More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1238 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1238  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 138 aa  283  5e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.159004 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36040  DNA repair protein RadC-like protein  94.17 
 
 		 168 aa  230  6e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31260  RadC-like protein  93.33 
 
 		 168 aa  229  9e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145795  unclonable  2.34568e-22 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1867  DNA repair protein RadC  93.33 
 
 		 168 aa  229  1e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2636  DNA repair protein RadC  89.17 
 
 		 168 aa  220  4.9999999999999996e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0606643 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2319  DNA repair protein RadC  83.47 
 
 		 169 aa  204  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.094604  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2347  DNA repair protein RadC  73.55 
 
 		 169 aa  177  2.9999999999999997e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00287634  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3538  DNA repair protein RadC  73.55 
 
 		 169 aa  176  7e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2620  hypothetical protein  76.85 
 
 		 169 aa  171  2.9999999999999996e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.521517 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1252  DNA repair protein RadC  74.77 
 
 		 169 aa  166  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1273  DNA repair protein RadC  71.96 
 
 		 168 aa  155  1e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1134  DNA repair protein RadC  60.33 
 
 		 169 aa  139  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4157  DNA repair protein RadC  56.36 
 
 		 168 aa  131  3e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1658  hypothetical protein  52.5 
 
 		 169 aa  128  3e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00985169  normal  0.385856 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1383  putative DNA repair protein RadC  59.14 
 
 		 158 aa  119  9.999999999999999e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2951  DNA repair protein, RadC family protein  52.78 
 
 		 158 aa  115  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.606536  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1257  DNA repair protein RadC  54.74 
 
 		 157 aa  108  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.502332 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1455  RadC family DNA repair protein  54.74 
 
 		 157 aa  107  7.000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4202  DNA repair protein RadC  42.86 
 
 		 164 aa  105  3e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.21413 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2357  DNA repair protein RadC  56.12 
 
 		 160 aa  105  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.162482  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2291  DNA repair protein RadC  49.56 
 
 		 242 aa  103  6e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0121519 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  55.79 
 
 		 224 aa  103  9e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2493  RadC family protein  47.32 
 
 		 182 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.601197  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001836  DNA repair protein RadC  48.54 
 
 		 158 aa  102  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  47.79 
 
 		 223 aa  102  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  47.79 
 
 		 224 aa  102  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  47.62 
 
 		 224 aa  101  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  45.13 
 
 		 244 aa  101  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1772  DNA repair protein RadC  47.47 
 
 		 160 aa  101  4e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0323381  normal  0.027226 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  50.47 
 
 		 224 aa  100  7e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3339  DNA repair protein RadC  47.12 
 
 		 224 aa  100  8e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0155907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  47.62 
 
 		 224 aa  99.8  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0377  DNA repair protein RadC  52.22 
 
 		 225 aa  98.6  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000108999  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1181  DNA repair protein RadC  46.67 
 
 		 165 aa  99  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.426303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  47.12 
 
 		 224 aa  99  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0402  DNA repair protein RadC  52.22 
 
 		 225 aa  98.6  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000130829  hitchhiker  0.000000000166485 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3828  DNA repair protein RadC  45.79 
 
 		 225 aa  98.6  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.760529  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0388  DNA repair protein RadC  52.22 
 
 		 225 aa  98.6  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000131294  hitchhiker  0.0000732355 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0327  DNA repair protein RadC  48.6 
 
 		 225 aa  99  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000320995  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0528  DNA repair protein RadC  49.09 
 
 		 224 aa  98.6  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.204187  unclonable  0.0000000000301239 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 224 aa  98.6  3e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0358  DNA repair protein RadC  49.09 
 
 		 224 aa  98.6  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0110  DNA repair protein RadC  48.28 
 
 		 242 aa  98.6  3e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0125  DNA repair protein RadC  48.28 
 
 		 242 aa  98.6  3e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.695011  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4248  DNA repair protein RadC  51.11 
 
 		 225 aa  97.8  4e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0376  DNA repair protein RadC  52.87 
 
 		 225 aa  97.4  5e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000147811  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3597  DNA repair protein RadC  51.11 
 
 		 225 aa  97.8  5e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0215962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0359  DNA repair protein RadC  51.11 
 
