More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3298 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3298  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 164 aa  333  5.999999999999999e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.170702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2927  DNA repair protein RadC  95.12 
 
 		 164 aa  315  2e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.445882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3005  DNA repair protein RadC  62.8 
 
 		 164 aa  209  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  65.62 
 
 		 224 aa  170  5.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  60.4 
 
 		 224 aa  169  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  63.28 
 
 		 224 aa  167  7e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2861  DNA repair protein RadC  51.81 
 
 		 166 aa  164  4e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1383  putative DNA repair protein RadC  51.66 
 
 		 158 aa  160  5.0000000000000005e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1273  DNA repair protein RadC  56.16 
 
 		 168 aa  159  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  57.66 
 
 		 224 aa  157  4e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2319  DNA repair protein RadC  52.7 
 
 		 169 aa  157  7e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.094604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  54.36 
 
 		 224 aa  155  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1254  DNA repair protein RadC  53.47 
 
 		 164 aa  154  4e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.621293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1396  DNA repair protein RadC  53.47 
 
 		 164 aa  154  4e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1252  DNA repair protein RadC  54.55 
 
 		 169 aa  154  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2620  hypothetical protein  53.06 
 
 		 169 aa  153  8e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.521517 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2355  DNA repair protein RadC  52.08 
 
 		 164 aa  152  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000960813  unclonable  0.000000132381 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  56.93 
 
 		 224 aa  152  2.9999999999999998e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  54.61 
 
 		 224 aa  151  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  57.81 
 
 		 224 aa  152  2.9999999999999998e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36040  DNA repair protein RadC-like protein  52.45 
 
 		 168 aa  151  4e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2396  DNA repair protein  52.08 
 
 		 164 aa  151  4e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0946  DNA repair protein RadC  52.08 
 
 		 164 aa  151  5e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2184  DNA repair protein RadC  52.08 
 
 		 164 aa  150  5e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3426  DNA repair protein RadC  51.59 
 
 		 164 aa  150  5e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334518 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3538  DNA repair protein RadC  52.74 
 
 		 169 aa  150  8.999999999999999e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1182  DNA repair protein RadC  52.78 
 
 		 164 aa  149  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02919  DNA repair protein RadC  53.91 
 
 		 225 aa  148  3e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  58.27 
 
 		 224 aa  148  4e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2636  DNA repair protein RadC  51.75 
 
 		 168 aa  147  5e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0606643 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31260  RadC-like protein  52.05 
 
 		 168 aa  147  8e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145795  unclonable  2.34568e-22 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0685  DNA repair protein RadC  50.69 
 
 		 164 aa  147  8e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.605515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  54.69 
 
 		 224 aa  146  1.0000000000000001e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  52.34 
 
 		 224 aa  146  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4181  DNA repair protein RadC  49.31 
 
 		 164 aa  145  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0593458  normal  0.95657 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0402  DNA repair protein RadC  55.73 
 
 		 225 aa  145  3e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000130829  hitchhiker  0.000000000166485 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0388  DNA repair protein RadC  55.73 
 
 		 225 aa  145  3e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000131294  hitchhiker  0.0000732355 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4248  DNA repair protein RadC  55.73 
 
 		 225 aa  145  3e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0326  DNA repair protein RadC  54.14 
 
 		 225 aa  145  3e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0170314  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3597  DNA repair protein RadC  55.73 
 
 		 225 aa  145  3e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0215962  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2291  DNA repair protein RadC  51.82 
 
 		 242 aa  145  3e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0121519 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0377  DNA repair protein RadC  55.73 
 
 		 225 aa  145  3e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000108999  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0376  DNA repair protein RadC  55.73 
 
 		 225 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000147811  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0359  DNA repair protein RadC  55.73 
 
 		 225 aa  144  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.088498  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001836  DNA repair protein RadC  53.12 
 
 		 158 aa  144  4.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3770  DNA repair protein RadC  55.73 
 
 		 225 aa  144  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.625851  normal  0.642753 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0110  DNA repair protein RadC  50.69 
 
 		 242 aa  144  6e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0125  DNA repair protein RadC  50.69 
 
 		 242 aa  144  6e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.695011  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0462  DNA repair protein RadC  54.96 
 
 		 225 aa  144  6e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000108191  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2357  DNA repair protein RadC  49.66 
 
 		 160 aa  143  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.162482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1867  DNA repair protein RadC  50.35 
 
 		 168 aa  142  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0492  DNA repair protein RadC  47.37 
 
