More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_0750 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_0750  RadC family DNA repair protein  100 
 
 		 162 aa  332  2e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3443  DNA repair protein RadC  52.41 
 
 		 159 aa  159  1e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  49.68 
 
 		 224 aa  157  5e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  51.39 
 
 		 224 aa  153  8e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2888  DNA repair protein RadC  47.92 
 
 		 157 aa  153  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3005  DNA repair protein RadC  51.39 
 
 		 164 aa  152  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  51.59 
 
 		 234 aa  151  2.9999999999999998e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  51.39 
 
 		 224 aa  150  5e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  50.34 
 
 		 224 aa  149  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1383  DNA repair protein RadC  47.92 
 
 		 157 aa  149  1e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1032  DNA repair protein RadC  46.88 
 
 		 160 aa  149  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0308  RadC family DNA repair protein  48 
 
 		 159 aa  148  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00747747  hitchhiker  0.00434898 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  50.34 
 
 		 224 aa  148  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  46.71 
 
 		 224 aa  148  4e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0932  DNA repair protein RadC  50.98 
 
 		 157 aa  145  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.96706  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  52.05 
 
 		 224 aa  145  3e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02919  DNA repair protein RadC  44.44 
 
 		 225 aa  144  3e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3359  DNA repair protein RadC  52.45 
 
 		 158 aa  144  5e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0692  DNA repair protein RadC  48.61 
 
 		 158 aa  144  5e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0474  DNA repair protein RadC  46.67 
 
 		 157 aa  143  1e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.995091 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  48.28 
 
 		 224 aa  142  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2357  DNA repair protein RadC  46.94 
 
 		 160 aa  141  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.162482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4896  RadC family DNA repair protein  49.66 
 
 		 158 aa  141  3e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1125  DNA repair protein, RadC family  49.66 
 
 		 158 aa  141  4e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1654  DNA repair protein RadC  55.83 
 
 		 237 aa  141  4e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0794365  normal  0.385806 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  46.88 
 
 		 224 aa  140  5e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1772  DNA repair protein RadC  48.65 
 
 		 160 aa  140  7e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0323381  normal  0.027226 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4804  RadC family DNA repair protein  49.66 
 
 		 158 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1904  DNA repair protein RadC  51.37 
 
 		 226 aa  139  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000968261 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4680  DNA repair protein, RadC family  49.66 
 
 		 158 aa  139  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1655  DNA repair protein RadC  48.97 
 
 		 148 aa  139  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.153921  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2855  DNA repair protein, RadC family  48.97 
 
 		 158 aa  139  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.109102 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2861  DNA repair protein RadC  45.83 
 
 		 166 aa  138  3e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2246  RadC family DNA repair protein  48.97 
 
 		 158 aa  138  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08165  DNA repair protein RadC  46.58 
 
 		 305 aa  138  3e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001836  DNA repair protein RadC  46.15 
 
 		 158 aa  138  3e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  48.12 
 
 		 224 aa  138  3e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3410  RadC family DNA repair protein  49.66 
 
 		 158 aa  138  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3209  RadC family DNA repair protein  48.97 
 
 		 158 aa  138  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3350  RadC family DNA repair protein  49.66 
 
 		 158 aa  138  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1402  DNA repair protein, RadC family  48.97 
 
 		 158 aa  137  4.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0957622 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2927  DNA repair protein RadC  45.14 
 
 		 164 aa  137  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.445882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1383  putative DNA repair protein RadC  46.25 
 
 		 158 aa  136  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2777  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 238 aa  136  1e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3450  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 238 aa  136  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.268052  normal  0.632907 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3298  DNA repair protein RadC  44.44 
 
 		 164 aa  135  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.170702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0144  DNA repair protein RadC  49.18 
 
 		 222 aa  134  4e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00783617  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  44.9 
 
 		 224 aa  134  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3252  DNA repair protein RadC  47.95 
 
 		 234 aa  134  6.0000000000000005e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  53.28 
 
 		 244 aa  134  6.0000000000000005e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2155  DNA repair protein RadC  45.57 
 
 		 223 aa  134  7.000000000000001e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.365065  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4033  DNA repair protein RadC  47.26 
 
