More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_3396 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_2238  ATP-dependent DNA helicase RecQ  60.94 
 
 		 641 aa  804    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000407323  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03262  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.31 
 
 		 641 aa  681    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2318  23S rRNA (Gm2251)-methyltransferase  62.6 
 
 		 648 aa  833    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0019664  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2380  RecQ domain-containing protein  52.7 
 
 		 654 aa  647    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5409  ATP-dependent DNA helicase domain protein  57.28 
 
 		 642 aa  719    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.274257  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2292  ATP-dependent DNA helicase RecQ  61.61 
 
 		 645 aa  806    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00114874  normal  0.690041 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0011  putative ATP-dependent DNA helicase  53.19 
 
 		 639 aa  679    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4948  ATP-dependent DNA helicase RecQ  58.53 
 
 		 649 aa  755    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00903  RecQ domain protein  50.6 
 
 		 679 aa  651    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0275  ATP-dependent DNA helicase RecQ  57.94 
 
 		 642 aa  751    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0919838 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3396  23S rRNA (Gm2251)-methyltransferase  100 
 
 		 636 aa  1312    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.119558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0407  ATP-dependent DNA helicase RecQ  57.01 
 
 		 653 aa  706    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.255198  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1322  ATP-dependent DNA helicase RecQ  52.64 
 
 		 664 aa  687    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0577384  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002717  aTP-dependent DNA helicase RecQ family  52.93 
 
 		 641 aa  663    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1999  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.77 
 
 		 658 aa  650    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.171649 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1946  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.63 
 
 		 658 aa  652    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.937169  normal  0.260337 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2030  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.47 
 
 		 665 aa  648    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.371966 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0369  ATP-dependent DNA helicase RecQ  55.23 
 
 		 642 aa  683    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1924  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family protein  52.14 
 
 		 669 aa  629  1e-179  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2025  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.57 
 
 		 659 aa  626  1e-178  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.256994  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0617  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.27 
 
 		 681 aa  624  1e-177  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2085  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  51.64 
 
 		 662 aa  624  1e-177  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0787976  hitchhiker  0.00232303 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2377  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.71 
 
 		 662 aa  624  1e-177  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0320482  normal  0.0846524 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2097  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.64 
 
 		 662 aa  621  1e-176  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2260  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.64 
 
 		 662 aa  621  1e-176  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0596276  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4237  RecQ domain-containing protein  47.81 
 
 		 690 aa  606  9.999999999999999e-173  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1455  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.57 
 
 		 651 aa  576  1.0000000000000001e-163  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.865636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1782  ATP-dependent DNA helicase RecQ  48.82 
 
 		 646 aa  567  1e-160  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2051  superfamily II DNA/RNA helicase  40.88 
 
 		 637 aa  460  9.999999999999999e-129  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000195113  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1075  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  31.81 
 
 		 632 aa  306  8.000000000000001e-82  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0035291 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3690  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.21 
 
 		 599 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.561714  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3785  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.21 
 
 		 599 aa  303  5.000000000000001e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2717  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.96 
 
 		 601 aa  296  7e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1667  ATP-requiring DNA helicase RecQ  43.18 
 
 		 615 aa  295  2e-78  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2659  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.82 
 
 		 679 aa  295  2e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0391  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.61 
 
 		 607 aa  291  2e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000840098 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0060  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.86 
 
 		 617 aa  291  2e-77  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1318  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.94 
 
 		 419 aa  291  3e-77  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.227704  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3830  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.61 
 
 		 607 aa  291  3e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.912589  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1092  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.21 
 
 		 451 aa  290  8e-77  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0412103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2442  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.49 
 
 		 606 aa  289  1e-76  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4552  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.32 
 
 		 608 aa  288  2e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00645821 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0297  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.48 
 
 		 725 aa  288  2e-76  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1991  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.24 
 
 		 593 aa  288  2.9999999999999996e-76  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06400  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.52 
 
 		 626 aa  287  4e-76  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.199854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3474  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.9 
 
 		 610 aa  286  7e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2380  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.94 
 
