More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_31260 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008463  PA14_31260  RadC-like protein  100 
 
 		 168 aa  342  2e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145795  unclonable  2.34568e-22 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1867  DNA repair protein RadC  95.83 
 
 		 168 aa  327  3e-89  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36040  DNA repair protein RadC-like protein  88.69 
 
 		 168 aa  308  2.9999999999999997e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2636  DNA repair protein RadC  86.9 
 
 		 168 aa  303  9.000000000000001e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0606643 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2319  DNA repair protein RadC  88.17 
 
 		 169 aa  299  1e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.094604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3538  DNA repair protein RadC  76.92 
 
 		 169 aa  266  1e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2347  DNA repair protein RadC  73.96 
 
 		 169 aa  258  2e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00287634  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2620  hypothetical protein  78.85 
 
 		 169 aa  257  5.0000000000000005e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.521517 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1252  DNA repair protein RadC  76.13 
 
 		 169 aa  245  2e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1273  DNA repair protein RadC  74.84 
 
 		 168 aa  241  3e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1238  DNA repair protein RadC  93.33 
 
 		 138 aa  229  1e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.159004 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1134  DNA repair protein RadC  61.54 
 
 		 169 aa  202  1e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1658  hypothetical protein  56.55 
 
 		 169 aa  192  1e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00985169  normal  0.385856 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4157  DNA repair protein RadC  58.71 
 
 		 168 aa  189  1e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1383  putative DNA repair protein RadC  56.74 
 
 		 158 aa  176  1e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4202  DNA repair protein RadC  51.59 
 
 		 164 aa  172  2.9999999999999996e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.21413 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2951  DNA repair protein, RadC family protein  56.46 
 
 		 158 aa  169  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.606536  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  51.97 
 
 		 244 aa  160  9e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  50.66 
 
 		 224 aa  157  8e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001836  DNA repair protein RadC  52.03 
 
 		 158 aa  156  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 224 aa  156  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1455  RadC family DNA repair protein  55.94 
 
 		 157 aa  155  2e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  55 
 
 		 224 aa  155  2e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1257  DNA repair protein RadC  54.55 
 
 		 157 aa  155  3e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.502332 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  49.34 
 
 		 224 aa  155  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0110  DNA repair protein RadC  50.61 
 
 		 242 aa  155  4e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0125  DNA repair protein RadC  50.61 
 
 		 242 aa  155  4e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.695011  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2155  DNA repair protein RadC  53.95 
 
 		 223 aa  154  4e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.365065  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  52.6 
 
 		 224 aa  154  6e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3339  DNA repair protein RadC  49.34 
 
 		 224 aa  154  7e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0155907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  50.66 
 
 		 224 aa  154  8e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3443  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 159 aa  154  8e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2357  DNA repair protein RadC  52.74 
 
 		 160 aa  153  9e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.162482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  51.33 
 
 		 224 aa  152  1e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02919  DNA repair protein RadC  52.35 
 
 		 225 aa  152  2e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  51.32 
 
 		 223 aa  152  2e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  57.14 
 
 		 234 aa  152  2e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  49.34 
 
 		 224 aa  152  2.9999999999999998e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0327  DNA repair protein RadC  55.07 
 
 		 225 aa  152  2.9999999999999998e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000320995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 224 aa  151  4e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2291  DNA repair protein RadC  51.32 
 
 		 242 aa  150  7e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0121519 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2861  DNA repair protein RadC  50.67 
 
 		 166 aa  150  8e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0376  DNA repair protein RadC  54.07 
 
 		 225 aa  150  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000147811  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3426  DNA repair protein RadC  53.85 
 
 		 164 aa  149  1e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334518 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0946  DNA repair protein RadC  51.05 
 
 		 164 aa  150  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  51.32 
 
 		 224 aa  150  1e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2396  DNA repair protein  51.05 
 
 		 164 aa  150  1e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3005  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 164 aa  149  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2184  DNA repair protein RadC  51.05 
 
 		 164 aa  149  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0308  RadC family DNA repair protein  48.98 
 
 		 159 aa  147  5e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00747747  hitchhiker  0.00434898 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3450  DNA repair protein RadC  51.97 
 
 		 238 aa  147  5e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.268052  normal  0.632907 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1789  DNA repair protein  50.72 
 
