More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0685 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0685  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 164 aa  336  9.999999999999999e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.605515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2184  DNA repair protein RadC  82.32 
 
 		 164 aa  283  5.999999999999999e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2396  DNA repair protein  81.71 
 
 		 164 aa  281  2.0000000000000002e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0946  DNA repair protein RadC  81.1 
 
 		 164 aa  280  7.000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1254  DNA repair protein RadC  73.17 
 
 		 164 aa  260  4.999999999999999e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.621293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1396  DNA repair protein RadC  73.17 
 
 		 164 aa  260  4.999999999999999e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3426  DNA repair protein RadC  73.17 
 
 		 164 aa  256  1e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334518 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2355  DNA repair protein RadC  71.34 
 
 		 164 aa  253  7e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000960813  unclonable  0.000000132381 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4181  DNA repair protein RadC  70.73 
 
 		 164 aa  249  1e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0593458  normal  0.95657 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1182  DNA repair protein RadC  70.73 
 
 		 164 aa  248  2e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2861  DNA repair protein RadC  58.9 
 
 		 166 aa  198  3e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0492  DNA repair protein RadC  54.86 
 
 		 167 aa  172  1.9999999999999998e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3005  DNA repair protein RadC  53.47 
 
 		 164 aa  164  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  59.38 
 
 		 224 aa  156  1e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  60.66 
 
 		 224 aa  154  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  55.47 
 
 		 224 aa  153  1e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1658  hypothetical protein  53.85 
 
 		 169 aa  152  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00985169  normal  0.385856 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  54.93 
 
 		 224 aa  151  2.9999999999999998e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2620  hypothetical protein  53.24 
 
 		 169 aa  149  1e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.521517 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  56.25 
 
 		 224 aa  149  1e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1273  DNA repair protein RadC  51.05 
 
 		 168 aa  149  1e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3538  DNA repair protein RadC  53.96 
 
 		 169 aa  150  1e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2319  DNA repair protein RadC  49.65 
 
 		 169 aa  149  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.094604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  54.92 
 
 		 224 aa  148  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  55.47 
 
 		 244 aa  148  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  54.69 
 
 		 224 aa  148  3e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3339  DNA repair protein RadC  54.69 
 
 		 224 aa  147  5e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0155907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  56.91 
 
 		 224 aa  147  5e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3298  DNA repair protein RadC  50.69 
 
 		 164 aa  147  8e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.170702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  56.91 
 
 		 224 aa  147  8e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2927  DNA repair protein RadC  50.7 
 
 		 164 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.445882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2695  DNA repair protein RadC  61.29 
 
 		 222 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1252  DNA repair protein RadC  49.65 
 
 		 169 aa  145  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2347  DNA repair protein RadC  52.52 
 
 		 169 aa  144  7.0000000000000006e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00287634  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1032  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 160 aa  144  8.000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3359  DNA repair protein RadC  49.65 
 
 		 158 aa  141  4e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0308  RadC family DNA repair protein  50 
 
 		 159 aa  141  4e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00747747  hitchhiker  0.00434898 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4157  DNA repair protein RadC  51.05 
 
 		 168 aa  141  4e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2357  DNA repair protein RadC  49.66 
 
 		 160 aa  140  5e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.162482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0695  DNA repair protein RadC  56.83 
 
 		 222 aa  141  5e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.63774 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  51.06 
 
 		 224 aa  140  6e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54860  hypothetical protein  45.21 
 
 		 202 aa  140  6e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000637442  unclonable  3.01496e-22 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4033  DNA repair protein RadC  45.12 
 
 		 225 aa  140  8e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36040  DNA repair protein RadC-like protein  48.95 
 
 		 168 aa  139  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2636  DNA repair protein RadC  47.55 
 
 		 168 aa  139  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0606643 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  52.46 
 
 		 224 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3252  DNA repair protein RadC  53.91 
 
 		 234 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31260  RadC-like protein  48.25 
 
 		 168 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145795  unclonable  2.34568e-22 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1867  DNA repair protein RadC  48.25 
 
 		 168 aa  138  3e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0125  DNA repair protein RadC  48.44 
 
 		 242 aa  138  3e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.695011  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0110  DNA repair protein RadC  48.44 
 
