More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1181 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1181  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 165 aa  333  9e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.426303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4745  DNA repair protein RadC  70.91 
 
 		 162 aa  235  2e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0218895  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2493  RadC family protein  70 
 
 		 182 aa  176  9e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.601197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0376  DNA repair protein RadC  56.3 
 
 		 225 aa  158  3e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000147811  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0327  DNA repair protein RadC  56.93 
 
 		 225 aa  158  3e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000320995  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  55 
 
 		 224 aa  158  4e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  55.71 
 
 		 224 aa  157  7e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1383  putative DNA repair protein RadC  52.98 
 
 		 158 aa  157  8e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0402  DNA repair protein RadC  56.3 
 
 		 225 aa  156  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000130829  hitchhiker  0.000000000166485 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0377  DNA repair protein RadC  56.3 
 
 		 225 aa  156  1e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000108999  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0462  DNA repair protein RadC  55.56 
 
 		 225 aa  156  1e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000108191  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0388  DNA repair protein RadC  56.3 
 
 		 225 aa  156  1e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000131294  hitchhiker  0.0000732355 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4157  DNA repair protein RadC  53.85 
 
 		 168 aa  156  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3597  DNA repair protein RadC  55.56 
 
 		 225 aa  155  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0215962  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4248  DNA repair protein RadC  55.56 
 
 		 225 aa  155  3e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0359  DNA repair protein RadC  55.56 
 
 		 225 aa  155  3e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.088498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3770  DNA repair protein RadC  55.56 
 
 		 225 aa  155  3e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.625851  normal  0.642753 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  53.57 
 
 		 223 aa  154  4e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1252  DNA repair protein RadC  50.98 
 
 		 169 aa  154  4e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3538  DNA repair protein RadC  50.32 
 
 		 169 aa  154  4e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0326  DNA repair protein RadC  54.74 
 
 		 225 aa  154  5.0000000000000005e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0170314  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3828  DNA repair protein RadC  52.52 
 
 		 225 aa  154  6e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.760529  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3481  DNA repair protein RadC  52.52 
 
 		 233 aa  154  7e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000421033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1273  DNA repair protein RadC  52.94 
 
 		 168 aa  153  8e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2357  DNA repair protein RadC  58.87 
 
 		 160 aa  152  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.162482  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2951  DNA repair protein, RadC family protein  50.99 
 
 		 158 aa  152  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.606536  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1658  hypothetical protein  48.08 
 
 		 169 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00985169  normal  0.385856 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4561  DNA repair protein RadC  52.55 
 
 		 225 aa  151  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000169917  hitchhiker  0.00000617306 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2347  DNA repair protein RadC  52.29 
 
 		 169 aa  152  2.9999999999999998e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00287634  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2620  hypothetical protein  49.02 
 
 		 169 aa  151  4e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.521517 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001836  DNA repair protein RadC  55.8 
 
 		 158 aa  150  5e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  55.71 
 
 		 244 aa  151  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3339  DNA repair protein RadC  55 
 
 		 224 aa  150  7e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0155907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  53.57 
 
 		 224 aa  150  8.999999999999999e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  53.96 
 
 		 224 aa  149  1e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  51.43 
 
 		 224 aa  150  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  52.14 
 
 		 224 aa  150  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  53.57 
 
 		 224 aa  150  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0385  DNA repair protein RadC  52.55 
 
 		 225 aa  149  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00103198  hitchhiker  0.000000153707 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3837  DNA repair protein RadC  51.82 
 
 		 225 aa  149  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00013144  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  55 
 
 		 224 aa  149  2e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2319  DNA repair protein RadC  49.31 
 
 		 169 aa  148  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.094604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2291  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 242 aa  148  4e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0121519 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  52.86 
 
 		 224 aa  147  5e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0222  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 224 aa  147  7e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  51.82 
 
 		 224 aa  147  8e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36040  DNA repair protein RadC-like protein  49.02 
 
 		 168 aa  146  1.0000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  50.71 
 
 		 224 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  51.8 
 
 		 224 aa  146  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  52.86 
 
 		 224 aa  146  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1867  DNA repair protein RadC  47.95 
 
