More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1257 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1257  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 157 aa  327  6e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.502332 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1455  RadC family DNA repair protein  92.36 
 
 		 157 aa  302  1.0000000000000001e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1259  DNA repair protein RadC  70.07 
 
 		 158 aa  197  5e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1699  DNA repair protein RadC  66.67 
 
 		 164 aa  193  7e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.233274  normal  0.0652003 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1804  DNA repair protein RadC  64.29 
 
 		 168 aa  193  7e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.764768  normal  0.391578 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1776  DNA repair protein RadC  63.69 
 
 		 168 aa  192  1e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.647543  normal  0.252208 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3521  DNA repair protein RadC  64.29 
 
 		 168 aa  189  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0380  DNA repair protein RadC  66.44 
 
 		 163 aa  186  1e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000656816 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001836  DNA repair protein RadC  60.28 
 
 		 158 aa  184  4e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1383  putative DNA repair protein RadC  61.43 
 
 		 158 aa  183  6e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2951  DNA repair protein, RadC family protein  61.54 
 
 		 158 aa  181  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.606536  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2357  DNA repair protein RadC  59.62 
 
 		 160 aa  180  7e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.162482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0327  DNA repair protein RadC  63.77 
 
 		 225 aa  177  5.999999999999999e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000320995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0326  DNA repair protein RadC  63.04 
 
 		 225 aa  173  6e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0170314  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3828  DNA repair protein RadC  61.15 
 
 		 225 aa  172  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.760529  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0377  DNA repair protein RadC  63.91 
 
 		 225 aa  171  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000108999  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0402  DNA repair protein RadC  63.91 
 
 		 225 aa  171  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000130829  hitchhiker  0.000000000166485 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0388  DNA repair protein RadC  63.91 
 
 		 225 aa  171  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000131294  hitchhiker  0.0000732355 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4248  DNA repair protein RadC  63.16 
 
 		 225 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3597  DNA repair protein RadC  63.16 
 
 		 225 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0215962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0462  DNA repair protein RadC  63.16 
 
 		 225 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000108191  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0376  DNA repair protein RadC  63.91 
 
 		 225 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000147811  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0359  DNA repair protein RadC  63.16 
 
 		 225 aa  171  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.088498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3770  DNA repair protein RadC  63.16 
 
 		 225 aa  171  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.625851  normal  0.642753 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3837  DNA repair protein RadC  60.43 
 
 		 225 aa  169  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00013144  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3481  DNA repair protein RadC  60.43 
 
 		 233 aa  168  3e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000421033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4561  DNA repair protein RadC  59.71 
 
 		 225 aa  167  5e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000169917  hitchhiker  0.00000617306 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  57.14 
 
 		 224 aa  164  2.9999999999999998e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3538  DNA repair protein RadC  56.25 
 
 		 169 aa  165  2.9999999999999998e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  57.14 
 
 		 224 aa  164  4e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2620  hypothetical protein  54.86 
 
 		 169 aa  164  5e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.521517 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36040  DNA repair protein RadC-like protein  55.24 
 
 		 168 aa  162  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2319  DNA repair protein RadC  54.73 
 
 		 169 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.094604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0385  DNA repair protein RadC  59.42 
 
 		 225 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00103198  hitchhiker  0.000000153707 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  58.57 
 
 		 224 aa  161  3e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1867  DNA repair protein RadC  54.55 
 
 		 168 aa  161  3e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  53.64 
 
 		 223 aa  159  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2636  DNA repair protein RadC  53.85 
 
 		 168 aa  158  3e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0606643 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31260  RadC-like protein  54.55 
 
 		 168 aa  155  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145795  unclonable  2.34568e-22 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1252  DNA repair protein RadC  54.61 
 
 		 169 aa  155  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2347  DNA repair protein RadC  53.52 
 
 		 169 aa  154  3e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00287634  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4842  DNA repair protein RadC  51.97 
 
 		 227 aa  154  6e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000109613  hitchhiker  0.0000409278 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1273  DNA repair protein RadC  54.17 
 
 		 168 aa  153  7e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08165  DNA repair protein RadC  54.23 
 
 		 305 aa  153  1e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00049  DNA repair protein RadC  57.36 
 
 		 225 aa  153  1e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00103184  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0046  DNA repair protein RadC  55.4 
 
