More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2916 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_2916  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 167 aa  349  1e-95  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  43.12 
 
 		 234 aa  104  5e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1909  DNA repair protein RadC  45.1 
 
 		 249 aa  103  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  41.07 
 
 		 224 aa  103  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  41.07 
 
 		 224 aa  103  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2303  DNA repair protein RadC  40.8 
 
 		 229 aa  102  2e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.432419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0382  DNA repair protein RadC  41.6 
 
 		 229 aa  102  2e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1032  DNA repair protein RadC  45.1 
 
 		 160 aa  101  4e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1463  DNA repair protein RadC  42.15 
 
 		 167 aa  101  5e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.794646 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0732  DNA repair protein RadC  41.75 
 
 		 243 aa  100  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1789  DNA repair protein  44.23 
 
 		 224 aa  100  1e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.582251  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0675  DNA repair protein RadC  45.1 
 
 		 253 aa  99.8  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.461756  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2951  DNA repair protein, RadC family protein  37.8 
 
 		 158 aa  99.4  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.606536  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  38.71 
 
 		 224 aa  99.8  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0803  DNA repair protein, RadC-like  35.82 
 
 		 166 aa  99  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1319  DNA repair protein RadC  37.58 
 
 		 228 aa  99.4  2e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000567698  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0786  DNA repair protein RadC  39.67 
 
 		 166 aa  99.4  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2277  DNA repair protein RadC  38.02 
 
 		 166 aa  99.4  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0308  RadC family DNA repair protein  44.12 
 
 		 159 aa  98.6  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00747747  hitchhiker  0.00434898 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001836  DNA repair protein RadC  40 
 
 		 158 aa  98.6  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1283  DNA repair protein RadC  43.75 
 
 		 249 aa  98.2  4e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0949779  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3868  DNA repair protein RadC  40 
 
 		 231 aa  98.2  4e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.956659 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0946  DNA repair protein RadC  43.14 
 
 		 164 aa  98.6  4e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2396  DNA repair protein  43.14 
 
 		 164 aa  98.2  4e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3784  DNA repair protein RadC  40 
 
 		 231 aa  98.2  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1246  DNA repair protein RadC  43.75 
 
 		 246 aa  98.6  4e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.114408  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3737  DNA repair protein RadC  39.13 
 
 		 168 aa  98.2  4e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3721  DNA repair protein RadC  42.16 
 
 		 138 aa  98.2  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0768638  normal  0.946215 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2184  DNA repair protein RadC  43.14 
 
 		 164 aa  98.2  5e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  38.17 
 
 		 224 aa  97.8  7e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2319  DNA repair protein RadC  33.97 
 
 		 169 aa  97.8  7e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.094604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1182  DNA repair protein RadC  46.08 
 
 		 164 aa  97.4  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  43.81 
 
 		 228 aa  97.4  8e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  35.43 
 
 		 224 aa  97.4  8e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1383  putative DNA repair protein RadC  35.2 
 
 		 158 aa  97.4  8e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2374  DNA repair protein RadC  43.14 
 
 		 165 aa  97.4  8e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  38.4 
 
 		 224 aa  97.1  9e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  44.12 
 
 		 224 aa  97.4  9e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  45 
 
 		 224 aa  97.4  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1542  DNA repair protein RadC  47.31 
 
 		 162 aa  97.1  9e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0350169 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5205  DNA repair protein RadC  36.8 
 
 		 223 aa  96.7  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3359  DNA repair protein RadC  41.18 
 
 		 158 aa  97.1  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2155  DNA repair protein RadC  43.56 
 
 		 223 aa  97.1  1e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.365065  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1467  DNA repair protein RadC  42.71 
 
 		 230 aa  97.1  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  38.71 
 
 		 224 aa  96.7  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  38.61 
 
 		 223 aa  96.3  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3111  DNA repair protein RadC  38.58 
 
 		 169 aa  96.7  2e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000111017  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2599  DNA repair protein RadC  40 
 
 		 230 aa  95.9  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129734  normal  0.187954 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1181  DNA repair protein RadC  44.12 
 
 		 165 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.426303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  41.6 
 
 		 224 aa  96.3  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2526  DNA repair protein RadC  39.13 
 
 		 257 aa  95.5  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  45.26 
 
 		 233 aa  95.5  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2636  DNA repair protein RadC  40.16 
 
