More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_1273 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_1273  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 168 aa  337  2.9999999999999998e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3538  DNA repair protein RadC  77.51 
 
 		 169 aa  264  4e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31260  RadC-like protein  75 
 
 		 168 aa  262  2e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145795  unclonable  2.34568e-22 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2636  DNA repair protein RadC  74.4 
 
 		 168 aa  256  9e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0606643 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2319  DNA repair protein RadC  73.96 
 
 		 169 aa  256  1e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.094604  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2620  hypothetical protein  77.56 
 
 		 169 aa  254  4e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.521517 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2347  DNA repair protein RadC  74.56 
 
 		 169 aa  253  8e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00287634  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36040  DNA repair protein RadC-like protein  73.21 
 
 		 168 aa  253  9e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1252  DNA repair protein RadC  78.71 
 
 		 169 aa  249  1e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1867  DNA repair protein RadC  71.43 
 
 		 168 aa  248  3e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1134  DNA repair protein RadC  62.13 
 
 		 169 aa  201  5e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1658  hypothetical protein  58.93 
 
 		 169 aa  198  1.9999999999999998e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00985169  normal  0.385856 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4157  DNA repair protein RadC  63.23 
 
 		 168 aa  196  2.0000000000000003e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4202  DNA repair protein RadC  59.24 
 
 		 164 aa  194  6e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.21413 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1383  putative DNA repair protein RadC  61.84 
 
 		 158 aa  192  2e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1238  DNA repair protein RadC  72.5 
 
 		 138 aa  176  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.159004 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2357  DNA repair protein RadC  56.79 
 
 		 160 aa  173  8e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.162482  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2951  DNA repair protein, RadC family protein  58.33 
 
 		 158 aa  170  7.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.606536  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  59.56 
 
 		 224 aa  170  1e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3339  DNA repair protein RadC  59.29 
 
 		 224 aa  166  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0155907  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001836  DNA repair protein RadC  58.45 
 
 		 158 aa  165  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0376  DNA repair protein RadC  59.26 
 
 		 225 aa  161  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000147811  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0327  DNA repair protein RadC  59.56 
 
 		 225 aa  161  4.0000000000000004e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000320995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  56.43 
 
 		 224 aa  160  8.000000000000001e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  58.57 
 
 		 244 aa  160  9e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0388  DNA repair protein RadC  59.26 
 
 		 225 aa  159  1e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000131294  hitchhiker  0.0000732355 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  53.29 
 
 		 224 aa  160  1e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3298  DNA repair protein RadC  56.16 
 
 		 164 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.170702  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0402  DNA repair protein RadC  59.26 
 
 		 225 aa  159  1e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000130829  hitchhiker  0.000000000166485 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0377  DNA repair protein RadC  59.26 
 
 		 225 aa  159  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000108999  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  56.43 
 
 		 224 aa  159  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1455  RadC family DNA repair protein  56.94 
 
 		 157 aa  159  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4248  DNA repair protein RadC  59.26 
 
 		 225 aa  159  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0326  DNA repair protein RadC  62.7 
 
 		 225 aa  159  2e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0170314  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3597  DNA repair protein RadC  59.26 
 
 		 225 aa  159  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0215962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0359  DNA repair protein RadC  59.26 
 
 		 225 aa  159  2e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.088498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3770  DNA repair protein RadC  59.26 
 
 		 225 aa  159  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.625851  normal  0.642753 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1254  DNA repair protein RadC  60.8 
 
 		 164 aa  158  3e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.621293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1396  DNA repair protein RadC  60.8 
 
 		 164 aa  158  3e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0462  DNA repair protein RadC  58.52 
 
 		 225 aa  157  5e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000108191  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3005  DNA repair protein RadC  55.24 
 
 		 164 aa  157  6e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3828  DNA repair protein RadC  60.32 
 
 		 225 aa  157  6e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.760529  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1182  DNA repair protein RadC  63.2 
 
 		 164 aa  157  8e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  55.71 
 
 		 224 aa  156  1e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4033  DNA repair protein RadC  57.14 
 
 		 225 aa  155  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2927  DNA repair protein RadC  55.48 
 
 		 164 aa  155  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.445882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3481  DNA repair protein RadC  59.4 
 
 		 233 aa  155  3e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000421033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  56.3 
 
 		 224 aa  155  3e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2355  DNA repair protein RadC  60 
 
