More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2888 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2888  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 157 aa  320  3e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1383  DNA repair protein RadC  93.63 
 
 		 157 aa  301  2.0000000000000002e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0932  DNA repair protein RadC  58.6 
 
 		 157 aa  189  1e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.96706  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0474  DNA repair protein RadC  59.03 
 
 		 157 aa  180  8.000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.995091 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1772  DNA repair protein RadC  58.74 
 
 		 160 aa  179  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0323381  normal  0.027226 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3443  DNA repair protein RadC  52.63 
 
 		 159 aa  175  2e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3133  DNA repair protein RadC  56.69 
 
 		 156 aa  173  8e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0278844  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0692  DNA repair protein RadC  57.53 
 
 		 158 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0308  RadC family DNA repair protein  49.36 
 
 		 159 aa  160  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00747747  hitchhiker  0.00434898 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4804  RadC family DNA repair protein  50 
 
 		 158 aa  159  2e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2357  DNA repair protein RadC  53.85 
 
 		 160 aa  159  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.162482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4680  DNA repair protein, RadC family  50 
 
 		 158 aa  158  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4896  RadC family DNA repair protein  50 
 
 		 158 aa  158  3e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3209  RadC family DNA repair protein  50 
 
 		 158 aa  158  3e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1125  DNA repair protein, RadC family  50 
 
 		 158 aa  157  4e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  56.69 
 
 		 224 aa  157  4e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2855  DNA repair protein, RadC family  50 
 
 		 158 aa  157  4e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.109102 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3410  RadC family DNA repair protein  50 
 
 		 158 aa  157  4e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3350  RadC family DNA repair protein  49.34 
 
 		 158 aa  157  6e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1032  DNA repair protein RadC  51.05 
 
 		 160 aa  156  8e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1383  putative DNA repair protein RadC  54.17 
 
 		 158 aa  156  1e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2246  RadC family DNA repair protein  49.34 
 
 		 158 aa  154  3e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1402  DNA repair protein, RadC family  49.34 
 
 		 158 aa  154  3e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0957622 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1655  DNA repair protein RadC  51.39 
 
 		 148 aa  154  4e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.153921  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3359  DNA repair protein RadC  49.34 
 
 		 158 aa  154  4e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0750  RadC family DNA repair protein  47.92 
 
 		 162 aa  153  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  49.65 
 
 		 224 aa  151  2.9999999999999998e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  59.66 
 
 		 221 aa  151  2.9999999999999998e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1062  RadC family DNA repair protein  48.68 
 
 		 158 aa  151  4e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.130862 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  52.76 
 
 		 224 aa  150  7e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  53.54 
 
 		 224 aa  150  8e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4390  DNA repair protein RadC  59.32 
 
 		 221 aa  149  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00436549  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4155  DNA repair protein RadC  62.07 
 
 		 222 aa  147  5e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000385869  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0061  DNA repair protein RadC  62.07 
 
 		 222 aa  147  5e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000803057  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0055  DNA repair protein RadC  62.07 
 
 		 222 aa  147  5e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00110117  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4100  DNA repair protein RadC  58.47 
 
 		 221 aa  147  5e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0607652  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0144  DNA repair protein RadC  51.2 
 
 		 222 aa  146  1.0000000000000001e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00783617  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0159  DNA repair protein RadC  55.83 
 
 		 221 aa  145  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130887  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001836  DNA repair protein RadC  54.92 
 
 		 158 aa  144  6e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1257  DNA repair protein RadC  56.82 
 
 		 157 aa  144  7.0000000000000006e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.502332 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0101  DNA repair protein RadC  53.33 
 
 		 221 aa  143  1e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000716823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4202  DNA repair protein RadC  49.3 
 
 		 164 aa  142  3e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.21413 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  54.1 
 
 		 224 aa  141  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0067  DNA repair protein RadC  52.5 
 
 		 222 aa  141  4e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000216711  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4139  DNA repair protein RadC  52.5 
 
 		 222 aa  141  4e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000017896  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0073  DNA repair protein RadC  52.5 
 
 		 214 aa  141  4e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000433644  hitchhiker  0.000000188277 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5008  DNA repair protein RadC  52.5 
 
 		 222 aa  141  4e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000900324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  52.5 
 
 		 222 aa  141  4e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3973  DNA repair protein RadC  52.5 
 
 		 222 aa  141  4e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000015619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08165  DNA repair protein RadC  47.4 
 