 		 168 aa  95.5  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0606643 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1890  DNA repair protein RadC  39.13 
 
 		 257 aa  95.5  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1454  DNA repair protein RadC  37.5 
 
 		 251 aa  95.5  3e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327679  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2501  DNA repair protein RadC  39.13 
 
 		 257 aa  95.5  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.970207  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2621  DNA repair protein RadC  38.89 
 
 		 246 aa  95.1  4e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1455  RadC family DNA repair protein  35.43 
 
 		 157 aa  94.7  5e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2898  DNA repair protein RadC  41.35 
 
 		 241 aa  94.4  7e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.80937  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  38.58 
 
 		 224 aa  94.4  7e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  42.06 
 
 		 224 aa  94  8e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7509  DNA repair protein RadC  42.71 
 
 		 242 aa  94  8e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14250  DNA repair protein RadC  45.16 
 
 		 228 aa  94  8e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326992  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  37.8 
 
 		 224 aa  94  8e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0386  DNA repair protein RadC  40 
 
 		 229 aa  93.6  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2861  DNA repair protein RadC  35.81 
 
 		 166 aa  93.6  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0630  DNA repair protein RadC  39.52 
 
 		 229 aa  93.6  1e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6762  DNA repair protein RadC  42.71 
 
 		 247 aa  93.6  1e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00351119  normal  0.181603 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1867  DNA repair protein RadC  37.01 
 
 		 168 aa  93.6  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1493  DNA repair protein RadC  40.62 
 
 		 255 aa  93.2  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  35.43 
 
 		 224 aa  94  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2304  DNA repair protein RadC  40.38 
 
 		 263 aa  93.6  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138327  normal  0.0504467 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1655  DNA repair protein RadC  43.14 
 
 		 148 aa  92.4  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.153921  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1257  DNA repair protein RadC  41.41 
 
 		 157 aa  93.2  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.502332 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3209  RadC family DNA repair protein  43.14 
 
 		 158 aa  92.8  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2620  hypothetical protein  37.01 
 
 		 169 aa  93.2  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.521517 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0685  DNA repair protein RadC  42.16 
 
 		 164 aa  92.8  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.605515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3538  DNA repair protein RadC  41.18 
 
 		 169 aa  93.2  2e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2553  DNA repair protein RadC  36.09 
 
 		 227 aa  92.8  2e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2409  DNA repair protein RadC  36.09 
 
 		 227 aa  92.4  2e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4804  RadC family DNA repair protein  43.14 
 
 		 158 aa  92.8  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1402  DNA repair protein, RadC family  43.14 
 
 		 158 aa  92.8  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0957622 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1125  DNA repair protein, RadC family  43.14 
 
 		 158 aa  92.8  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1171  DNA repair protein RadC  41.76 
 
 		 254 aa  92.4  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1396  DNA repair protein RadC  41.18 
 
 		 164 aa  92.4  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1254  DNA repair protein RadC  41.18 
 
 		 164 aa  92.4  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.621293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3410  RadC family DNA repair protein  43.14 
 
 		 158 aa  92.8  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  41.18 
 
 		 224 aa  92.8  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0152  DNA repair protein RadC  41.67 
 
 		 239 aa  92.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2355  DNA repair protein RadC  41.18 
 
 		 164 aa  92.4  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000960813  unclonable  0.000000132381 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4680  DNA repair protein, RadC family  43.14 
 
 		 158 aa  92.8  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2111  DNA repair protein RadC  41.94 
 
 		 227 aa  92.4  2e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1412  DNA repair protein RadC  43.16 
 
 		 227 aa  93.2  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2855  DNA repair protein, RadC family  43.14 
 
 		 158 aa  92.8  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.109102 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2246  RadC family DNA repair protein  43.14 
 
 		 158 aa  92.8  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31260  RadC-like protein  37.8 
 
 		 168 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145795  unclonable  2.34568e-22 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1885  DNA repair protein RadC  36.8 
 
 		 166 aa  92.4  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08165  DNA repair protein RadC  39.84 
 
 		 305 aa  93.2  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2347  DNA repair protein RadC  38.58 
 
 		 169 aa  93.2  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00287634  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4896  RadC family DNA repair protein  43.14 
 
 		 158 aa  92.4  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>