 		 167 aa  143  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3828  DNA repair protein RadC  54.26 
 
 		 225 aa  142  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.760529  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5335  DNA repair protein RadC  52 
 
 		 226 aa  143  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00550179 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  50.78 
 
 		 224 aa  143  1e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  55.47 
 
 		 224 aa  142  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0327  DNA repair protein RadC  55.47 
 
 		 225 aa  142  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000320995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4745  DNA repair protein RadC  51.75 
 
 		 162 aa  141  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0218895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3481  DNA repair protein RadC  54.96 
 
 		 233 aa  141  3e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000421033  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2347  DNA repair protein RadC  55.12 
 
 		 169 aa  142  3e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00287634  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5284  DNA repair protein RadC  53.19 
 
 		 226 aa  141  4e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5194  DNA repair protein RadC  53.19 
 
 		 235 aa  141  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0102732  normal  0.30357 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0692  DNA repair protein RadC  46.58 
 
 		 158 aa  140  7e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  51.82 
 
 		 223 aa  140  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2972  DNA repair protein RadC  50.36 
 
 		 224 aa  139  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3837  DNA repair protein RadC  51.13 
 
 		 225 aa  139  9.999999999999999e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00013144  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0385  DNA repair protein RadC  52.63 
 
 		 225 aa  138  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00103198  hitchhiker  0.000000153707 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  48.03 
 
 		 224 aa  138  3e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4202  DNA repair protein RadC  48.65 
 
 		 164 aa  137  6e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.21413 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08165  DNA repair protein RadC  49.32 
 
 		 305 aa  137  6e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0186  DNA repair protein RadC  54.69 
 
 		 226 aa  137  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.953222  hitchhiker  0.000000662884 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0528  DNA repair protein RadC  50.69 
 
 		 224 aa  137  8.999999999999999e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.204187  unclonable  0.0000000000301239 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0358  DNA repair protein RadC  50.69 
 
 		 224 aa  137  8.999999999999999e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1455  RadC family DNA repair protein  52.34 
 
 		 157 aa  135  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0222  DNA repair protein RadC  52.34 
 
 		 224 aa  135  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0750  RadC family DNA repair protein  44.44 
 
 		 162 aa  135  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1257  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 157 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.502332 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4561  DNA repair protein RadC  52.31 
 
 		 225 aa  134  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000169917  hitchhiker  0.00000617306 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2951  DNA repair protein, RadC family protein  46.53 
 
 		 158 aa  134  5e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.606536  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0625  DNA repair protein RadC  51.39 
 
 		 171 aa  134  7.000000000000001e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  51.15 
 
 		 224 aa  134  7.000000000000001e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1772  DNA repair protein RadC  46.95 
 
 		 160 aa  132  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0323381  normal  0.027226 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1383  DNA repair protein RadC  43.15 
 
 		 157 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  50.37 
 
 		 224 aa  132  3e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0474  DNA repair protein RadC  43.95 
 
 		 157 aa  131  3.9999999999999996e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.995091 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3450  DNA repair protein RadC  49.66 
 
 		 238 aa  131  3.9999999999999996e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.268052  normal  0.632907 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1658  hypothetical protein  45.89 
 
 		 169 aa  131  5e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00985169  normal  0.385856 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2777  DNA repair protein RadC  48.99 
 
 		 238 aa  130  6.999999999999999e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4157  DNA repair protein RadC  48.63 
 
 		 168 aa  130  7.999999999999999e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3339  DNA repair protein RadC  45.34 
 
 		 224 aa  130  7.999999999999999e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0155907  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2888  DNA repair protein RadC  41.78 
 
 		 157 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1789  DNA repair protein  50.78 
 
 		 224 aa  129  1.0000000000000001e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.582251  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2155  DNA repair protein RadC  51.09 
 
 		 223 aa  129  1.0000000000000001e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.365065  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0046  DNA repair protein RadC  47.45 
 
 		 224 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.178856  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1654  DNA repair protein RadC  48.99 
 
 		 237 aa  129  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0794365  normal  0.385806 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  50.79 
 
 		 224 aa  128  3e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1699  DNA repair protein RadC  49.65 
 
 		 164 aa  128  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.233274  normal  0.0652003 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3521  DNA repair protein RadC  47.37 
 
 		 168 aa  128  4.0000000000000003e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4155  DNA repair protein RadC  44.96 
 
 		 222 aa  127  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000385869  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0061  DNA repair protein RadC  44.96 
 
 		 222 aa  127  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000803057  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>