More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_0692 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0692  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 158 aa  318  1.9999999999999998e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0159  DNA repair protein RadC  60 
 
 		 221 aa  174  6e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130887  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2888  DNA repair protein RadC  57.53 
 
 		 157 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1383  DNA repair protein RadC  58.22 
 
 		 157 aa  171  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2357  DNA repair protein RadC  59.44 
 
 		 160 aa  170  6.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.162482  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4390  DNA repair protein RadC  62.02 
 
 		 221 aa  169  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00436549  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4100  DNA repair protein RadC  61.24 
 
 		 221 aa  168  3e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0607652  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  57.86 
 
 		 221 aa  167  4e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4842  DNA repair protein RadC  56.93 
 
 		 227 aa  161  4.0000000000000004e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000109613  hitchhiker  0.0000409278 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  55.71 
 
 		 224 aa  160  5.0000000000000005e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3443  DNA repair protein RadC  54.17 
 
 		 159 aa  160  9e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2972  DNA repair protein RadC  58.21 
 
 		 224 aa  159  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08165  DNA repair protein RadC  50.33 
 
 		 305 aa  158  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1383  putative DNA repair protein RadC  55.94 
 
 		 158 aa  157  4e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1772  DNA repair protein RadC  50.31 
 
 		 160 aa  158  4e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0323381  normal  0.027226 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  52.86 
 
 		 224 aa  157  5e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0061  DNA repair protein RadC  59.02 
 
 		 222 aa  157  5e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000803057  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0055  DNA repair protein RadC  59.02 
 
 		 222 aa  157  5e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00110117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4155  DNA repair protein RadC  59.02 
 
 		 222 aa  157  5e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000385869  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1032  DNA repair protein RadC  50.98 
 
 		 160 aa  157  7e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  53.57 
 
 		 224 aa  157  7e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  52.14 
 
 		 224 aa  155  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0308  RadC family DNA repair protein  53.52 
 
 		 159 aa  156  1e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00747747  hitchhiker  0.00434898 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0474  DNA repair protein RadC  53.47 
 
 		 157 aa  154  3e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.995091 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  51.94 
 
 		 222 aa  155  3e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0932  DNA repair protein RadC  52 
 
 		 157 aa  154  3e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.96706  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0067  DNA repair protein RadC  51.94 
 
 		 222 aa  154  4e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000216711  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3973  DNA repair protein RadC  51.94 
 
 		 222 aa  154  4e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000015619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4139  DNA repair protein RadC  51.94 
 
 		 222 aa  154  4e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000017896  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5008  DNA repair protein RadC  51.94 
 
 		 222 aa  154  4e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000900324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0073  DNA repair protein RadC  51.94 
 
 		 214 aa  154  4e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000433644  hitchhiker  0.000000188277 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2319  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 169 aa  154  5.0000000000000005e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.094604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4063  DNA repair protein RadC  51.94 
 
 		 222 aa  153  8e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000737579  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36040  DNA repair protein RadC-like protein  51.41 
 
 		 168 aa  153  9e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03495  DNA repair protein RadC  51.16 
 
 		 222 aa  153  1e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0032943  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  52.71 
 
 		 221 aa  153  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  52.71 
 
 		 221 aa  153  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  52.71 
 
 		 221 aa  153  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  52.71 
 
 		 221 aa  153  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03447  hypothetical protein  51.16 
 
 		 222 aa  153  1e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  52.71 
 
 		 221 aa  153  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1867  DNA repair protein RadC  50.7 
 
 		 168 aa  152  2e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1252  DNA repair protein RadC  49.3 
 
 		 169 aa  150  5e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0101  DNA repair protein RadC  51.94 
 
 		 221 aa  150  5e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000716823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2636  DNA repair protein RadC  50.7 
 
 		 168 aa  150  5e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0606643 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2620  hypothetical protein  49.65 
 
 		 169 aa  150  7e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.521517 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001836  DNA repair protein RadC  49.35 
 
 		 158 aa  149  2e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  52.86 
 
 		 224 aa  149  2e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1257  DNA repair protein RadC  47.1 
 