 		 168 aa  146  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31260  RadC-like protein  47.06 
 
 		 168 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145795  unclonable  2.34568e-22 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  49.28 
 
 		 224 aa  144  5e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  52.14 
 
 		 224 aa  143  9e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3005  DNA repair protein RadC  49.67 
 
 		 164 aa  142  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1257  DNA repair protein RadC  49.31 
 
 		 157 aa  142  3e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.502332 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  51.43 
 
 		 224 aa  142  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2636  DNA repair protein RadC  46.41 
 
 		 168 aa  141  3e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0606643 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  48.57 
 
 		 224 aa  141  3e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  53.57 
 
 		 234 aa  141  4e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2972  DNA repair protein RadC  56.25 
 
 		 224 aa  141  4e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0186  DNA repair protein RadC  50.37 
 
 		 226 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.953222  hitchhiker  0.000000662884 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0056  DNA repair protein RadC  45.71 
 
 		 225 aa  139  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.183755  normal  0.0623388 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2695  DNA repair protein RadC  55 
 
 		 222 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02919  DNA repair protein RadC  49.64 
 
 		 225 aa  139  1.9999999999999998e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2861  DNA repair protein RadC  50.68 
 
 		 166 aa  139  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  47.14 
 
 		 224 aa  138  3e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08165  DNA repair protein RadC  52.34 
 
 		 305 aa  138  3e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4033  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 225 aa  138  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2777  DNA repair protein RadC  52.14 
 
 		 238 aa  137  7e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3450  DNA repair protein RadC  52.14 
 
 		 238 aa  137  7e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.268052  normal  0.632907 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3773  DNA repair protein RadC  50.71 
 
 		 237 aa  137  7.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1455  RadC family DNA repair protein  47.92 
 
 		 157 aa  136  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5335  DNA repair protein RadC  46.43 
 
 		 226 aa  135  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00550179 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2155  DNA repair protein RadC  47.86 
 
 		 223 aa  135  3.0000000000000003e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.365065  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2184  DNA repair protein RadC  51.39 
 
 		 164 aa  135  3.0000000000000003e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  45.65 
 
 		 224 aa  134  4e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0695  DNA repair protein RadC  52.86 
 
 		 222 aa  133  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.63774 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2396  DNA repair protein  50.69 
 
 		 164 aa  133  9.999999999999999e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00049  DNA repair protein RadC  46.51 
 
 		 225 aa  133  9.999999999999999e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00103184  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0144  DNA repair protein RadC  45.99 
 
 		 222 aa  132  1.9999999999999998e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00783617  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0946  DNA repair protein RadC  50.69 
 
 		 164 aa  132  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  44.93 
 
 		 224 aa  132  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5194  DNA repair protein RadC  48.15 
 
 		 235 aa  132  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0102732  normal  0.30357 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5284  DNA repair protein RadC  48.15 
 
 		 226 aa  132  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1254  DNA repair protein RadC  58.27 
 
 		 225 aa  131  3e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.700963  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1654  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 237 aa  131  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0794365  normal  0.385806 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0125  DNA repair protein RadC  48.25 
 
 		 242 aa  131  3.9999999999999996e-30  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.695011  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0110  DNA repair protein RadC  48.25 
 
 		 242 aa  131  3.9999999999999996e-30  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2355  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 164 aa  130  6e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000960813  unclonable  0.000000132381 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2927  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 164 aa  130  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.445882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3252  DNA repair protein RadC  47.86 
 
 		 234 aa  130  7.999999999999999e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0358  DNA repair protein RadC  46.38 
 
 		 224 aa  129  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0528  DNA repair protein RadC  46.38 
 
 		 224 aa  129  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.204187  unclonable  0.0000000000301239 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1134  DNA repair protein RadC  44.44 
 
 		 169 aa  129  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  45.26 
 
 		 228 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  46.43 
 
 		 224 aa  129  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4202  DNA repair protein RadC  45.83 
 
 		 164 aa  129  3e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.21413 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  44.2 
 
 		 224 aa  128  4.0000000000000003e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1396  DNA repair protein RadC  47.92 
 
 		 164 aa  127  5.0000000000000004e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>