More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_1396 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008782  Ajs_1254  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 164 aa  332  1e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.621293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1396  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 164 aa  332  1e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2355  DNA repair protein RadC  92.07 
 
 		 164 aa  310  4.999999999999999e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000960813  unclonable  0.000000132381 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1182  DNA repair protein RadC  87.8 
 
 		 164 aa  299  1e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3426  DNA repair protein RadC  82.32 
 
 		 164 aa  286  1e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334518 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4181  DNA repair protein RadC  79.88 
 
 		 164 aa  280  5.000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0593458  normal  0.95657 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0685  DNA repair protein RadC  73.17 
 
 		 164 aa  260  4.999999999999999e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.605515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2396  DNA repair protein  73.78 
 
 		 164 aa  259  1e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0946  DNA repair protein RadC  73.78 
 
 		 164 aa  258  2e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2184  DNA repair protein RadC  73.17 
 
 		 164 aa  258  3e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2861  DNA repair protein RadC  56.44 
 
 		 166 aa  194  5.000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3005  DNA repair protein RadC  54.86 
 
 		 164 aa  167  4e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0492  DNA repair protein RadC  51.39 
 
 		 167 aa  164  5.9999999999999996e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  54.93 
 
 		 224 aa  159  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1273  DNA repair protein RadC  60.8 
 
 		 168 aa  158  4e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  53.52 
 
 		 224 aa  156  9e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  59.02 
 
 		 224 aa  156  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  56.25 
 
 		 224 aa  155  3e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3298  DNA repair protein RadC  53.47 
 
 		 164 aa  154  4e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.170702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  53.42 
 
 		 224 aa  154  4e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54860  hypothetical protein  50.33 
 
 		 202 aa  154  6e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000637442  unclonable  3.01496e-22 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2927  DNA repair protein RadC  50.97 
 
 		 164 aa  153  8e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.445882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  53.52 
 
 		 224 aa  152  2e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2319  DNA repair protein RadC  51.05 
 
 		 169 aa  151  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.094604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  53.52 
 
 		 224 aa  151  2.9999999999999998e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3339  DNA repair protein RadC  50.62 
 
 		 224 aa  151  4e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0155907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  52.82 
 
 		 224 aa  150  5e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2620  hypothetical protein  47.83 
 
 		 169 aa  150  8.999999999999999e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.521517 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3538  DNA repair protein RadC  50.35 
 
 		 169 aa  149  1e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  54.23 
 
 		 224 aa  149  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  53.52 
 
 		 224 aa  149  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2695  DNA repair protein RadC  60.48 
 
 		 222 aa  148  4e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  50.62 
 
 		 244 aa  148  4e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  50.7 
 
 		 224 aa  147  5e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001836  DNA repair protein RadC  52.34 
 
 		 158 aa  147  5e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1383  putative DNA repair protein RadC  47.37 
 
 		 158 aa  147  6e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  49.3 
 
 		 224 aa  147  7e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2357  DNA repair protein RadC  51.03 
 
 		 160 aa  146  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.162482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1658  hypothetical protein  49.65 
 
 		 169 aa  146  1.0000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00985169  normal  0.385856 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4202  DNA repair protein RadC  51.06 
 
 		 164 aa  146  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.21413 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2951  DNA repair protein, RadC family protein  58.97 
 
 		 158 aa  145  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.606536  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36040  DNA repair protein RadC-like protein  49.65 
 
 		 168 aa  145  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0695  DNA repair protein RadC  57.04 
 
 		 222 aa  145  2.0000000000000003e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.63774 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0110  DNA repair protein RadC  53.12 
 
 		 242 aa  145  3e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08165  DNA repair protein RadC  46.1 
 
 		 305 aa  145  3e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0125  DNA repair protein RadC  53.12 
 
 		 242 aa  145  3e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.695011  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3252  DNA repair protein RadC  55.97 
 
 		 234 aa  144  4.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4157  DNA repair protein RadC  51.05 
 
 		 168 aa  144  4.0000000000000006e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2636  DNA repair protein RadC  50.35 
 
 		 168 aa  144  5e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0606643 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  52.11 
 
 		 224 aa  144  5e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2972  DNA repair protein RadC  49.32 
 
 		 224 aa  144  5e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31260  RadC-like protein  49.65 
 
 		 168 aa  144  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145795  unclonable  2.34568e-22 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1252  DNA repair protein RadC  48.95 
 
