More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2355 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2355  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 164 aa  331  3e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000960813  unclonable  0.000000132381 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1254  DNA repair protein RadC  92.07 
 
 		 164 aa  310  4.999999999999999e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.621293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1396  DNA repair protein RadC  92.07 
 
 		 164 aa  310  4.999999999999999e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1182  DNA repair protein RadC  82.93 
 
 		 164 aa  285  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3426  DNA repair protein RadC  81.1 
 
 		 164 aa  282  2.0000000000000002e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334518 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4181  DNA repair protein RadC  78.05 
 
 		 164 aa  275  2e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0593458  normal  0.95657 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0685  DNA repair protein RadC  71.34 
 
 		 164 aa  253  7e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.605515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2396  DNA repair protein  72.56 
 
 		 164 aa  252  1.0000000000000001e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0946  DNA repair protein RadC  72.56 
 
 		 164 aa  251  2.0000000000000002e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2184  DNA repair protein RadC  71.95 
 
 		 164 aa  251  4.0000000000000004e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2861  DNA repair protein RadC  53.99 
 
 		 166 aa  190  9e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3005  DNA repair protein RadC  53.47 
 
 		 164 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0492  DNA repair protein RadC  51.39 
 
 		 167 aa  161  3e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54860  hypothetical protein  49.67 
 
 		 202 aa  158  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000637442  unclonable  3.01496e-22 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  61.48 
 
 		 224 aa  158  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  60.66 
 
 		 224 aa  156  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  57.03 
 
 		 224 aa  154  4e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  57.36 
 
 		 224 aa  154  4e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1273  DNA repair protein RadC  60 
 
 		 168 aa  154  4e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3298  DNA repair protein RadC  52.08 
 
 		 164 aa  152  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.170702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2927  DNA repair protein RadC  49.68 
 
 		 164 aa  152  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.445882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  53.52 
 
 		 224 aa  150  8.999999999999999e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  54.69 
 
 		 224 aa  150  1e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2319  DNA repair protein RadC  49.65 
 
 		 169 aa  150  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.094604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  53.19 
 
 		 224 aa  149  2e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  58.2 
 
 		 224 aa  148  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001836  DNA repair protein RadC  53.12 
 
 		 158 aa  148  3e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2357  DNA repair protein RadC  51.72 
 
 		 160 aa  148  4e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.162482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 224 aa  147  5e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3339  DNA repair protein RadC  60.5 
 
 		 224 aa  147  6e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0155907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  57.38 
 
 		 224 aa  147  7e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2620  hypothetical protein  46.58 
 
 		 169 aa  147  8e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.521517 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3538  DNA repair protein RadC  48.95 
 
 		 169 aa  147  9e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0110  DNA repair protein RadC  52.34 
 
 		 242 aa  146  1.0000000000000001e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0125  DNA repair protein RadC  52.34 
 
 		 242 aa  146  1.0000000000000001e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.695011  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36040  DNA repair protein RadC-like protein  50.35 
 
 		 168 aa  145  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1252  DNA repair protein RadC  48.95 
 
 		 169 aa  145  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08165  DNA repair protein RadC  47.4 
 
 		 305 aa  145  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1383  putative DNA repair protein RadC  47.37 
 
 		 158 aa  145  3e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1658  hypothetical protein  49.65 
 
 		 169 aa  145  3e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00985169  normal  0.385856 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2347  DNA repair protein RadC  51.08 
 
 		 169 aa  144  4.0000000000000006e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00287634  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0692  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 158 aa  144  5e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2951  DNA repair protein, RadC family protein  58.12 
 
 		 158 aa  144  5e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.606536  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  58.33 
 
 		 234 aa  144  5e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2636  DNA repair protein RadC  49.65 
 
 		 168 aa  144  5e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0606643 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  54.07 
 
 		 224 aa  144  5e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  60.5 
 
 		 244 aa  144  5e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4157  DNA repair protein RadC  51.75 
 
 		 168 aa  144  5e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  53.28 
 
 		 224 aa  143  8.000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2695  DNA repair protein RadC  61.34 
 
 		 222 aa  143  9e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1772  DNA repair protein RadC  48.57 
 