 		 164 aa  155  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000960813  unclonable  0.000000132381 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  56.43 
 
 		 224 aa  154  5.0000000000000005e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1257  DNA repair protein RadC  54.17 
 
 		 157 aa  154  6e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.502332 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2972  DNA repair protein RadC  58.73 
 
 		 224 aa  154  6e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1181  DNA repair protein RadC  52.94 
 
 		 165 aa  154  7e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.426303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0625  DNA repair protein RadC  61.6 
 
 		 171 aa  153  8e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2396  DNA repair protein  57.6 
 
 		 164 aa  153  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2184  DNA repair protein RadC  57.6 
 
 		 164 aa  153  1e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2695  DNA repair protein RadC  62.14 
 
 		 222 aa  153  1e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2861  DNA repair protein RadC  53.33 
 
 		 166 aa  153  1e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0946  DNA repair protein RadC  57.6 
 
 		 164 aa  152  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  55.71 
 
 		 224 aa  152  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3837  DNA repair protein RadC  57.14 
 
 		 225 aa  152  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00013144  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  52.14 
 
 		 224 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  53.57 
 
 		 223 aa  150  5e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  52.31 
 
 		 224 aa  151  5e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1776  DNA repair protein RadC  57.64 
 
 		 168 aa  151  5e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.647543  normal  0.252208 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  52.14 
 
 		 224 aa  151  5e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4745  DNA repair protein RadC  54.49 
 
 		 162 aa  151  5e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0218895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3443  DNA repair protein RadC  58.4 
 
 		 159 aa  150  5e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1654  DNA repair protein RadC  56.43 
 
 		 237 aa  150  5.9999999999999996e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0794365  normal  0.385806 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0695  DNA repair protein RadC  60.71 
 
 		 222 aa  150  7e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.63774 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3773  DNA repair protein RadC  55.71 
 
 		 237 aa  150  8.999999999999999e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  53.57 
 
 		 224 aa  150  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0385  DNA repair protein RadC  56.25 
 
 		 225 aa  149  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00103198  hitchhiker  0.000000153707 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08165  DNA repair protein RadC  59.5 
 
 		 305 aa  150  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3450  DNA repair protein RadC  57.14 
 
 		 238 aa  149  1e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.268052  normal  0.632907 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0685  DNA repair protein RadC  51.05 
 
 		 164 aa  150  1e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.605515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1259  DNA repair protein RadC  57.64 
 
 		 158 aa  149  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_33  DNA repair protein RadC  54.68 
 
 		 154 aa  149  2e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2777  DNA repair protein RadC  57.14 
 
 		 238 aa  149  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1699  DNA repair protein RadC  57.64 
 
 		 164 aa  149  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.233274  normal  0.0652003 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4561  DNA repair protein RadC  56.92 
 
 		 225 aa  149  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000169917  hitchhiker  0.00000617306 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3426  DNA repair protein RadC  52.45 
 
 		 164 aa  149  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334518 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  55.4 
 
 		 224 aa  148  3e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3521  DNA repair protein RadC  58.33 
 
 		 168 aa  148  3e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1254  DNA repair protein RadC  61.29 
 
 		 225 aa  148  4e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.700963  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1804  DNA repair protein RadC  56.94 
 
 		 168 aa  148  4e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.764768  normal  0.391578 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0474  DNA repair protein RadC  51.05 
 
 		 157 aa  147  6e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.995091 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0692  DNA repair protein RadC  57.38 
 
 		 158 aa  147  8e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2231  DNA repair protein RadC  62.6 
 
 		 193 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.173334  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3252  DNA repair protein RadC  53.57 
 
 		 234 aa  146  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  50.66 
 
 		 224 aa  145  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0380  DNA repair protein RadC  56.25 
 
 		 163 aa  145  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000656816 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3142  DNA repair protein RadC  56 
 
 		 226 aa  145  3e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00442306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  54.68 
 
 		 224 aa  145  4.0000000000000006e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  53.57 
 
 		 224 aa  144  4.0000000000000006e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4181  DNA repair protein RadC  54.4 
 
 		 164 aa  144  5e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0593458  normal  0.95657 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1789  DNA repair protein  53.33 
 
 		 224 aa  144  5e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.582251  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 224 aa  144  6e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  52.17 
 
 		 224 aa  144  7.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3359  DNA repair protein RadC  55.2 
 
 		 158 aa  143  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>