More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1699 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1699  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 164 aa  337  4e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.233274  normal  0.0652003 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1804  DNA repair protein RadC  92.26 
 
 		 168 aa  290  5e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.764768  normal  0.391578 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3521  DNA repair protein RadC  89.63 
 
 		 168 aa  274  4e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1776  DNA repair protein RadC  87.5 
 
 		 168 aa  272  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.647543  normal  0.252208 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0380  DNA repair protein RadC  89.63 
 
 		 163 aa  269  1e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000656816 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1259  DNA repair protein RadC  81.51 
 
 		 158 aa  227  6e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1455  RadC family DNA repair protein  69.28 
 
 		 157 aa  222  1e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1257  DNA repair protein RadC  66.67 
 
 		 157 aa  216  1e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.502332 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2951  DNA repair protein, RadC family protein  65.1 
 
 		 158 aa  199  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.606536  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1383  putative DNA repair protein RadC  64.75 
 
 		 158 aa  195  3e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001836  DNA repair protein RadC  65.47 
 
 		 158 aa  192  1e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2357  DNA repair protein RadC  61.9 
 
 		 160 aa  178  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.162482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1252  DNA repair protein RadC  54.25 
 
 		 169 aa  174  5e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3538  DNA repair protein RadC  57.64 
 
 		 169 aa  174  7e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4157  DNA repair protein RadC  56.38 
 
 		 168 aa  171  2.9999999999999996e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2620  hypothetical protein  56.25 
 
 		 169 aa  171  5e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.521517 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36040  DNA repair protein RadC-like protein  51.85 
 
 		 168 aa  171  5.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2319  DNA repair protein RadC  55.56 
 
 		 169 aa  168  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.094604  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2347  DNA repair protein RadC  52.94 
 
 		 169 aa  167  5e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00287634  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1273  DNA repair protein RadC  57.64 
 
 		 168 aa  167  5e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2636  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 168 aa  166  1e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0606643 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1867  DNA repair protein RadC  52.35 
 
 		 168 aa  165  2e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  56.74 
 
 		 223 aa  165  2.9999999999999998e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2291  DNA repair protein RadC  56.74 
 
 		 242 aa  164  6.9999999999999995e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0121519 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31260  RadC-like protein  50 
 
 		 168 aa  162  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145795  unclonable  2.34568e-22 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1658  hypothetical protein  53.02 
 
 		 169 aa  161  4.0000000000000004e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00985169  normal  0.385856 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  55.63 
 
 		 224 aa  157  4e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1134  DNA repair protein RadC  52.7 
 
 		 169 aa  158  4e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08165  DNA repair protein RadC  56.25 
 
 		 305 aa  155  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  52.82 
 
 		 224 aa  155  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  56.43 
 
 		 224 aa  154  4e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  54.23 
 
 		 224 aa  154  4e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  55 
 
 		 224 aa  152  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  56.43 
 
 		 224 aa  152  2.9999999999999998e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  55.32 
 
 		 244 aa  151  4e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0376  DNA repair protein RadC  59.38 
 
 		 225 aa  150  5e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000147811  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  53.57 
 
 		 224 aa  149  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4248  DNA repair protein RadC  58.59 
 
 		 225 aa  149  1e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0402  DNA repair protein RadC  59.38 
 
 		 225 aa  150  1e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000130829  hitchhiker  0.000000000166485 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0377  DNA repair protein RadC  59.38 
 
 		 225 aa  150  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000108999  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1254  DNA repair protein RadC  54.55 
 
 		 225 aa  149  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.700963  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0388  DNA repair protein RadC  59.38 
 
 		 225 aa  150  1e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000131294  hitchhiker  0.0000732355 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0327  DNA repair protein RadC  53.69 
 
 		 225 aa  149  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000320995  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0946  DNA repair protein RadC  53.42 
 
 		 164 aa  149  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3339  DNA repair protein RadC  53.9 
 
 		 224 aa  149  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0155907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2184  DNA repair protein RadC  53.42 
 
 		 164 aa  149  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  52.11 
 
 		 224 aa  149  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0046  DNA repair protein RadC  54.2 
 
 		 224 aa  149  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.178856  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3597  DNA repair protein RadC  58.59 
 
 		 225 aa  149  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0215962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0359  DNA repair protein RadC  58.59 
 
