More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_2231 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_2231  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 193 aa  385  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.173334  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2555  DNA repair protein RadC  81.35 
 
 		 193 aa  293  1e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.314251 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4157  DNA repair protein RadC  66.42 
 
 		 168 aa  181  6e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 224 aa  177  1e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1658  hypothetical protein  65.67 
 
 		 169 aa  175  3e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00985169  normal  0.385856 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1254  DNA repair protein RadC  55.96 
 
 		 225 aa  173  9.999999999999999e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.700963  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3339  DNA repair protein RadC  61.59 
 
 		 224 aa  172  2.9999999999999996e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0155907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  51.04 
 
 		 224 aa  171  7.999999999999999e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0695  DNA repair protein RadC  68.12 
 
 		 222 aa  170  9e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.63774 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  61.59 
 
 		 244 aa  169  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3142  DNA repair protein RadC  62.59 
 
 		 226 aa  165  2.9999999999999998e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00442306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  49.01 
 
 		 224 aa  162  2.0000000000000002e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2695  DNA repair protein RadC  64.49 
 
 		 222 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2620  hypothetical protein  59.69 
 
 		 169 aa  160  7e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.521517 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3538  DNA repair protein RadC  52.26 
 
 		 169 aa  159  2e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3450  DNA repair protein RadC  59.42 
 
 		 238 aa  159  2e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.268052  normal  0.632907 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1273  DNA repair protein RadC  62.6 
 
 		 168 aa  159  3e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2777  DNA repair protein RadC  58.7 
 
 		 238 aa  158  4e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1252  DNA repair protein RadC  53.85 
 
 		 169 aa  157  9e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4202  DNA repair protein RadC  63.28 
 
 		 164 aa  154  7e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.21413 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2319  DNA repair protein RadC  55.04 
 
 		 169 aa  154  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.094604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2357  DNA repair protein RadC  52.26 
 
 		 160 aa  152  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.162482  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3252  DNA repair protein RadC  53.62 
 
 		 234 aa  151  4e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2347  DNA repair protein RadC  55.81 
 
 		 169 aa  152  4e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00287634  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4033  DNA repair protein RadC  54.35 
 
 		 225 aa  151  5e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2636  DNA repair protein RadC  54.55 
 
 		 168 aa  151  5.9999999999999996e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0606643 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36040  DNA repair protein RadC-like protein  55.3 
 
 		 168 aa  150  8.999999999999999e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1654  DNA repair protein RadC  55.8 
 
 		 237 aa  149  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0794365  normal  0.385806 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3773  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 237 aa  148  4e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1867  DNA repair protein RadC  53.03 
 
 		 168 aa  147  7e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3443  DNA repair protein RadC  54.14 
 
 		 159 aa  145  3e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1383  putative DNA repair protein RadC  64.29 
 
 		 158 aa  145  4.0000000000000006e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  46.49 
 
 		 228 aa  144  9e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31260  RadC-like protein  53.49 
 
 		 168 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145795  unclonable  2.34568e-22 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0308  RadC family DNA repair protein  55.74 
 
 		 159 aa  142  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00747747  hitchhiker  0.00434898 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  47.83 
 
 		 223 aa  143  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08165  DNA repair protein RadC  54.03 
 
 		 305 aa  142  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  47.06 
 
 		 224 aa  142  4e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1904  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 226 aa  141  5e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000968261 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1032  DNA repair protein RadC  56.67 
 
 		 160 aa  140  9e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  49.01 
 
 		 224 aa  140  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0625  DNA repair protein RadC  58.33 
 
 		 171 aa  140  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  46.15 
 
 		 224 aa  140  9.999999999999999e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  42.78 
 
 		 224 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3359  DNA repair protein RadC  53.85 
 
 		 158 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0818  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 253 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2246  RadC family DNA repair protein  51.75 
 
 		 158 aa  139  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  42.63 
 
 		 224 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  42.71 
 
 		 224 aa  139  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1772  DNA repair protein RadC  56.67 
 
 		 160 aa  139  3e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0323381  normal  0.027226 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1655  DNA repair protein RadC  55.74 
 
