More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0386 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0386  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 229 aa  466  9.999999999999999e-131  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4138  DNA repair protein RadC  72.05 
 
 		 228 aa  345  2e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.592557  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0523  DNA repair protein RadC  69.16 
 
 		 230 aa  320  9.999999999999999e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3582  DNA repair protein RadC  68.7 
 
 		 229 aa  319  1.9999999999999998e-86  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3868  DNA repair protein RadC  64.5 
 
 		 231 aa  294  9e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.956659 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3784  DNA repair protein RadC  64.07 
 
 		 231 aa  290  2e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0065  DNA repair protein RadC  60.62 
 
 		 227 aa  284  8e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  49.33 
 
 		 233 aa  207  7e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2549  DNA repair protein RadC  48.02 
 
 		 227 aa  207  9e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2135  DNA repair protein RadC  48.44 
 
 		 236 aa  207  1e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000438114  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0514  DNA repair protein RadC  44.75 
 
 		 241 aa  204  7e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120777  hitchhiker  0.000000000242554 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2303  DNA repair protein RadC  45.41 
 
 		 229 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.432419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1467  DNA repair protein RadC  49.33 
 
 		 230 aa  199  3e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0899  DNA repair protein RadC  45.89 
 
 		 226 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2564  DNA repair protein RadC  45.37 
 
 		 229 aa  195  5.000000000000001e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0382  DNA repair protein RadC  44.98 
 
 		 229 aa  194  1e-48  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2550  DNA repair protein RadC  44.16 
 
 		 226 aa  190  1e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.727412  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_511  DNA repair protein RadC  47.81 
 
 		 228 aa  190  2e-47  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000324187  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1319  DNA repair protein RadC  44.3 
 
 		 228 aa  189  2e-47  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000567698  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1642  DNA repair protein RadC  48.68 
 
 		 235 aa  190  2e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000389911  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2155  DNA repair protein RadC  46.02 
 
 		 223 aa  189  4e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.365065  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  47.16 
 
 		 224 aa  188  5e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4351  DNA repair protein RadC  44.93 
 
 		 225 aa  187  8e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.579867  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4187  DNA repair protein RadC  44.93 
 
 		 225 aa  187  8e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4685  DNA repair protein RadC  44.93 
 
 		 225 aa  187  8e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.92537  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4545  DNA repair protein RadC  44.49 
 
 		 225 aa  187  1e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0624  DNA repair protein RadC  43.56 
 
 		 224 aa  186  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000507049 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4587  DNA repair protein RadC  44.05 
 
 		 225 aa  185  4e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.46911  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0546  DNA repair protein RadC  46.7 
 
 		 228 aa  185  5e-46  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0086  DNA repair protein RadC  44.69 
 
 		 224 aa  185  6e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2399  DNA repair protein RadC  43.11 
 
 		 227 aa  185  6e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4198  DNA repair protein RadC  44.05 
 
 		 225 aa  184  7e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000602972  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  45.58 
 
 		 224 aa  184  8e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0662  DNA repair protein RadC  43.17 
 
 		 225 aa  184  8e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.92951  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0572  RadC family DNA repair protein  46.49 
 
 		 222 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.611512  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1917  DNA repair protein RadC  43.36 
 
 		 237 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2111  DNA repair protein RadC  42.67 
 
 		 227 aa  184  1.0000000000000001e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0100  DNA repair protein RadC  46.22 
 
 		 223 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.234069  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  44 
 
 		 224 aa  183  2.0000000000000003e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4299  DNA repair protein RadC  43.61 
 
 		 225 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0192  DNA repair protein RadC  42.99 
 
 		 224 aa  183  2.0000000000000003e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000306509  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  43.56 
 
 		 224 aa  182  4.0000000000000006e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4572  DNA repair protein RadC  42.73 
 
 		 225 aa  182  6e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345161  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0222  DNA repair protein RadC  44.25 
 
 		 224 aa  180  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3678  DEAD/DEAH box helicase-like  42.48 
 
 		 224 aa  180  1e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00158019  normal  0.0453807 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1412  DNA repair protein RadC  43.64 
 
 		 227 aa  180  1e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6095  DNA repair protein RadC  44.89 
 
 		 224 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.872274  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70230  DNA repair protein RadC  45.33 
 
 		 224 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2588  DNA repair protein RadC  43.36 
 
 		 224 aa  179  4e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.16454 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  43.11 
 
 		 224 aa  178  8e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0536  DNA repair protein RadC  48.5 
 
