More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3133 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_3133  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 156 aa  317  3e-86  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0278844  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0474  DNA repair protein RadC  72.61 
 
 		 157 aa  240  6e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.995091 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0932  DNA repair protein RadC  62.16 
 
 		 157 aa  187  5e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.96706  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1772  DNA repair protein RadC  62.16 
 
 		 160 aa  182  1.0000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0323381  normal  0.027226 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0308  RadC family DNA repair protein  57.05 
 
 		 159 aa  181  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00747747  hitchhiker  0.00434898 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1032  DNA repair protein RadC  58.28 
 
 		 160 aa  179  9.000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2888  DNA repair protein RadC  56.69 
 
 		 157 aa  173  8e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1383  DNA repair protein RadC  56.69 
 
 		 157 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3443  DNA repair protein RadC  56.25 
 
 		 159 aa  170  9e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3359  DNA repair protein RadC  58.33 
 
 		 158 aa  169  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3209  RadC family DNA repair protein  56.55 
 
 		 158 aa  166  1e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1655  DNA repair protein RadC  55.86 
 
 		 148 aa  165  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.153921  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1125  DNA repair protein, RadC family  55.86 
 
 		 158 aa  165  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2855  DNA repair protein, RadC family  55.86 
 
 		 158 aa  165  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.109102 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2246  RadC family DNA repair protein  55.86 
 
 		 158 aa  164  5e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4680  DNA repair protein, RadC family  55.86 
 
 		 158 aa  164  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4804  RadC family DNA repair protein  55.86 
 
 		 158 aa  164  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4896  RadC family DNA repair protein  55.17 
 
 		 158 aa  162  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1402  DNA repair protein, RadC family  55.86 
 
 		 158 aa  163  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0957622 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1062  RadC family DNA repair protein  55.86 
 
 		 158 aa  162  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.130862 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3350  RadC family DNA repair protein  55.17 
 
 		 158 aa  162  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3410  RadC family DNA repair protein  55.86 
 
 		 158 aa  162  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001836  DNA repair protein RadC  55.8 
 
 		 158 aa  155  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0692  DNA repair protein RadC  49.67 
 
 		 158 aa  143  8.000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4100  DNA repair protein RadC  60.18 
 
 		 221 aa  140  5e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0607652  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4390  DNA repair protein RadC  60.18 
 
 		 221 aa  140  6e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00436549  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  60 
 
 		 221 aa  140  7e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1383  putative DNA repair protein RadC  51.39 
 
 		 158 aa  140  8e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0159  DNA repair protein RadC  60.18 
 
 		 221 aa  139  9.999999999999999e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130887  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4155  DNA repair protein RadC  57.63 
 
 		 222 aa  139  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000385869  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2357  DNA repair protein RadC  50.68 
 
 		 160 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.162482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2636  DNA repair protein RadC  46.94 
 
 		 168 aa  139  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0606643 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0055  DNA repair protein RadC  57.63 
 
 		 222 aa  139  1.9999999999999998e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00110117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0061  DNA repair protein RadC  57.63 
 
 		 222 aa  139  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000803057  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0101  DNA repair protein RadC  54.78 
 
 		 221 aa  138  3e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000716823  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2951  DNA repair protein, RadC family protein  47.62 
 
 		 158 aa  137  3.9999999999999997e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.606536  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  54.87 
 
 		 221 aa  137  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  54.87 
 
 		 221 aa  137  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  54.87 
 
 		 221 aa  137  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  54.87 
 
 		 221 aa  137  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  54.87 
 
 		 221 aa  137  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0067  DNA repair protein RadC  51.75 
 
 		 222 aa  135  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000216711  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1273  DNA repair protein RadC  53.85 
 
 		 168 aa  135  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  54.4 
 
 		 224 aa  135  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3973  DNA repair protein RadC  51.75 
 
 		 222 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000015619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4139  DNA repair protein RadC  51.75 
 
 		 222 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000017896  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0073  DNA repair protein RadC  50.86 
 
 		 214 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000433644  hitchhiker  0.000000188277 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5008  DNA repair protein RadC  51.75 
 
 		 222 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000900324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  51.75 
 
 		 222 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  51.61 
 
 		 223 aa  134  4e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4063  DNA repair protein RadC  51.75 
 