 		 160 aa  142  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0323381  normal  0.027226 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1867  DNA repair protein RadC  48.95 
 
 		 168 aa  142  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  47.89 
 
 		 224 aa  142  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2972  DNA repair protein RadC  51.94 
 
 		 224 aa  142  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31260  RadC-like protein  48.95 
 
 		 168 aa  142  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145795  unclonable  2.34568e-22 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4202  DNA repair protein RadC  50.35 
 
 		 164 aa  141  4e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.21413 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0186  DNA repair protein RadC  58.33 
 
 		 226 aa  141  4e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.953222  hitchhiker  0.000000662884 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0222  DNA repair protein RadC  53.28 
 
 		 224 aa  140  6e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0695  DNA repair protein RadC  62.18 
 
 		 222 aa  140  6e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.63774 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3252  DNA repair protein RadC  57.98 
 
 		 234 aa  140  8e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5194  DNA repair protein RadC  58.97 
 
 		 235 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0102732  normal  0.30357 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5284  DNA repair protein RadC  58.97 
 
 		 226 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0625  DNA repair protein RadC  48.94 
 
 		 171 aa  139  1.9999999999999998e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3443  DNA repair protein RadC  47.86 
 
 		 159 aa  139  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4033  DNA repair protein RadC  52.99 
 
 		 225 aa  139  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2777  DNA repair protein RadC  54.48 
 
 		 238 aa  138  3.9999999999999997e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3450  DNA repair protein RadC  54.89 
 
 		 238 aa  138  3.9999999999999997e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.268052  normal  0.632907 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1455  RadC family DNA repair protein  49.66 
 
 		 157 aa  137  4.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2291  DNA repair protein RadC  52 
 
 		 242 aa  137  4.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0121519 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3359  DNA repair protein RadC  48.23 
 
 		 158 aa  137  7e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5335  DNA repair protein RadC  56.35 
 
 		 226 aa  137  7e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00550179 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  52 
 
 		 223 aa  135  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3142  DNA repair protein RadC  58.33 
 
 		 226 aa  135  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00442306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  54.31 
 
 		 224 aa  135  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1254  DNA repair protein RadC  50.35 
 
 		 225 aa  133  8e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.700963  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1654  DNA repair protein RadC  56.3 
 
 		 237 aa  133  9e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0794365  normal  0.385806 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3837  DNA repair protein RadC  52.38 
 
 		 225 aa  133  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00013144  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1032  DNA repair protein RadC  45 
 
 		 160 aa  132  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1257  DNA repair protein RadC  47.62 
 
 		 157 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.502332 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0308  RadC family DNA repair protein  45 
 
 		 159 aa  132  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00747747  hitchhiker  0.00434898 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  49.61 
 
 		 224 aa  132  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0326  DNA repair protein RadC  49.3 
 
 		 225 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0170314  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4063  DNA repair protein RadC  40.71 
 
 		 222 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000737579  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3773  DNA repair protein RadC  55.46 
 
 		 237 aa  132  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03495  DNA repair protein RadC  40.71 
 
 		 222 aa  132  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0032943  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0067  DNA repair protein RadC  40.71 
 
 		 222 aa  132  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000216711  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  42.86 
 
 		 221 aa  132  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  42.86 
 
 		 221 aa  132  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5008  DNA repair protein RadC  40.71 
 
 		 222 aa  132  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000900324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  42.86 
 
 		 221 aa  132  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  40.71 
 
 		 222 aa  132  3e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3973  DNA repair protein RadC  40.71 
 
 		 222 aa  132  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000015619  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03447  hypothetical protein  40.71 
 
 		 222 aa  132  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  42.86 
 
 		 221 aa  132  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0327  DNA repair protein RadC  48.59 
 
 		 225 aa  132  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000320995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4139  DNA repair protein RadC  40.71 
 
 		 222 aa  132  3e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000017896  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  42.86 
 
 		 221 aa  132  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1904  DNA repair protein RadC  51.61 
 
 		 226 aa  131  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000968261 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0055  DNA repair protein RadC  45.77 
 
 		 222 aa  131  3.9999999999999996e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00110117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0073  DNA repair protein RadC  40.71 
 
 		 214 aa  131  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000433644  hitchhiker  0.000000188277 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>