 		 157 aa  147  4e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.502332 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4157  DNA repair protein RadC  52.86 
 
 		 168 aa  146  9e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3359  DNA repair protein RadC  51.02 
 
 		 158 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2347  DNA repair protein RadC  49.65 
 
 		 169 aa  146  1.0000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00287634  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1273  DNA repair protein RadC  57.38 
 
 		 168 aa  146  1.0000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1658  hypothetical protein  48.97 
 
 		 169 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00985169  normal  0.385856 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1182  DNA repair protein RadC  51.39 
 
 		 164 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  53.57 
 
 		 224 aa  145  3e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4181  DNA repair protein RadC  51.39 
 
 		 164 aa  144  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0593458  normal  0.95657 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0750  RadC family DNA repair protein  48.61 
 
 		 162 aa  144  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31260  RadC-like protein  47.89 
 
 		 168 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145795  unclonable  2.34568e-22 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  49.29 
 
 		 224 aa  144  5e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2355  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 164 aa  144  5e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000960813  unclonable  0.000000132381 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0144  DNA repair protein RadC  52.42 
 
 		 222 aa  144  5e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00783617  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3133  DNA repair protein RadC  49.67 
 
 		 156 aa  143  8.000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0278844  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_33  DNA repair protein RadC  47.3 
 
 		 154 aa  143  8.000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4202  DNA repair protein RadC  48.34 
 
 		 164 aa  143  8.000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.21413 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3538  DNA repair protein RadC  48.23 
 
 		 169 aa  143  9e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  52.24 
 
 		 224 aa  142  1e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1254  DNA repair protein RadC  49.31 
 
 		 164 aa  142  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.621293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  56.67 
 
 		 234 aa  142  1e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1396  DNA repair protein RadC  49.31 
 
 		 164 aa  142  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4804  RadC family DNA repair protein  51.7 
 
 		 158 aa  142  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0946  DNA repair protein RadC  48.34 
 
 		 164 aa  142  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2396  DNA repair protein  48.34 
 
 		 164 aa  142  2e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  49.64 
 
 		 224 aa  142  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4680  DNA repair protein, RadC family  51.7 
 
 		 158 aa  142  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3209  RadC family DNA repair protein  51.7 
 
 		 158 aa  141  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2184  DNA repair protein RadC  48.34 
 
 		 164 aa  141  3e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  45.71 
 
 		 224 aa  141  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4896  RadC family DNA repair protein  51.7 
 
 		 158 aa  141  4e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2855  DNA repair protein, RadC family  51.7 
 
 		 158 aa  141  4e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.109102 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1655  DNA repair protein RadC  51.7 
 
 		 148 aa  140  5e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.153921  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3005  DNA repair protein RadC  47.59 
 
 		 164 aa  140  5e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  52.27 
 
 		 224 aa  140  6e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02919  DNA repair protein RadC  53.23 
 
 		 225 aa  140  6e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3298  DNA repair protein RadC  46.58 
 
 		 164 aa  140  6e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.170702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3410  RadC family DNA repair protein  51.7 
 
 		 158 aa  140  7e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  49.24 
 
 		 224 aa  140  7e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3350  RadC family DNA repair protein  51.02 
 
 		 158 aa  140  8e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1455  RadC family DNA repair protein  45.81 
 
 		 157 aa  140  9e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  47.14 
 
 		 224 aa  139  9.999999999999999e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1402  DNA repair protein, RadC family  51.7 
 
 		 158 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0957622 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1125  DNA repair protein, RadC family  51.02 
 
 		 158 aa  139  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2246  RadC family DNA repair protein  51.7 
 
 		 158 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  45.71 
 
 		 224 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2927  DNA repair protein RadC  46.58 
 
 		 164 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.445882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0125  DNA repair protein RadC  56.1 
 
 		 242 aa  137  4.999999999999999e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.695011  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0110  DNA repair protein RadC  56.1 
 
 		 242 aa  137  4.999999999999999e-32  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  50 
 
 		 224 aa  137  6e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0492  DNA repair protein RadC  46.88 
 
 		 167 aa  137  7.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  51.43 
 
 		 223 aa  136  8.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>