 		 148 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.153921  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1402  DNA repair protein, RadC family  51.75 
 
 		 158 aa  138  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0957622 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2855  DNA repair protein, RadC family  55.74 
 
 		 158 aa  138  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.109102 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1125  DNA repair protein, RadC family  55.74 
 
 		 158 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3209  RadC family DNA repair protein  55.74 
 
 		 158 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0144  DNA repair protein RadC  42.31 
 
 		 222 aa  138  3.9999999999999997e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00783617  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  44.56 
 
 		 224 aa  138  3.9999999999999997e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3148  DNA repair protein RadC  51.47 
 
 		 259 aa  138  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.886628  normal  0.925448 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0327  DNA repair protein RadC  42.71 
 
 		 225 aa  138  6e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000320995  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4680  DNA repair protein, RadC family  55.74 
 
 		 158 aa  138  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3410  RadC family DNA repair protein  55.74 
 
 		 158 aa  137  7e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4804  RadC family DNA repair protein  55.74 
 
 		 158 aa  137  7e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1062  RadC family DNA repair protein  51.75 
 
 		 158 aa  137  7.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.130862 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4896  RadC family DNA repair protein  55.74 
 
 		 158 aa  137  8.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2184  DNA repair protein RadC  50.78 
 
 		 164 aa  136  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3350  RadC family DNA repair protein  54.92 
 
 		 158 aa  136  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2396  DNA repair protein  50.78 
 
 		 164 aa  136  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139448  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03495  DNA repair protein RadC  39.89 
 
 		 222 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0032943  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0067  DNA repair protein RadC  39.89 
 
 		 222 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000216711  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0585  DNA repair protein RadC  49.26 
 
 		 242 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.92591 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  39.89 
 
 		 222 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3973  DNA repair protein RadC  39.89 
 
 		 222 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000015619  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03447  hypothetical protein  39.89 
 
 		 222 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2972  DNA repair protein RadC  45.36 
 
 		 224 aa  135  3.0000000000000003e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4139  DNA repair protein RadC  39.89 
 
 		 222 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000017896  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0073  DNA repair protein RadC  39.89 
 
 		 214 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000433644  hitchhiker  0.000000188277 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5008  DNA repair protein RadC  39.89 
 
 		 222 aa  135  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000900324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0946  DNA repair protein RadC  50.78 
 
 		 164 aa  135  3.0000000000000003e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1134  DNA repair protein RadC  59.81 
 
 		 169 aa  135  4e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001836  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 158 aa  135  5e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4063  DNA repair protein RadC  39.89 
 
 		 222 aa  135  5e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000737579  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  41.58 
 
 		 224 aa  134  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  39.34 
 
 		 221 aa  133  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  50 
 
 		 224 aa  133  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  39.34 
 
 		 221 aa  133  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  39.34 
 
 		 221 aa  133  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  39.34 
 
 		 221 aa  133  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0061  DNA repair protein RadC  47.06 
 
 		 222 aa  132  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000803057  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  41.88 
 
 		 224 aa  132  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0055  DNA repair protein RadC  47.06 
 
 		 222 aa  132  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00110117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4155  DNA repair protein RadC  47.06 
 
 		 222 aa  132  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000385869  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1181  DNA repair protein RadC  51.64 
 
 		 165 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.426303  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  42.11 
 
 		 221 aa  132  3e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0685  DNA repair protein RadC  49.22 
 
 		 164 aa  132  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.605515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2355  DNA repair protein RadC  47.66 
 
 		 164 aa  132  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000960813  unclonable  0.000000132381 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  51.45 
 
 		 224 aa  132  3.9999999999999996e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2888  DNA repair protein RadC  55.65 
 
 		 157 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0932  DNA repair protein RadC  52.17 
 
 		 157 aa  132  3.9999999999999996e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.96706  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3828  DNA repair protein RadC  39.06 
 
 		 225 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.760529  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2501  DNA repair protein RadC  50.36 
 
 		 257 aa  131  5e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.970207  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>