 		 169 aa  144  5e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4033  DNA repair protein RadC  53.73 
 
 		 225 aa  144  8.000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1867  DNA repair protein RadC  48.95 
 
 		 168 aa  143  9e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2347  DNA repair protein RadC  51.08 
 
 		 169 aa  143  1e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00287634  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0692  DNA repair protein RadC  49.31 
 
 		 158 aa  142  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  57.02 
 
 		 234 aa  141  3e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3359  DNA repair protein RadC  49.65 
 
 		 158 aa  142  3e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3450  DNA repair protein RadC  55.22 
 
 		 238 aa  142  3e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.268052  normal  0.632907 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2777  DNA repair protein RadC  55.22 
 
 		 238 aa  141  4e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1772  DNA repair protein RadC  48.57 
 
 		 160 aa  140  5e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0323381  normal  0.027226 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5284  DNA repair protein RadC  58.33 
 
 		 226 aa  140  6e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5194  DNA repair protein RadC  57.85 
 
 		 235 aa  140  6e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0102732  normal  0.30357 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5335  DNA repair protein RadC  54.29 
 
 		 226 aa  140  7e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00550179 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0222  DNA repair protein RadC  47.18 
 
 		 224 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2291  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 242 aa  139  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0121519 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0186  DNA repair protein RadC  56.67 
 
 		 226 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.953222  hitchhiker  0.000000662884 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3443  DNA repair protein RadC  47.86 
 
 		 159 aa  138  3e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1032  DNA repair protein RadC  47.14 
 
 		 160 aa  138  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0308  RadC family DNA repair protein  47.14 
 
 		 159 aa  137  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00747747  hitchhiker  0.00434898 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0625  DNA repair protein RadC  50.39 
 
 		 171 aa  137  6e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3837  DNA repair protein RadC  52.11 
 
 		 225 aa  137  7e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00013144  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  48.59 
 
 		 223 aa  136  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1455  RadC family DNA repair protein  50.34 
 
 		 157 aa  136  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1254  DNA repair protein RadC  51.05 
 
 		 225 aa  136  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.700963  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1654  DNA repair protein RadC  57.14 
 
 		 237 aa  136  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0794365  normal  0.385806 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1904  DNA repair protein RadC  48.94 
 
 		 226 aa  135  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000968261 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3142  DNA repair protein RadC  56.45 
 
 		 226 aa  135  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00442306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3773  DNA repair protein RadC  55.46 
 
 		 237 aa  135  4e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4804  RadC family DNA repair protein  47.22 
 
 		 158 aa  134  4e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3209  RadC family DNA repair protein  47.22 
 
 		 158 aa  135  4e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0326  DNA repair protein RadC  51.13 
 
 		 225 aa  134  5e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0170314  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4680  DNA repair protein, RadC family  47.22 
 
 		 158 aa  134  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2155  DNA repair protein RadC  50.7 
 
 		 223 aa  134  5e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.365065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1655  DNA repair protein RadC  46.53 
 
 		 148 aa  134  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.153921  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0327  DNA repair protein RadC  48.59 
 
 		 225 aa  134  6.0000000000000005e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000320995  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  45.71 
 
 		 224 aa  134  7.000000000000001e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3350  RadC family DNA repair protein  47.92 
 
 		 158 aa  134  7.000000000000001e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1125  DNA repair protein, RadC family  46.53 
 
 		 158 aa  134  7.000000000000001e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2855  DNA repair protein, RadC family  46.53 
 
 		 158 aa  133  8e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.109102 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5833  DNA repair protein RadC  52.94 
 
 		 257 aa  134  8e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3828  DNA repair protein RadC  48.59 
 
 		 225 aa  133  8e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.760529  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3410  RadC family DNA repair protein  47.22 
 
 		 158 aa  133  9.999999999999999e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3481  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 233 aa  133  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000421033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4896  RadC family DNA repair protein  46.53 
 
 		 158 aa  133  9.999999999999999e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4561  DNA repair protein RadC  51.56 
 
 		 225 aa  133  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000169917  hitchhiker  0.00000617306 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0402  DNA repair protein RadC  51.56 
 
 		 225 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000130829  hitchhiker  0.000000000166485 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0388  DNA repair protein RadC  51.56 
 
 		 225 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000131294  hitchhiker  0.0000732355 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0377  DNA repair protein RadC  51.56 
 
 		 225 aa  132  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000108999  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>