More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_54860 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008463  PA14_54860  hypothetical protein  100 
 
 		 202 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000637442  unclonable  3.01496e-22 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2355  DNA repair protein RadC  49.67 
 
 		 164 aa  158  5e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000960813  unclonable  0.000000132381 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2861  DNA repair protein RadC  51.39 
 
 		 166 aa  155  3e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1254  DNA repair protein RadC  50.33 
 
 		 164 aa  154  9e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.621293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1396  DNA repair protein RadC  50.33 
 
 		 164 aa  154  9e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1182  DNA repair protein RadC  50.98 
 
 		 164 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2396  DNA repair protein  50 
 
 		 164 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4181  DNA repair protein RadC  49.32 
 
 		 164 aa  146  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0593458  normal  0.95657 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0946  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 164 aa  146  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3426  DNA repair protein RadC  46.41 
 
 		 164 aa  146  2.0000000000000003e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334518 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2184  DNA repair protein RadC  49.32 
 
 		 164 aa  144  6e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0492  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 167 aa  144  7.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0685  DNA repair protein RadC  45.21 
 
 		 164 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.605515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3005  DNA repair protein RadC  46.38 
 
 		 164 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  52.46 
 
 		 224 aa  129  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  51.56 
 
 		 224 aa  127  8.000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  47.66 
 
 		 224 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  50.35 
 
 		 224 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2319  DNA repair protein RadC  43.31 
 
 		 169 aa  123  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.094604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  52.5 
 
 		 224 aa  123  2e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 224 aa  122  3e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  47.55 
 
 		 224 aa  122  5e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 224 aa  122  5e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  49.18 
 
 		 224 aa  121  6e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2357  DNA repair protein RadC  45.32 
 
 		 160 aa  121  6e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.162482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2927  DNA repair protein RadC  42.66 
 
 		 164 aa  121  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.445882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  52.46 
 
 		 224 aa  121  8e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  48.53 
 
 		 228 aa  121  9e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2620  hypothetical protein  44.06 
 
 		 169 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.521517 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0222  DNA repair protein RadC  46.09 
 
 		 224 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  50.83 
 
 		 234 aa  120  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001836  DNA repair protein RadC  46.97 
 
 		 158 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  52.46 
 
 		 224 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0625  DNA repair protein RadC  46.9 
 
 		 171 aa  119  1.9999999999999998e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  48.53 
 
 		 224 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2636  DNA repair protein RadC  44.83 
 
 		 168 aa  119  1.9999999999999998e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0606643 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36040  DNA repair protein RadC-like protein  42.68 
 
 		 168 aa  120  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  52.63 
 
 		 224 aa  119  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 224 aa  119  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0358  DNA repair protein RadC  49.18 
 
 		 224 aa  118  4.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0528  DNA repair protein RadC  49.18 
 
 		 224 aa  118  4.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.204187  unclonable  0.0000000000301239 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3538  DNA repair protein RadC  45.26 
 
 		 169 aa  118  6e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  44.63 
 
 		 224 aa  118  7e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31260  RadC-like protein  44.14 
 
 		 168 aa  117  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145795  unclonable  2.34568e-22 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  48.44 
 
 		 224 aa  117  9e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1772  DNA repair protein RadC  41.43 
 
 		 160 aa  117  9e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0323381  normal  0.027226 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1867  DNA repair protein RadC  44.14 
 
 		 168 aa  117  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2347  DNA repair protein RadC  43.8 
 
 		 169 aa  117  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00287634  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  49.18 
 
 		 224 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1252  DNA repair protein RadC  44.53 
 
 		 169 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1383  putative DNA repair protein RadC  46.62 
 
 		 158 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0750  RadC family DNA repair protein  44.2 
 
 		 162 aa  116  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3443  DNA repair protein RadC  44.29 
 
 		 159 aa  116  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1273  DNA repair protein RadC  47.55 
 
 		 168 aa  116  3e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  46.53 
 
 		 244 aa  115  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  43.55 
 
 		 224 aa  116  3e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4157  DNA repair protein RadC  46.53 
 
 		 168 aa  115  3e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3298  DNA repair protein RadC  41.96 
 
 		 164 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.170702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1789  DNA repair protein  45.07 
 
 		 224 aa  115  5e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.582251  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  44.53 
 
 		 224 aa  114  6.9999999999999995e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08165  DNA repair protein RadC  45.32 
 
 		 305 aa  114  6.9999999999999995e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02919  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 225 aa  114  1.0000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0144  DNA repair protein RadC  45.38 
 
 		 222 aa  113  1.0000000000000001e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00783617  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3450  DNA repair protein RadC  42.51 
 
 		 238 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.268052  normal  0.632907 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5194  DNA repair protein RadC  46.55 
 
 		 235 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0102732  normal  0.30357 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5284  DNA repair protein RadC  46.55 
 
 		 226 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4202  DNA repair protein RadC  46.32 
 
 		 164 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.21413 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  42.74 
 
 		 224 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2777  DNA repair protein RadC  42.51 
 
 		 238 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1658  hypothetical protein  45.45 
 
 		 169 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00985169  normal  0.385856 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1655  DNA repair protein RadC  43.06 
 
 		 148 aa  112  3e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.153921  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1125  DNA repair protein, RadC family  43.06 
 
 		 158 aa  112  3e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2695  DNA repair protein RadC  55 
 
 		 222 aa  112  3e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4033  DNA repair protein RadC  45.77 
 
 		 225 aa  112  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2855  DNA repair protein, RadC family  43.06 
 
 		 158 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.109102 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  43.8 
 
 		 224 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4896  RadC family DNA repair protein  43.06 
 
 		 158 aa  112  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3773  DNA repair protein RadC  45.77 
 
 		 237 aa  112  5e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2291  DNA repair protein RadC  49.22 
 
 		 242 aa  111  6e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0121519 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0692  DNA repair protein RadC  44.2 
 
 		 158 aa  111  6e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4680  DNA repair protein, RadC family  43.06 
 
 		 158 aa  111  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  43.38 
 
 		 221 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  43.38 
 
 		 221 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2951  DNA repair protein, RadC family protein  40.28 
 
 		 158 aa  110  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.606536  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  43.38 
 
 		 221 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5335  DNA repair protein RadC  44.35 
 
 		 226 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00550179 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  43.38 
 
 		 221 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1062  RadC family DNA repair protein  42.36 
 
 		 158 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.130862 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0186  DNA repair protein RadC  43.55 
 
 		 226 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.953222  hitchhiker  0.000000662884 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3209  RadC family DNA repair protein  42.36 
 
 		 158 aa  109  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3252  DNA repair protein RadC  41.32 
 
 		 234 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0326  DNA repair protein RadC  46.46 
 
 		 225 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0170314  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4804  RadC family DNA repair protein  42.36 
 
 		 158 aa  109  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0327  DNA repair protein RadC  47.06 
 
 		 225 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000320995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0377  DNA repair protein RadC  48.36 
 
 		 225 aa  109  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000108999  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0110  DNA repair protein RadC  48.36 
 
 		 242 aa  109  3e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1402  DNA repair protein, RadC family  42.36 
 
 		 158 aa  109  3e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0957622 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0402  DNA repair protein RadC  48.36 
 
 		 225 aa  109  3e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000130829  hitchhiker  0.000000000166485 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0462  DNA repair protein RadC  48.36 
 
 		 225 aa  109  3e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000108191  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0125  DNA repair protein RadC  48.36 
 
 		 242 aa  109  3e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.695011  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>