More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A2396 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A2396  DNA repair protein  100 
 
 
164 aa  330  4e-90  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139448  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0946  DNA repair protein RadC  99.39 
 
 
164 aa  328  1e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2184  DNA repair protein RadC  99.39 
 
 
164 aa  328  2e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0685  DNA repair protein RadC  81.71 
 
 
164 aa  281  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.605515  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1396  DNA repair protein RadC  73.78 
 
 
164 aa  259  1e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1254  DNA repair protein RadC  73.78 
 
 
164 aa  259  1e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.621293  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1182  DNA repair protein RadC  71.34 
 
 
164 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3426  DNA repair protein RadC  71.95 
 
 
164 aa  252  1.0000000000000001e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.334518 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2355  DNA repair protein RadC  72.56 
 
 
164 aa  252  1.0000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000960813  unclonable  0.000000132381 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4181  DNA repair protein RadC  72.56 
 
 
164 aa  251  3e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0593458  normal  0.95657 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2861  DNA repair protein RadC  61.96 
 
 
166 aa  204  6e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0492  DNA repair protein RadC  54.86 
 
 
167 aa  174  5e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3005  DNA repair protein RadC  56.94 
 
 
164 aa  170  6.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  64.84 
 
 
224 aa  166  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  64.23 
 
 
224 aa  164  5e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  62.22 
 
 
224 aa  163  1.0000000000000001e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  59.35 
 
 
224 aa  163  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  63.11 
 
 
224 aa  161  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  63.11 
 
 
224 aa  160  6e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  58.59 
 
 
224 aa  157  4e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  60.16 
 
 
224 aa  158  4e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3538  DNA repair protein RadC  52.45 
 
 
169 aa  157  5e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2357  DNA repair protein RadC  55.17 
 
 
160 aa  156  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.162482  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  59.69 
 
 
224 aa  155  2e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  64.17 
 
 
244 aa  155  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1658  hypothetical protein  53.85 
 
 
169 aa  155  3e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00985169  normal  0.385856 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2620  hypothetical protein  52.45 
 
 
169 aa  154  4e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.521517 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2319  DNA repair protein RadC  51.75 
 
 
169 aa  154  4e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.094604  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1383  putative DNA repair protein RadC  53.1 
 
 
158 aa  154  8e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3339  DNA repair protein RadC  61.67 
 
 
224 aa  153  8e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0155907  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1273  DNA repair protein RadC  57.6 
 
 
168 aa  152  1e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08165  DNA repair protein RadC  52.74 
 
 
305 aa  152  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2695  DNA repair protein RadC  66.94 
 
 
222 aa  152  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2927  DNA repair protein RadC  52.82 
 
 
164 aa  151  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.445882  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3298  DNA repair protein RadC  52.08 
 
 
164 aa  151  4e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.170702  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0125  DNA repair protein RadC  53.12 
 
 
242 aa  150  7e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.695011  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0110  DNA repair protein RadC  53.12 
 
 
242 aa  150  7e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36040  DNA repair protein RadC-like protein  51.75 
 
 
168 aa  150  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31260  RadC-like protein  51.05 
 
 
168 aa  150  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145795  unclonable  2.34568e-22 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  57.72 
 
 
224 aa  149  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1252  DNA repair protein RadC  51.05 
 
 
169 aa  149  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2951  DNA repair protein, RadC family protein  52.08 
 
 
158 aa  148  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.606536  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2972  DNA repair protein RadC  58.91 
 
 
224 aa  148  3e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2347  DNA repair protein RadC  53.24 
 
 
169 aa  148  4e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00287634  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0186  DNA repair protein RadC  57.72 
 
 
226 aa  148  4e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.953222  hitchhiker  0.000000662884 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  61.6 
 
 
223 aa  147  5e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1772  DNA repair protein RadC  51.43 
 
 
160 aa  147  5e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0323381  normal  0.027226 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3359  DNA repair protein RadC  52.48 
 
 
158 aa  147  6e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1867  DNA repair protein RadC  50.35 
 
 
168 aa  147  7e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  53.9 
 
 
224 aa  147  8e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54860  hypothetical protein  50 
 