 		 224 aa  152  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.178856  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2155  DNA repair protein RadC  54.68 
 
 		 223 aa  152  2e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.365065  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2291  DNA repair protein RadC  56.12 
 
 		 242 aa  151  2.9999999999999998e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0121519 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  51.97 
 
 		 224 aa  150  5.9999999999999996e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  52.14 
 
 		 224 aa  149  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4157  DNA repair protein RadC  52.45 
 
 		 168 aa  149  1e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  51.43 
 
 		 221 aa  149  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4155  DNA repair protein RadC  50.66 
 
 		 222 aa  148  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000385869  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0055  DNA repair protein RadC  50.66 
 
 		 222 aa  148  3e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00110117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0061  DNA repair protein RadC  50.66 
 
 		 222 aa  148  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000803057  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0692  DNA repair protein RadC  47.1 
 
 		 158 aa  147  4e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0159  DNA repair protein RadC  50.71 
 
 		 221 aa  147  5e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130887  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4390  DNA repair protein RadC  48.32 
 
 		 221 aa  147  6e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00436549  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  52.14 
 
 		 224 aa  147  6e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_33  DNA repair protein RadC  49.66 
 
 		 154 aa  146  9e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1658  hypothetical protein  51.05 
 
 		 169 aa  146  9e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00985169  normal  0.385856 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4100  DNA repair protein RadC  48.32 
 
 		 221 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0607652  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  51.43 
 
 		 224 aa  145  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  51.43 
 
 		 224 aa  145  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3005  DNA repair protein RadC  50.35 
 
 		 164 aa  145  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0144  DNA repair protein RadC  52.46 
 
 		 222 aa  144  4.0000000000000006e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00783617  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  51.43 
 
 		 224 aa  144  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2972  DNA repair protein RadC  56.35 
 
 		 224 aa  144  6e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4745  DNA repair protein RadC  49.31 
 
 		 162 aa  144  6e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0218895  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2888  DNA repair protein RadC  56.82 
 
 		 157 aa  144  7.0000000000000006e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  52.14 
 
 		 224 aa  144  7.0000000000000006e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  50.71 
 
 		 224 aa  143  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  53.96 
 
 		 224 aa  142  1e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  56.35 
 
 		 224 aa  142  2e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03495  DNA repair protein RadC  52.46 
 
 		 222 aa  141  3e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0032943  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0067  DNA repair protein RadC  52.46 
 
 		 222 aa  141  3e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000216711  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5008  DNA repair protein RadC  52.46 
 
 		 222 aa  141  3e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000900324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4063  DNA repair protein RadC  52.46 
 
 		 222 aa  141  3e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000737579  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1383  DNA repair protein RadC  56.06 
 
 		 157 aa  141  3e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  52.46 
 
 		 222 aa  142  3e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3973  DNA repair protein RadC  52.46 
 
 		 222 aa  141  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000015619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4139  DNA repair protein RadC  52.46 
 
 		 222 aa  141  3e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000017896  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03447  hypothetical protein  52.46 
 
 		 222 aa  141  3e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0073  DNA repair protein RadC  52.46 
 
 		 214 aa  142  3e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000433644  hitchhiker  0.000000188277 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1181  DNA repair protein RadC  49.31 
 
 		 165 aa  142  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.426303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0056  DNA repair protein RadC  48.57 
 
 		 225 aa  142  3e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.183755  normal  0.0623388 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  47.86 
 
 		 221 aa  141  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  47.86 
 
 		 221 aa  141  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  47.86 
 
 		 221 aa  141  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  47.86 
 
 		 221 aa  141  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  47.86 
 
 		 221 aa  140  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02919  DNA repair protein RadC  52.38 
 
 		 225 aa  140  7e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2396  DNA repair protein  50.34 
 
 		 164 aa  140  7e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0946  DNA repair protein RadC  50.34 
 
 		 164 aa  140  8e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  46.79 
 
 		 224 aa  140  9e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2184  DNA repair protein RadC  50.34 
 
 		 164 aa  139  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0101  DNA repair protein RadC  50.39 
 
 		 221 aa  139  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000716823  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1134  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 169 aa  139  1.9999999999999998e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0625  DNA repair protein RadC  52.14 
 
 		 171 aa  138  3e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2927  DNA repair protein RadC  50.78 
 
 		 164 aa  136  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.445882  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>