More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001836 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_001836  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 158 aa  326  8e-89  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1383  putative DNA repair protein RadC  67.38 
 
 		 158 aa  195  2.0000000000000003e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1455  RadC family DNA repair protein  61.7 
 
 		 157 aa  186  9e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1257  DNA repair protein RadC  60.28 
 
 		 157 aa  184  4e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.502332 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2951  DNA repair protein, RadC family protein  60.28 
 
 		 158 aa  181  3e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.606536  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1776  DNA repair protein RadC  65.25 
 
 		 168 aa  178  2e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.647543  normal  0.252208 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1804  DNA repair protein RadC  65.71 
 
 		 168 aa  177  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.764768  normal  0.391578 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3521  DNA repair protein RadC  65.47 
 
 		 168 aa  176  1e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1699  DNA repair protein RadC  65.47 
 
 		 164 aa  176  1e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.233274  normal  0.0652003 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2347  DNA repair protein RadC  59.31 
 
 		 169 aa  175  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00287634  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0380  DNA repair protein RadC  64.75 
 
 		 163 aa  175  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000656816 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2357  DNA repair protein RadC  67.21 
 
 		 160 aa  174  5e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.162482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  60.42 
 
 		 224 aa  174  6e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  59.72 
 
 		 224 aa  172  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  61.81 
 
 		 224 aa  172  1.9999999999999998e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1259  DNA repair protein RadC  62.42 
 
 		 158 aa  171  2.9999999999999996e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3538  DNA repair protein RadC  58.45 
 
 		 169 aa  171  3.9999999999999995e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  57.05 
 
 		 224 aa  171  5e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  55.56 
 
 		 223 aa  170  7.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2620  hypothetical protein  56.67 
 
 		 169 aa  170  9e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.521517 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  57.93 
 
 		 224 aa  169  1e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1252  DNA repair protein RadC  57.24 
 
 		 169 aa  169  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  57.24 
 
 		 224 aa  167  5e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  57.93 
 
 		 224 aa  166  8e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  55.17 
 
 		 224 aa  164  2.9999999999999998e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08165  DNA repair protein RadC  57.04 
 
 		 305 aa  164  4e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2861  DNA repair protein RadC  61.72 
 
 		 166 aa  164  5e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1273  DNA repair protein RadC  58.45 
 
 		 168 aa  164  5e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2636  DNA repair protein RadC  53.38 
 
 		 168 aa  164  5.9999999999999996e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0606643 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2291  DNA repair protein RadC  52.78 
 
 		 242 aa  164  5.9999999999999996e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0121519 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3339  DNA repair protein RadC  54.36 
 
 		 224 aa  160  7e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0155907  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  51.68 
 
 		 224 aa  159  1e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4033  DNA repair protein RadC  54.48 
 
 		 225 aa  158  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  51.03 
 
 		 224 aa  159  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  53.47 
 
 		 224 aa  159  2e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0046  DNA repair protein RadC  53.47 
 
 		 224 aa  158  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.178856  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  51.01 
 
 		 224 aa  158  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1867  DNA repair protein RadC  49.07 
 
 		 168 aa  158  3e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2319  DNA repair protein RadC  52.03 
 
 		 169 aa  157  4e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.094604  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36040  DNA repair protein RadC-like protein  51.35 
 
 		 168 aa  157  6e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  53.1 
 
 		 224 aa  157  7e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2155  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 223 aa  157  8e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.365065  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31260  RadC-like protein  52.03 
 
 		 168 aa  156  9e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145795  unclonable  2.34568e-22 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  53.69 
 
 		 244 aa  156  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3133  DNA repair protein RadC  55.8 
 
 		 156 aa  155  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0278844  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02919  DNA repair protein RadC  52.35 
 
 		 225 aa  155  2e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1658  hypothetical protein  50.33 
 
 		 169 aa  155  2e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00985169  normal  0.385856 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2972  DNA repair protein RadC  55.56 
 
 		 224 aa  155  2e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0159  DNA repair protein RadC  49.66 
 
 		 221 aa  155  3e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130887  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  54.67 
 
 		 234 aa  154  3e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4157  DNA repair protein RadC  50.68 
 
 		 168 aa  154  4e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3773  DNA repair protein RadC  51.01 
 
 		 237 aa  154  4e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2695  DNA repair protein RadC  57.72 
 
 		 222 aa  154  5.0000000000000005e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4202  DNA repair protein RadC  49.67 
 