 
202 aa  147  8e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000637442  unclonable  3.01496e-22 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  59.84 
 
 
224 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001836  DNA repair protein RadC  54.69 
 
 
158 aa  145  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0695  DNA repair protein RadC  66.13 
 
 
222 aa  145  2.0000000000000003e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.63774 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0625  DNA repair protein RadC  56.8 
 
 
171 aa  145  3e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  57.94 
 
 
234 aa  145  3e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2636  DNA repair protein RadC  48.95 
 
 
168 aa  145  3e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0606643 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1032  DNA repair protein RadC  50.71 
 
 
160 aa  144  5e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  57.48 
 
 
224 aa  144  5e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4033  DNA repair protein RadC  55.83 
 
 
225 aa  144  5e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02919  DNA repair protein RadC  53.12 
 
 
225 aa  144  6e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1654  DNA repair protein RadC  60 
 
 
237 aa  144  7.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0794365  normal  0.385806 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5335  DNA repair protein RadC  56.35 
 
 
226 aa  143  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00550179 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5284  DNA repair protein RadC  56.91 
 
 
226 aa  142  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0222  DNA repair protein RadC  55.28 
 
 
224 aa  142  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0308  RadC family DNA repair protein  50.71 
 
 
159 aa  142  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00747747  hitchhiker  0.00434898 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0692  DNA repair protein RadC  48.34 
 
 
158 aa  142  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  55.81 
 
 
224 aa  142  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3252  DNA repair protein RadC  58.33 
 
 
234 aa  142  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  56.69 
 
 
224 aa  142  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5194  DNA repair protein RadC  56.91 
 
 
235 aa  142  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0102732  normal  0.30357 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3443  DNA repair protein RadC  47.86 
 
 
159 aa  142  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4157  DNA repair protein RadC  52.45 
 
 
168 aa  142  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0528  DNA repair protein RadC  46.01 
 
 
224 aa  141  3e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.204187  unclonable  0.0000000000301239 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0358  DNA repair protein RadC  46.01 
 
 
224 aa  141  3e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4680  DNA repair protein, RadC family  50 
 
 
158 aa  140  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3209  RadC family DNA repair protein  50 
 
 
158 aa  140  7e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1904  DNA repair protein RadC  55.65 
 
 
226 aa  140  7e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000968261 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4804  RadC family DNA repair protein  50 
 
 
158 aa  140  7e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1257  DNA repair protein RadC  50.34 
 
 
157 aa  140  8e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.502332 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2291  DNA repair protein RadC  56.8 
 
 
242 aa  140  8e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0121519 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1455  RadC family DNA repair protein  50.34 
 
 
157 aa  140  9e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1254  DNA repair protein RadC  54.55 
 
 
225 aa  140  9e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.700963  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1655  DNA repair protein RadC  49.31 
 
 
148 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.153921  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  53.66 
 
 
224 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0144  DNA repair protein RadC  53.39 
 
 
222 aa  140  9.999999999999999e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00783617  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2855  DNA repair protein, RadC family  49.31 
 
 
158 aa  139  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.109102 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3410  RadC family DNA repair protein  50 
 
 
158 aa  139  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4896  RadC family DNA repair protein  49.31 
 
 
158 aa  139  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3350  RadC family DNA repair protein  49.31 
 
 
158 aa  139  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  51.56 
 
 
224 aa  138  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0376  DNA repair protein RadC  53.12 
 
 
225 aa  138  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000147811  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3450  DNA repair protein RadC  54.01 
 
 
238 aa  138  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.268052  normal  0.632907 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2777  DNA repair protein RadC  54.01 
 
 
238 aa  138  3e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0327  DNA repair protein RadC  51.88 
 
 
225 aa  137  3.9999999999999997e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000320995  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  55.83 
 
 
224 aa  137  3.9999999999999997e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1125  DNA repair protein, RadC family  48.61 
 
 
158 aa  138  3.9999999999999997e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3773  DNA repair protein RadC  55.83 
 
 
237 aa  137  4.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  48.95 
 
 
224 aa  137  7.999999999999999e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2246  RadC family DNA repair protein  48.61 
 
 
158 aa  136  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>