 		 224 aa  147  5e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.582251  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3481  DNA repair protein RadC  48.68 
 
 		 233 aa  147  5e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000421033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2695  DNA repair protein RadC  55.92 
 
 		 222 aa  147  5e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2777  DNA repair protein RadC  51.97 
 
 		 238 aa  147  7e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0625  DNA repair protein RadC  52.08 
 
 		 171 aa  147  7e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  48.05 
 
 		 224 aa  147  7e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3298  DNA repair protein RadC  52.05 
 
 		 164 aa  147  8e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.170702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  48.03 
 
 		 224 aa  147  8e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3828  DNA repair protein RadC  48.03 
 
 		 225 aa  147  8e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.760529  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1654  DNA repair protein RadC  50.66 
 
 		 237 aa  147  9e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0794365  normal  0.385806 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  50.66 
 
 		 224 aa  147  9e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0377  DNA repair protein RadC  53.33 
 
 		 225 aa  146  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000108999  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0402  DNA repair protein RadC  53.33 
 
 		 225 aa  146  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000130829  hitchhiker  0.000000000166485 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0388  DNA repair protein RadC  53.33 
 
 		 225 aa  146  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000131294  hitchhiker  0.0000732355 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  48.67 
 
 		 224 aa  145  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4248  DNA repair protein RadC  52.59 
 
 		 225 aa  145  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1772  DNA repair protein RadC  47.62 
 
 		 160 aa  146  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0323381  normal  0.027226 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  47.68 
 
 		 224 aa  145  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4033  DNA repair protein RadC  48.67 
 
 		 225 aa  145  3e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2927  DNA repair protein RadC  52.45 
 
 		 164 aa  145  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.445882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3597  DNA repair protein RadC  52.59 
 
 		 225 aa  145  3e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0215962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0359  DNA repair protein RadC  52.59 
 
 		 225 aa  145  3e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.088498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3770  DNA repair protein RadC  52.59 
 
 		 225 aa  145  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.625851  normal  0.642753 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1181  DNA repair protein RadC  47.06 
 
 		 165 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.426303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0528  DNA repair protein RadC  50.98 
 
 		 224 aa  144  4.0000000000000006e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.204187  unclonable  0.0000000000301239 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0358  DNA repair protein RadC  50.98 
 
 		 224 aa  144  4.0000000000000006e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0692  DNA repair protein RadC  47.89 
 
 		 158 aa  144  5e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0462  DNA repair protein RadC  51.85 
 
 		 225 aa  144  5e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000108191  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1254  DNA repair protein RadC  49.65 
 
 		 164 aa  144  5e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.621293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1396  DNA repair protein RadC  49.65 
 
 		 164 aa  144  5e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3837  DNA repair protein RadC  47.06 
 
 		 225 aa  144  5e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00013144  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  47.68 
 
 		 224 aa  144  6e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1776  DNA repair protein RadC  53.42 
 
 		 168 aa  144  6e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.647543  normal  0.252208 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1032  DNA repair protein RadC  44.38 
 
 		 160 aa  143  9e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3521  DNA repair protein RadC  50.63 
 
 		 168 aa  143  1e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1699  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 164 aa  143  1e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.233274  normal  0.0652003 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0326  DNA repair protein RadC  46.71 
 
 		 225 aa  142  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0170314  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2355  DNA repair protein RadC  48.95 
 
 		 164 aa  142  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000960813  unclonable  0.000000132381 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3773  DNA repair protein RadC  54.29 
 
 		 237 aa  142  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3359  DNA repair protein RadC  48.67 
 
 		 158 aa  142  3e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  47.1 
 
 		 224 aa  141  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08165  DNA repair protein RadC  51.41 
 
 		 305 aa  142  3e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4181  DNA repair protein RadC  47.59 
 
 		 164 aa  141  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0593458  normal  0.95657 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  48.67 
 
 		 228 aa  141  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1182  DNA repair protein RadC  49.65 
 
 		 164 aa  141  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  45.39 
 
 		 221 aa  141  5e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  48.03 
 
 		 224 aa  140  6e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0474  DNA repair protein RadC  46.26 
 
 		 157 aa  140  7e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.995091 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5335  DNA repair protein RadC  47.37 
 
 		 226 aa  140  7e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00550179 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>