 		 225 aa  133  8e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3773  DNA repair protein RadC  49.3 
 
 		 237 aa  133  8e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1062  RadC family DNA repair protein  48.28 
 
 		 158 aa  133  9e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.130862 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5284  DNA repair protein RadC  47.59 
 
 		 226 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4745  DNA repair protein RadC  48.57 
 
 		 162 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0218895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5194  DNA repair protein RadC  47.59 
 
 		 235 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0102732  normal  0.30357 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  46.85 
 
 		 224 aa  132  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3133  DNA repair protein RadC  44.67 
 
 		 156 aa  132  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0278844  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4390  DNA repair protein RadC  50.41 
 
 		 221 aa  132  3e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00436549  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  50.37 
 
 		 224 aa  131  3.9999999999999996e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  47.62 
 
 		 224 aa  131  5e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4100  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 221 aa  130  6e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0607652  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2291  DNA repair protein RadC  44.79 
 
 		 242 aa  130  6e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0121519 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3339  DNA repair protein RadC  47.59 
 
 		 224 aa  130  6.999999999999999e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0155907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2972  DNA repair protein RadC  47.92 
 
 		 224 aa  130  7.999999999999999e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0159  DNA repair protein RadC  50.82 
 
 		 221 aa  130  7.999999999999999e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130887  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_33  DNA repair protein RadC  44.44 
 
 		 154 aa  129  1.0000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2355  DNA repair protein RadC  48.23 
 
 		 164 aa  129  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000960813  unclonable  0.000000132381 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  44.08 
 
 		 224 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2396  DNA repair protein  46.36 
 
 		 164 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  46.15 
 
 		 224 aa  129  2.0000000000000002e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5335  DNA repair protein RadC  46.21 
 
 		 226 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00550179 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0946  DNA repair protein RadC  46.36 
 
 		 164 aa  129  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2184  DNA repair protein RadC  46.36 
 
 		 164 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1867  DNA repair protein RadC  45.58 
 
 		 168 aa  129  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0186  DNA repair protein RadC  44.14 
 
 		 226 aa  128  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.953222  hitchhiker  0.000000662884 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1658  hypothetical protein  47.62 
 
 		 169 aa  128  4.0000000000000003e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00985169  normal  0.385856 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1254  DNA repair protein RadC  48.23 
 
 		 164 aa  127  5.0000000000000004e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.621293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  49.6 
 
 		 228 aa  127  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0110  DNA repair protein RadC  43.31 
 
 		 242 aa  127  5.0000000000000004e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1396  DNA repair protein RadC  48.23 
 
 		 164 aa  127  5.0000000000000004e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0125  DNA repair protein RadC  43.31 
 
 		 242 aa  127  5.0000000000000004e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.695011  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4155  DNA repair protein RadC  45.52 
 
 		 222 aa  127  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000385869  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0055  DNA repair protein RadC  45.52 
 
 		 222 aa  127  6e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00110117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0061  DNA repair protein RadC  45.52 
 
 		 222 aa  127  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000803057  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  46.03 
 
 		 221 aa  127  6e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  45.57 
 
 		 223 aa  127  7.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4842  DNA repair protein RadC  45.52 
 
 		 227 aa  127  9.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000109613  hitchhiker  0.0000409278 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2620  hypothetical protein  44.06 
 
 		 169 aa  126  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.521517 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0222  DNA repair protein RadC  43.42 
 
 		 224 aa  125  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  51.22 
 
 		 224 aa  125  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4181  DNA repair protein RadC  46.1 
 
 		 164 aa  125  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0593458  normal  0.95657 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  43.15 
 
 		 224 aa  125  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31260  RadC-like protein  44.9 
 
 		 168 aa  125  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145795  unclonable  2.34568e-22 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1182  DNA repair protein RadC  46.1 
 
 		 164 aa  124  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0327  DNA repair protein RadC  40.79 
 
 		 225 aa  124  6e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000320995  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0528  DNA repair protein RadC  46.04 
 
 		 224 aa  124  7e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.204187  unclonable  0.0000000000301239 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0358  DNA repair protein RadC  46.04 
 
 		 224 aa  124  7e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36040  DNA repair protein RadC-like protein  46.26 
 
 		 168 aa  123  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>