 		 225 aa  97.4  5e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.088498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3770  DNA repair protein RadC  51.11 
 
 		 225 aa  97.4  5e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.625851  normal  0.642753 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  45.79 
 
 		 224 aa  97.4  5e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  46.15 
 
 		 224 aa  97.1  7e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0462  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 225 aa  96.7  9e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000108191  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  45.19 
 
 		 224 aa  95.9  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3481  DNA repair protein RadC  44.23 
 
 		 233 aa  95.5  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000421033  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0692  DNA repair protein RadC  51.06 
 
 		 158 aa  95.5  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  47.71 
 
 		 224 aa  95.1  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0326  DNA repair protein RadC  43.93 
 
 		 225 aa  95.5  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0170314  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2155  DNA repair protein RadC  47.79 
 
 		 223 aa  95.9  2e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.365065  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3443  DNA repair protein RadC  47.27 
 
 		 159 aa  95.1  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02919  DNA repair protein RadC  50.5 
 
 		 225 aa  94.7  3e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  44.04 
 
 		 224 aa  94.7  4e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  41.9 
 
 		 221 aa  94.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  41.9 
 
 		 221 aa  94.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  41.9 
 
 		 221 aa  94.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  41.9 
 
 		 221 aa  94.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3450  DNA repair protein RadC  49.04 
 
 		 238 aa  94.4  5e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.268052  normal  0.632907 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2777  DNA repair protein RadC  49.04 
 
 		 238 aa  94  6e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  47.12 
 
 		 224 aa  94  6e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0144  DNA repair protein RadC  47.47 
 
 		 222 aa  94  6e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00783617  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  43.93 
 
 		 224 aa  92  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2861  DNA repair protein RadC  44.63 
 
 		 166 aa  92  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3837  DNA repair protein RadC  41.67 
 
 		 225 aa  92.4  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00013144  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  41.59 
 
 		 224 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  39.42 
 
 		 222 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  44.25 
 
 		 224 aa  91.7  3e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0385  DNA repair protein RadC  42.06 
 
 		 225 aa  92  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00103198  hitchhiker  0.000000153707 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3005  DNA repair protein RadC  45 
 
 		 164 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4063  DNA repair protein RadC  39.42 
 
 		 222 aa  91.7  3e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000737579  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0159  DNA repair protein RadC  45.19 
 
 		 221 aa  91.7  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130887  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03495  DNA repair protein RadC  39.42 
 
 		 222 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0032943  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  40.95 
 
 		 221 aa  91.7  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03447  hypothetical protein  39.42 
 
 		 222 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  43.93 
 
 		 224 aa  91.3  4e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3973  DNA repair protein RadC  39.42 
 
 		 222 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000015619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4139  DNA repair protein RadC  39.42 
 
 		 222 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000017896  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  45.19 
 
 		 221 aa  91.3  4e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5008  DNA repair protein RadC  39.42 
 
 		 222 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000900324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0073  DNA repair protein RadC  39.42 
 
 		 214 aa  90.9  5e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000433644  hitchhiker  0.000000188277 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3521  DNA repair protein RadC  47.27 
 
 		 168 aa  90.9  5e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1776  DNA repair protein RadC  51.02 
 
 		 168 aa  91.3  5e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.647543  normal  0.252208 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08165  DNA repair protein RadC  48.54 
 
 		 305 aa  90.9  5e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  45.13 
 
 		 224 aa  90.9  5e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0067  DNA repair protein RadC  39.42 
 
 		 222 aa  90.5  6e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000216711  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1904  DNA repair protein RadC  49.04 
 
 		 226 aa  90.9  6e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000968261 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2695  DNA repair protein RadC  51.33 
 
 		 222 aa  90.5  6e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1259  DNA repair protein RadC  53.06 
 
 		 158 aa  90.5  6e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3773  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 237 aa  90.5  7e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1699  DNA repair protein RadC  46.49 
 
 		 164 aa  90.1  8e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.233274  normal  0.0652003 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2927  DNA repair protein RadC  47.37 
 
 		 164 aa  90.1  9e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.445882  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  43.36 
 
 		 224 aa  90.1  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>