0685  DNA repair protein RadC  73.17 
 
 		 164 aa  256  1e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.605515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2396  DNA repair protein  71.95 
 
 		 164 aa  252  1.0000000000000001e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0946  DNA repair protein RadC  71.95 
 
 		 164 aa  251  3e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2184  DNA repair protein RadC  71.34 
 
 		 164 aa  250  5.000000000000001e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2861  DNA repair protein RadC  55.83 
 
 		 166 aa  187  4e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0492  DNA repair protein RadC  54.86 
 
 		 167 aa  165  2.9999999999999998e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2319  DNA repair protein RadC  55.94 
 
 		 169 aa  160  8.000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.094604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3005  DNA repair protein RadC  53.47 
 
 		 164 aa  157  5e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36040  DNA repair protein RadC-like protein  54.55 
 
 		 168 aa  153  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2620  hypothetical protein  56.49 
 
 		 169 aa  151  4e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.521517 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3298  DNA repair protein RadC  51.59 
 
 		 164 aa  150  5e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.170702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  60.66 
 
 		 224 aa  151  5e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2636  DNA repair protein RadC  53.15 
 
 		 168 aa  150  7e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0606643 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3538  DNA repair protein RadC  53.15 
 
 		 169 aa  150  8e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  59.02 
 
 		 224 aa  150  8.999999999999999e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31260  RadC-like protein  53.85 
 
 		 168 aa  149  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145795  unclonable  2.34568e-22 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2927  DNA repair protein RadC  51.61 
 
 		 164 aa  150  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.445882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1273  DNA repair protein RadC  52.45 
 
 		 168 aa  149  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1772  DNA repair protein RadC  52.86 
 
 		 160 aa  147  4e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0323381  normal  0.027226 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1867  DNA repair protein RadC  52.45 
 
 		 168 aa  148  4e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  57.26 
 
 		 224 aa  147  6e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2347  DNA repair protein RadC  54.68 
 
 		 169 aa  147  8e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00287634  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54860  hypothetical protein  46.41 
 
 		 202 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000637442  unclonable  3.01496e-22 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  56.59 
 
 		 224 aa  145  2.0000000000000003e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1658  hypothetical protein  47.65 
 
 		 169 aa  144  7.0000000000000006e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00985169  normal  0.385856 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  56.56 
 
 		 224 aa  143  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  54.69 
 
 		 224 aa  143  1e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4033  DNA repair protein RadC  47.24 
 
 		 225 aa  142  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0125  DNA repair protein RadC  52.34 
 
 		 242 aa  142  2e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.695011  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  56.56 
 
 		 224 aa  142  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1252  DNA repair protein RadC  50.35 
 
 		 169 aa  142  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0110  DNA repair protein RadC  52.34 
 
 		 242 aa  142  2e-33  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2695  DNA repair protein RadC  61.29 
 
 		 222 aa  141  4e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  54.1 
 
 		 224 aa  140  6e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3359  DNA repair protein RadC  50.35 
 
 		 158 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3339  DNA repair protein RadC  55.93 
 
 		 224 aa  139  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0155907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  50.35 
 
 		 224 aa  139  1.9999999999999998e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0528  DNA repair protein RadC  45.12 
 
 		 224 aa  139  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.204187  unclonable  0.0000000000301239 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0358  DNA repair protein RadC  45.12 
 
 		 224 aa  139  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  54.4 
 
 		 224 aa  139  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  56.2 
 
 		 234 aa  139  1.9999999999999998e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  57.14 
 
 		 244 aa  138  3e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5335  DNA repair protein RadC  59.17 
 
 		 226 aa  138  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00550179 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 224 aa  137  4.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1383  putative DNA repair protein RadC  44.83 
 
 		 158 aa  137  7e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5284  DNA repair protein RadC  57.5 
 
 		 226 aa  136  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5194  DNA repair protein RadC  57.5 
 
 		 235 aa  136  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0102732  normal  0.30357 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0692  DNA repair protein RadC  49.31 
 