 		 225 aa  149  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.088498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0462  DNA repair protein RadC  58.59 
 
 		 225 aa  149  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000108191  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2396  DNA repair protein  53.42 
 
 		 164 aa  149  2e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3770  DNA repair protein RadC  58.59 
 
 		 225 aa  149  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.625851  normal  0.642753 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  52.82 
 
 		 224 aa  148  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4202  DNA repair protein RadC  50.97 
 
 		 164 aa  148  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.21413 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  55 
 
 		 224 aa  147  5e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0326  DNA repair protein RadC  55.88 
 
 		 225 aa  147  6e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0170314  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_33  DNA repair protein RadC  53.06 
 
 		 154 aa  147  7e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  52.82 
 
 		 224 aa  147  9e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4100  DNA repair protein RadC  49.29 
 
 		 221 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0607652  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3828  DNA repair protein RadC  53.57 
 
 		 225 aa  145  2.0000000000000003e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.760529  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  58.68 
 
 		 234 aa  145  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  47.18 
 
 		 221 aa  145  3e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2861  DNA repair protein RadC  52.48 
 
 		 166 aa  145  3e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3481  DNA repair protein RadC  53.57 
 
 		 233 aa  145  3e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000421033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  50.7 
 
 		 224 aa  145  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 224 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1396  DNA repair protein RadC  53.28 
 
 		 164 aa  144  4.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2695  DNA repair protein RadC  60.28 
 
 		 222 aa  144  4.0000000000000006e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2155  DNA repair protein RadC  51.77 
 
 		 223 aa  144  4.0000000000000006e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.365065  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1254  DNA repair protein RadC  53.28 
 
 		 164 aa  144  4.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.621293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2355  DNA repair protein RadC  52.05 
 
 		 164 aa  144  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000960813  unclonable  0.000000132381 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3837  DNA repair protein RadC  54.48 
 
 		 225 aa  144  6e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00013144  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4390  DNA repair protein RadC  48.57 
 
 		 221 aa  144  7.0000000000000006e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00436549  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2972  DNA repair protein RadC  59.35 
 
 		 224 aa  144  7.0000000000000006e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4842  DNA repair protein RadC  47.89 
 
 		 227 aa  144  7.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000109613  hitchhiker  0.0000409278 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4155  DNA repair protein RadC  48.59 
 
 		 222 aa  143  8.000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000385869  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0308  RadC family DNA repair protein  50 
 
 		 159 aa  144  8.000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00747747  hitchhiker  0.00434898 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0061  DNA repair protein RadC  48.59 
 
 		 222 aa  143  8.000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000803057  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0055  DNA repair protein RadC  48.59 
 
 		 222 aa  143  8.000000000000001e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00110117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3298  DNA repair protein RadC  49.65 
 
 		 164 aa  143  9e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.170702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3133  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 156 aa  143  9e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0278844  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0159  DNA repair protein RadC  46.48 
 
 		 221 aa  143  1e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130887  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  53.79 
 
 		 224 aa  143  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3773  DNA repair protein RadC  50.35 
 
 		 237 aa  143  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0695  DNA repair protein RadC  57.04 
 
 		 222 aa  143  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.63774 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2888  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 157 aa  142  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4561  DNA repair protein RadC  52.21 
 
 		 225 aa  142  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000169917  hitchhiker  0.00000617306 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  51.41 
 
 		 224 aa  142  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  51.41 
 
 		 224 aa  142  2e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2927  DNA repair protein RadC  50.35 
 
 		 164 aa  142  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.445882  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1032  DNA repair protein RadC  49.32 
 
 		 160 aa  141  5e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0692  DNA repair protein RadC  52.63 
 
 		 158 aa  140  6e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0625  DNA repair protein RadC  59.17 
 
 		 171 aa  140  6e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1181  DNA repair protein RadC  50.68 
 
 		 165 aa  140  7e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.426303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1772  DNA repair protein RadC  43.4 
 
 		 160 aa  140  7e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0323381  normal  0.027226 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  50.39 
 
 		 221 aa  140  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  50.39 
 
 		 221 aa  140  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0385  DNA repair protein RadC  53.28 
 
 		 225 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00103198  hitchhiker  0.000000153707 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1182  DNA repair protein RadC  52.48 
 
 		 164 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>