 		 222 aa  134  4e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000737579  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2347  DNA repair protein RadC  51.8 
 
 		 169 aa  134  5e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00287634  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1134  DNA repair protein RadC  53.6 
 
 		 169 aa  134  5e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2319  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 169 aa  134  6.0000000000000005e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.094604  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36040  DNA repair protein RadC-like protein  47.62 
 
 		 168 aa  134  6.0000000000000005e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03495  DNA repair protein RadC  50.88 
 
 		 222 aa  133  7.000000000000001e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0032943  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03447  hypothetical protein  50.88 
 
 		 222 aa  133  7.000000000000001e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0750  RadC family DNA repair protein  44.67 
 
 		 162 aa  132  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2620  hypothetical protein  51.18 
 
 		 169 aa  133  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.521517 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2861  DNA repair protein RadC  46.9 
 
 		 166 aa  132  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  48.92 
 
 		 224 aa  132  9.999999999999999e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3538  DNA repair protein RadC  49.29 
 
 		 169 aa  133  9.999999999999999e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  51.22 
 
 		 224 aa  133  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08165  DNA repair protein RadC  45.57 
 
 		 305 aa  132  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1252  DNA repair protein RadC  50.76 
 
 		 169 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  50.41 
 
 		 224 aa  132  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2184  DNA repair protein RadC  45.89 
 
 		 164 aa  132  3e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  48.51 
 
 		 224 aa  131  3.9999999999999996e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1658  hypothetical protein  48.98 
 
 		 169 aa  130  6e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00985169  normal  0.385856 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0946  DNA repair protein RadC  45.21 
 
 		 164 aa  129  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2396  DNA repair protein  45.21 
 
 		 164 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  52.8 
 
 		 224 aa  130  1.0000000000000001e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4842  DNA repair protein RadC  56.64 
 
 		 227 aa  129  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000109613  hitchhiker  0.0000409278 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2155  DNA repair protein RadC  53.51 
 
 		 223 aa  129  1.0000000000000001e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.365065  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3005  DNA repair protein RadC  48.61 
 
 		 164 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1867  DNA repair protein RadC  44.9 
 
 		 168 aa  129  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1257  DNA repair protein RadC  48.85 
 
 		 157 aa  128  3e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.502332 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31260  RadC-like protein  44.22 
 
 		 168 aa  127  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145795  unclonable  2.34568e-22 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  53.28 
 
 		 224 aa  127  4.0000000000000003e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3521  DNA repair protein RadC  50.68 
 
 		 168 aa  127  6e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3298  DNA repair protein RadC  46.1 
 
 		 164 aa  127  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.170702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2927  DNA repair protein RadC  47.89 
 
 		 164 aa  127  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.445882  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1455  RadC family DNA repair protein  48.85 
 
 		 157 aa  126  9.000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0685  DNA repair protein RadC  44.08 
 
 		 164 aa  126  9.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.605515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1804  DNA repair protein RadC  50.68 
 
 		 168 aa  126  9.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.764768  normal  0.391578 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  45.39 
 
 		 224 aa  126  1.0000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3426  DNA repair protein RadC  43.42 
 
 		 164 aa  126  1.0000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334518 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2355  DNA repair protein RadC  41.45 
 
 		 164 aa  126  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000960813  unclonable  0.000000132381 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1776  DNA repair protein RadC  51.35 
 
 		 168 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.647543  normal  0.252208 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4157  DNA repair protein RadC  47.62 
 
 		 168 aa  126  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2291  DNA repair protein RadC  49.19 
 
 		 242 aa  125  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0121519 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1396  DNA repair protein RadC  41.45 
 
 		 164 aa  125  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1254  DNA repair protein RadC  41.45 
 
 		 164 aa  125  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.621293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0144  DNA repair protein RadC  45.6 
 
 		 222 aa  125  2.0000000000000002e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00783617  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1699  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 164 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.233274  normal  0.0652003 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  50.4 
 
 		 224 aa  125  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  53.28 
 
 		 224 aa  125  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1182  DNA repair protein RadC  43.42 
 
 		 164 aa  125  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0380  DNA repair protein RadC  49.02 
 
 		 163 aa  125  3e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000656816 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4181  DNA repair protein RadC  41.45 
 
 		 164 aa  125  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0593458  normal  0.95657 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>