 		 164 aa  154  5.0000000000000005e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.21413 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1654  DNA repair protein RadC  51.68 
 
 		 237 aa  154  7e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0794365  normal  0.385806 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  48.32 
 
 		 224 aa  152  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0695  DNA repair protein RadC  57.05 
 
 		 222 aa  153  1e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.63774 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0055  DNA repair protein RadC  50.34 
 
 		 222 aa  152  2e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00110117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4842  DNA repair protein RadC  49.66 
 
 		 227 aa  152  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000109613  hitchhiker  0.0000409278 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  53.02 
 
 		 224 aa  152  2e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3450  DNA repair protein RadC  51.01 
 
 		 238 aa  152  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.268052  normal  0.632907 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0061  DNA repair protein RadC  50.34 
 
 		 222 aa  152  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000803057  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  50.34 
 
 		 221 aa  152  2e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4155  DNA repair protein RadC  50.34 
 
 		 222 aa  152  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000385869  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0327  DNA repair protein RadC  50.34 
 
 		 225 aa  152  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000320995  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2777  DNA repair protein RadC  50.34 
 
 		 238 aa  151  2.9999999999999998e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3005  DNA repair protein RadC  51.75 
 
 		 164 aa  151  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1181  DNA repair protein RadC  55.8 
 
 		 165 aa  150  5e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.426303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4745  DNA repair protein RadC  49.36 
 
 		 162 aa  150  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0218895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  48.97 
 
 		 224 aa  150  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_33  DNA repair protein RadC  53.24 
 
 		 154 aa  150  8.999999999999999e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0388  DNA repair protein RadC  57.48 
 
 		 225 aa  150  1e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000131294  hitchhiker  0.0000732355 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4248  DNA repair protein RadC  56.69 
 
 		 225 aa  149  1e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0377  DNA repair protein RadC  57.48 
 
 		 225 aa  150  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000108999  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3597  DNA repair protein RadC  56.69 
 
 		 225 aa  149  1e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0215962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0359  DNA repair protein RadC  56.69 
 
 		 225 aa  149  1e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.088498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0402  DNA repair protein RadC  57.48 
 
 		 225 aa  150  1e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000130829  hitchhiker  0.000000000166485 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3770  DNA repair protein RadC  56.69 
 
 		 225 aa  149  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.625851  normal  0.642753 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0462  DNA repair protein RadC  56.69 
 
 		 225 aa  149  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000108191  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0692  DNA repair protein RadC  49.35 
 
 		 158 aa  149  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3252  DNA repair protein RadC  48.99 
 
 		 234 aa  149  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0125  DNA repair protein RadC  51.39 
 
 		 242 aa  149  2e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.695011  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2355  DNA repair protein RadC  53.12 
 
 		 164 aa  148  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000960813  unclonable  0.000000132381 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0110  DNA repair protein RadC  51.39 
 
 		 242 aa  149  2e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3828  DNA repair protein RadC  49.66 
 
 		 225 aa  149  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.760529  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  48.28 
 
 		 224 aa  148  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0222  DNA repair protein RadC  46.98 
 
 		 224 aa  148  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5194  DNA repair protein RadC  50.34 
 
 		 235 aa  148  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0102732  normal  0.30357 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0144  DNA repair protein RadC  54.92 
 
 		 222 aa  148  3e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00783617  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5284  DNA repair protein RadC  50.34 
 
 		 226 aa  147  4e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0326  DNA repair protein RadC  55.91 
 
 		 225 aa  148  4e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0170314  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1254  DNA repair protein RadC  52.34 
 
 		 164 aa  147  5e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.621293  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4390  DNA repair protein RadC  52.71 
 
 		 221 aa  147  5e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00436549  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4100  DNA repair protein RadC  52.71 
 
 		 221 aa  147  5e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0607652  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1396  DNA repair protein RadC  52.34 
 
 		 164 aa  147  5e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0358  DNA repair protein RadC  51.06 
 
 		 224 aa  147  6e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0528  DNA repair protein RadC  51.06 
 
 		 224 aa  147  6e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.204187  unclonable  0.0000000000301239 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  51.06 
 
 		 224 aa  147  7e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0376  DNA repair protein RadC  56.69 
 
 		 225 aa  147  8e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000147811  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1904  DNA repair protein RadC  48.32 
 
 		 226 aa  146  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000968261 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>