 		 305 aa  140  5e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_33  DNA repair protein RadC  47.92 
 
 		 154 aa  140  5e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2620  hypothetical protein  46.62 
 
 		 169 aa  140  7e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.521517 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1867  DNA repair protein RadC  46.48 
 
 		 168 aa  140  8e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3538  DNA repair protein RadC  48.59 
 
 		 169 aa  140  8e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03495  DNA repair protein RadC  51.67 
 
 		 222 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0032943  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4063  DNA repair protein RadC  52.5 
 
 		 222 aa  139  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000737579  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03447  hypothetical protein  51.67 
 
 		 222 aa  139  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2636  DNA repair protein RadC  46.48 
 
 		 168 aa  139  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0606643 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  50.83 
 
 		 221 aa  138  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3005  DNA repair protein RadC  45.52 
 
 		 164 aa  138  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  50.83 
 
 		 221 aa  138  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  50.83 
 
 		 221 aa  138  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0402  DNA repair protein RadC  54.84 
 
 		 225 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000130829  hitchhiker  0.000000000166485 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0326  DNA repair protein RadC  52.55 
 
 		 225 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0170314  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0388  DNA repair protein RadC  54.84 
 
 		 225 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000131294  hitchhiker  0.0000732355 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0377  DNA repair protein RadC  54.84 
 
 		 225 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000108999  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  50.83 
 
 		 221 aa  138  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1658  hypothetical protein  50 
 
 		 169 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00985169  normal  0.385856 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4248  DNA repair protein RadC  54.03 
 
 		 225 aa  138  3e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0376  DNA repair protein RadC  54.84 
 
 		 225 aa  138  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000147811  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0462  DNA repair protein RadC  54.03 
 
 		 225 aa  138  3e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000108191  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3597  DNA repair protein RadC  54.03 
 
 		 225 aa  138  3e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0215962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0359  DNA repair protein RadC  54.03 
 
 		 225 aa  137  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.088498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  50.83 
 
 		 221 aa  137  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3837  DNA repair protein RadC  49.65 
 
 		 225 aa  138  3.9999999999999997e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00013144  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3770  DNA repair protein RadC  54.03 
 
 		 225 aa  137  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.625851  normal  0.642753 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1252  DNA repair protein RadC  45.77 
 
 		 169 aa  137  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4842  DNA repair protein RadC  56.9 
 
 		 227 aa  137  6e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000109613  hitchhiker  0.0000409278 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3828  DNA repair protein RadC  53.23 
 
 		 225 aa  137  6e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.760529  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1455  RadC family DNA repair protein  55.3 
 
 		 157 aa  137  7e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  54.62 
 
 		 224 aa  137  7.999999999999999e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3481  DNA repair protein RadC  48.25 
 
 		 233 aa  137  7.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000421033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0327  DNA repair protein RadC  54.55 
 
 		 225 aa  136  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000320995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2319  DNA repair protein RadC  44.97 
 
 		 169 aa  136  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.094604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2972  DNA repair protein RadC  54.31 
 
 		 224 aa  135  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1134  DNA repair protein RadC  50.41 
 
 		 169 aa  135  3.0000000000000003e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36040  DNA repair protein RadC-like protein  46.48 
 
 		 168 aa  134  4e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2861  DNA repair protein RadC  45.33 
 
 		 166 aa  134  4e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  49.17 
 
 		 224 aa  134  5e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  53.33 
 
 		 223 aa  134  5e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  44.76 
 
 		 224 aa  134  6.0000000000000005e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2155  DNA repair protein RadC  54.17 
 
 		 223 aa  134  6.0000000000000005e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.365065  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1273  DNA repair protein RadC  50.77 
 
 		 168 aa  134  6.0000000000000005e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  45.45 
 
 		 224 aa  134  7.000000000000001e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0946  DNA repair protein RadC  45.58 
 
 		 164 aa  133  8e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2396  DNA repair protein  45.1 
 
 		 164 aa  133  9e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2927  DNA repair protein RadC  42.47 
 
 		 164 aa  132  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.445882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1789  DNA repair protein  49.59 
 
 		 224 aa  132  9.999999999999999e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.582251  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4561  DNA repair protein RadC  50.39 
 
 		 225 aa  133  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000169917  hitchhiker  0.00000617306 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  44.76 
 
 		 224 aa  133  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>