 		 596 aa  286  9e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000212665  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0898  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.04 
 
 		 603 aa  286  1.0000000000000001e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.109686  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1262  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  31.03 
 
 		 634 aa  285  2.0000000000000002e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1413  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.04 
 
 		 594 aa  285  2.0000000000000002e-75  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2808  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.95 
 
 		 705 aa  285  2.0000000000000002e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1290  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.11 
 
 		 616 aa  285  2.0000000000000002e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.289447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3264  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.86 
 
 		 731 aa  285  3.0000000000000004e-75  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1261  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.07 
 
 		 707 aa  283  5.000000000000001e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.850947  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1439  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.18 
 
 		 605 aa  283  5.000000000000001e-75  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  hitchhiker  0.00245617  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1710  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  40.92 
 
 		 716 aa  283  7.000000000000001e-75  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00000163586  unclonable  9.26658e-25 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0083  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.54 
 
 		 615 aa  282  1e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3602  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.49 
 
 		 737 aa  283  1e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.436547 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0366  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.94 
 
 		 607 aa  283  1e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0017  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.11 
 
 		 681 aa  281  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.571196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3590  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.94 
 
 		 607 aa  281  2e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1036  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.41 
 
 		 709 aa  281  3e-74  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0199  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.17 
 
 		 602 aa  281  3e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4296  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41 
 
 		 715 aa  281  4e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0839194  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1154  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.76 
 
 		 617 aa  280  5e-74  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0443  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.84 
 
 		 685 aa  280  5e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0825  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  38.08 
 
 		 598 aa  280  5e-74  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0911  superfamily II DNA helicase  41.19 
 
 		 621 aa  279  1e-73  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1359  DEAD/DEAH box helicase  43.03 
 
 		 681 aa  279  1e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0027  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.03 
 
 		 681 aa  279  1e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0879817  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5963  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.49 
 
 		 736 aa  279  1e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.765409 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3763  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.94 
 
 		 607 aa  279  1e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.228349 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1065  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.13 
 
 		 709 aa  279  1e-73  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0927 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3334  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.32 
 
 		 679 aa  278  2e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.729539 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1151  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.12 
 
 		 714 aa  278  2e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4157  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  40.54 
 
 		 611 aa  277  3e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01900  ATP-dependent DNA helicase recQ  41.67 
 
 		 698 aa  278  3e-73  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.490742  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0035  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.65 
 
 		 707 aa  278  3e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.142382  normal  0.0608085 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5263  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.54 
 
 		 611 aa  277  3e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.695622 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2576  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.3 
 
 		 620 aa  278  3e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0400145  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0884  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  40.21 
 
 		 595 aa  277  4e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.385904  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4289  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.54 
 
 		 609 aa  277  4e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4046  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.54 
 
 		 609 aa  277  4e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1976  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.65 
 
 		 602 aa  277  4e-73  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0838  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.21 
 
 		 527 aa  277  5e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1229  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.62 
 
 		 779 aa  277  5e-73  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03701  ATP-dependent DNA helicase  40.54 
 
 		 611 aa  276  7e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.644555  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1171  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.34 
 
 		 881 aa  276  7e-73  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03650  hypothetical protein  40.54 
 
 		 609 aa  276  7e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.738686  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0333  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.72 
 
 		 607 aa  276  7e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.510755  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2466  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.26 
 
 		 705 aa  276  8e-73  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.425923  normal  0.631246 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0193  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.77 
 
 		 614 aa  276  8e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.486098  normal  0.649708 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2618  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.96 
 
 		 705 aa  276  8e-73  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00666767  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6833  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  34.68 
 
 		 708 aa  276  8e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4154  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.65 
 
 		 608 aa  276  9e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00653276  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0888  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  39.95 
 
 		 595 aa  276  9e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0072  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.76 
 
 		 674 aa  276  9e-73  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.234386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4186  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.48 
 
 		 609 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.802851 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4189  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.24 
 
 		 611 aa  276  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00948478 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2398  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.71 
 
 		 606 aa  276  1.0000000000000001e-72  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>