 		 158 aa  136  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1032  DNA repair protein RadC  47.14 
 
 		 160 aa  136  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  52.85 
 
 		 224 aa  135  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2951  DNA repair protein, RadC family protein  54.7 
 
 		 158 aa  135  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.606536  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0222  DNA repair protein RadC  52.46 
 
 		 224 aa  134  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0308  RadC family DNA repair protein  47.14 
 
 		 159 aa  134  4e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00747747  hitchhiker  0.00434898 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2357  DNA repair protein RadC  48.28 
 
 		 160 aa  134  4e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.162482  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  51.59 
 
 		 224 aa  134  5e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001836  DNA repair protein RadC  49.22 
 
 		 158 aa  134  5e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0186  DNA repair protein RadC  55.83 
 
 		 226 aa  134  5e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.953222  hitchhiker  0.000000662884 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08165  DNA repair protein RadC  46.58 
 
 		 305 aa  134  8e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  52.8 
 
 		 223 aa  133  9e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2777  DNA repair protein RadC  52.63 
 
 		 238 aa  132  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  51.85 
 
 		 224 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3450  DNA repair protein RadC  52.63 
 
 		 238 aa  132  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.268052  normal  0.632907 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0695  DNA repair protein RadC  59.68 
 
 		 222 aa  132  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.63774 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4157  DNA repair protein RadC  48.95 
 
 		 168 aa  132  3e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  50.79 
 
 		 224 aa  131  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2291  DNA repair protein RadC  52 
 
 		 242 aa  131  5e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0121519 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3443  DNA repair protein RadC  45 
 
 		 159 aa  130  5e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  49.22 
 
 		 224 aa  130  6e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0046  DNA repair protein RadC  51.72 
 
 		 224 aa  130  6.999999999999999e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.178856  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3773  DNA repair protein RadC  56.3 
 
 		 237 aa  130  7.999999999999999e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4100  DNA repair protein RadC  48.95 
 
 		 221 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0607652  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4390  DNA repair protein RadC  49.65 
 
 		 221 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00436549  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1254  DNA repair protein RadC  49.65 
 
 		 225 aa  129  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.700963  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0625  DNA repair protein RadC  46.81 
 
 		 171 aa  129  2.0000000000000002e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1654  DNA repair protein RadC  53.72 
 
 		 237 aa  129  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0794365  normal  0.385806 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1455  RadC family DNA repair protein  48.3 
 
 		 157 aa  128  3e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3252  DNA repair protein RadC  53.78 
 
 		 234 aa  128  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0794  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 256 aa  128  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.132133 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  51.72 
 
 		 224 aa  128  4.0000000000000003e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4680  DNA repair protein, RadC family  45.14 
 
 		 158 aa  127  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0061  DNA repair protein RadC  47.89 
 
 		 222 aa  127  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000803057  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2888  DNA repair protein RadC  44.59 
 
 		 157 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3209  RadC family DNA repair protein  45.14 
 
 		 158 aa  127  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0055  DNA repair protein RadC  47.89 
 
 		 222 aa  127  5.0000000000000004e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00110117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4155  DNA repair protein RadC  47.89 
 
 		 222 aa  127  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000385869  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4804  RadC family DNA repair protein  45.14 
 
 		 158 aa  127  6e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4202  DNA repair protein RadC  45.39 
 
 		 164 aa  127  6e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.21413 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2419  DNA repair protein RadC  50.38 
 
 		 258 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.610645  hitchhiker  0.00254058 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1125  DNA repair protein, RadC family  44.44 
 
 		 158 aa  127  7.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2548  DNA repair protein RadC  50.38 
 
 		 258 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1655  DNA repair protein RadC  44.44 
 
 		 148 aa  127  8.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.153921  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5833  DNA repair protein RadC  45.39 
 
 		 257 aa  127  8.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02919  DNA repair protein RadC  48.44 
 
 		 225 aa  127  8.000000000000001e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  51.64 
 
 		 228 aa  126  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>