 		 242 aa  138  3e-32  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  52.99 
 
 		 224 aa  138  3.9999999999999997e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2951  DNA repair protein, RadC family protein  51.67 
 
 		 158 aa  137  4.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.606536  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3773  DNA repair protein RadC  55.28 
 
 		 237 aa  137  6e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3350  RadC family DNA repair protein  45.83 
 
 		 158 aa  137  6e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3209  RadC family DNA repair protein  46.53 
 
 		 158 aa  137  7e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1772  DNA repair protein RadC  49.29 
 
 		 160 aa  137  7e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0323381  normal  0.027226 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4680  DNA repair protein, RadC family  46.53 
 
 		 158 aa  137  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4804  RadC family DNA repair protein  46.53 
 
 		 158 aa  137  8.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1655  DNA repair protein RadC  45.83 
 
 		 148 aa  136  1e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.153921  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1125  DNA repair protein, RadC family  45.83 
 
 		 158 aa  136  1e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0046  DNA repair protein RadC  47.18 
 
 		 224 aa  136  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.178856  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  53.72 
 
 		 234 aa  135  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3410  RadC family DNA repair protein  46.53 
 
 		 158 aa  135  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4896  RadC family DNA repair protein  45.83 
 
 		 158 aa  135  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2855  DNA repair protein, RadC family  45.83 
 
 		 158 aa  136  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.109102 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1254  DNA repair protein RadC  51.05 
 
 		 225 aa  135  3.0000000000000003e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.700963  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4202  DNA repair protein RadC  46.81 
 
 		 164 aa  135  3.0000000000000003e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.21413 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08165  DNA repair protein RadC  46.58 
 
 		 305 aa  134  4e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001836  DNA repair protein RadC  49.22 
 
 		 158 aa  134  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2246  RadC family DNA repair protein  45.83 
 
 		 158 aa  134  4e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5284  DNA repair protein RadC  53.33 
 
 		 226 aa  134  5e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1383  putative DNA repair protein RadC  45.52 
 
 		 158 aa  134  5e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5194  DNA repair protein RadC  52.46 
 
 		 235 aa  134  5e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0102732  normal  0.30357 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2972  DNA repair protein RadC  49.61 
 
 		 224 aa  134  5e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1402  DNA repair protein, RadC family  45.83 
 
 		 158 aa  134  5e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0957622 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  52 
 
 		 223 aa  134  5e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  49.22 
 
 		 224 aa  134  6.0000000000000005e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3450  DNA repair protein RadC  52.21 
 
 		 238 aa  133  9e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.268052  normal  0.632907 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0186  DNA repair protein RadC  51.64 
 
 		 226 aa  133  9e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.953222  hitchhiker  0.000000662884 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  50.41 
 
 		 224 aa  133  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2777  DNA repair protein RadC  51.82 
 
 		 238 aa  133  9.999999999999999e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0222  DNA repair protein RadC  50.82 
 
 		 224 aa  133  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  52.5 
 
 		 224 aa  133  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  48.57 
 
 		 224 aa  132  1.9999999999999998e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1654  DNA repair protein RadC  54.47 
 
 		 237 aa  132  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0794365  normal  0.385806 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5335  DNA repair protein RadC  51.59 
 
 		 226 aa  132  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00550179 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3443  DNA repair protein RadC  44.29 
 
 		 159 aa  131  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1062  RadC family DNA repair protein  45.83 
 
 		 158 aa  132  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.130862 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1904  DNA repair protein RadC  54.03 
 
 		 226 aa  131  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000968261 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3142  DNA repair protein RadC  58.54 
 
 		 226 aa  131  5e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00442306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0625  DNA repair protein RadC  50.4 
 
 		 171 aa  131  5e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  48.41 
 
 		 224 aa  131  5e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2291  DNA repair protein RadC  49.22 
 
 		 242 aa  130  6e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0121519 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  47.14 
 
 		 224 aa  129  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0144  DNA repair protein RadC  46.67 
 
 		 222 aa  129  1.0000000000000001e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00783617  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  48.33 
 
 		 221 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0358  DNA repair protein RadC  49.21 
 
 		 224 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  48.33 
 
 		 221 aa  129  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  48.41 
 
 		 224 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>