 		 229 aa  177  8e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.604905 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2479  DNA repair protein RadC  44.1 
 
 		 245 aa  176  2e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1231  DNA repair protein RadC  42.25 
 
 		 246 aa  176  3e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.375575 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0327  DNA repair protein RadC  40.27 
 
 		 225 aa  176  3e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000320995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1530  DNA repair protein RadC  45.16 
 
 		 227 aa  176  3e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0606843  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0046  DNA repair protein RadC  41.33 
 
 		 224 aa  176  3e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.178856  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  49.56 
 
 		 232 aa  175  4e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0528  DNA repair protein RadC  42.41 
 
 		 224 aa  175  5e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.204187  unclonable  0.0000000000301239 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0358  DNA repair protein RadC  42.41 
 
 		 224 aa  175  5e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3828  DNA repair protein RadC  39.38 
 
 		 225 aa  175  5e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.760529  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1825  DNA repair protein RadC  43.52 
 
 		 233 aa  174  7e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14250  DNA repair protein RadC  44.24 
 
 		 228 aa  174  8e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000326992  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  42.67 
 
 		 234 aa  174  8e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3481  DNA repair protein RadC  39.82 
 
 		 233 aa  174  9e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000421033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  41.15 
 
 		 224 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1254  DNA repair protein RadC  43.61 
 
 		 225 aa  174  9.999999999999999e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.700963  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  43.36 
 
 		 224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3142  DNA repair protein RadC  46.05 
 
 		 226 aa  173  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00442306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0056  DNA repair protein RadC  41.33 
 
 		 225 aa  173  1.9999999999999998e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.183755  normal  0.0623388 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2972  DNA repair protein RadC  45.33 
 
 		 224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0458817  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3837  DNA repair protein RadC  38.94 
 
 		 225 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00013144  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0326  DNA repair protein RadC  39.82 
 
 		 225 aa  172  5e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0170314  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4352  DNA repair protein RadC  45.13 
 
 		 227 aa  171  1e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000113857  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1630  DNA repair protein RadC  42.92 
 
 		 234 aa  170  2e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4376  DNA repair protein RadC  44 
 
 		 224 aa  170  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0839768 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3564  DNA repair protein RadC  42.15 
 
 		 224 aa  170  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.469153  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2597  DNA repair protein RadC  43.11 
 
 		 224 aa  169  3e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000367988  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0881  DNA repair protein RadC  37.78 
 
 		 228 aa  169  4e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.701712  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  41.15 
 
 		 224 aa  168  5e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2291  DNA repair protein RadC  43.32 
 
 		 242 aa  166  2e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0121519 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4561  DNA repair protein RadC  36.73 
 
 		 225 aa  166  4e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000169917  hitchhiker  0.00000617306 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0176  DNA repair protein RadC  35.98 
 
 		 225 aa  165  6.9999999999999995e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.260187  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2277  DNA repair protein RadC  64.23 
 
 		 166 aa  164  6.9999999999999995e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1761  DNA repair protein RadC  44.34 
 
 		 223 aa  164  6.9999999999999995e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2376  DNA repair protein RadC  37.99 
 
 		 232 aa  164  1.0000000000000001e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000665213  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  41.07 
 
 		 224 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0376  DNA repair protein RadC  39.82 
 
 		 225 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000147811  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0935  DNA repair protein RadC  41.78 
 
 		 222 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.266168  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2301  DNA repair protein RadC  41.33 
 
 		 224 aa  164  1.0000000000000001e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0462  DNA repair protein RadC  39.82 
 
 		 225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000108191  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0385  DNA repair protein RadC  38.94 
 
 		 225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00103198  hitchhiker  0.000000153707 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2732  DNA repair protein RadC  40.71 
 
 		 228 aa  162  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0413  DNA repair protein RadC  36.89 
 
 		 229 aa  162  4.0000000000000004e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.319313  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02919  DNA repair protein RadC  41.23 
 
 		 225 aa  162  5.0000000000000005e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0402  DNA repair protein RadC  39.82 
 
 		 225 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000130829  hitchhiker  0.000000000166485 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0388  DNA repair protein RadC  39.82 
 
 		 225 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000131294  hitchhiker  0.0000732355 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0377  DNA repair protein RadC  39.82 
 
 		 225 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000108999  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4248  DNA repair protein RadC  39.82 
 
 		 225 aa  161  8.000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0786  DNA repair protein RadC  64.23 
 
 		 166 aa  161  8.000000000000001e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1789  DNA repair protein  40.43 
 
 		 224 aa  161  9e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.582251  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>