More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2439 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2439  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
249 aa  494  1e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.427983  normal  0.121811 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.28 
 
 
249 aa  365  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.566372 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6420  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.93 
 
 
254 aa  330  2e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.93 
 
 
254 aa  328  3e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5916  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.93 
 
 
254 aa  328  3e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3691  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.35 
 
 
254 aa  327  1.0000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4937  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.96 
 
 
254 aa  325  5e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3223  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.96 
 
 
254 aa  325  5e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.907377 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.96 
 
 
254 aa  323  2e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62 
 
 
250 aa  322  4e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.228128  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.57 
 
 
254 aa  321  7e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.95967 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1098  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.56 
 
 
249 aa  315  3e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0435  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.29 
 
 
251 aa  315  5e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0923902  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.4 
 
 
253 aa  314  7e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.584488 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.75 
 
 
248 aa  311  6.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0163014 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5500  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.6 
 
 
250 aa  301  8.000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.13 
 
 
246 aa  291  1e-77  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.02 
 
 
250 aa  282  4.0000000000000003e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.7 
 
 
244 aa  279  3e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.69 
 
 
252 aa  278  4e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.87063  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.69 
 
 
244 aa  278  5e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.317025 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.69 
 
 
244 aa  278  6e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000275266  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2290  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.28 
 
 
244 aa  271  5.000000000000001e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.872863 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.6 
 
 
260 aa  261  6e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6998  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.87 
 
 
244 aa  260  1e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.47 
 
 
244 aa  254  1.0000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.25 
 
 
244 aa  253  3e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.101629  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5858  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.25 
 
 
244 aa  251  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.47 
 
 
244 aa  250  1e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1096  glucose dehydrogenase  53.85 
 
 
244 aa  249  2e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0163868 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 
244 aa  249  3e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.998929  normal  0.700957 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.03 
 
 
249 aa  247  1e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.22 
 
 
245 aa  247  1e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00843006  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6423  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 
244 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.61 
 
 
249 aa  244  9e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.399133  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1661  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 
249 aa  239  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.731962 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.6 
 
 
249 aa  239  2.9999999999999997e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.162054  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.22 
 
 
244 aa  234  9e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5153  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.66 
 
 
243 aa  233  2.0000000000000002e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.270613  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.24 
 
 
256 aa  233  3e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5867  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.06 
 
 
244 aa  230  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2727  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.22 
 
 
252 aa  229  3e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.932234  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.23 
 
 
244 aa  227  1e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3218  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
252 aa  223  2e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.672369  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.36 
 
 
249 aa  221  6e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143901  normal  0.269428 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.61 
 
 
248 aa  219  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0140794 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.8 
 
 
255 aa  219  3e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.78 
 
 
247 aa  218  7.999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0185042  normal  0.0937687 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.78 
 
 
249 aa  217  2e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.876035 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6442  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.8 
 
 
250 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6149  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.2 
 
 
250 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.767599  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3883  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.34 
 
 
248 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.445893 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.31 
 
 
248 aa  213  1.9999999999999998e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.716912  normal  0.113643 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4605  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 
255 aa  211  5.999999999999999e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.350123  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7235  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.75 
 
 
263 aa  211  7e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.126511 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.34 
 
 
249 aa  211  7.999999999999999e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.411999 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.94 
 
 
248 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.94 
 
 
248 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0316279  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.96 
 
 
250 aa  210  2e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4564  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.37 
 
 
250 aa  209  3e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.4902  normal  0.185322 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5956  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.13 
 
 
248 aa  209  5e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.44 
 
 
249 aa  208  6e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.86 
 
 
257 aa  208  8e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4302  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.93 
 
 
242 aa  207  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.36 
 
 
249 aa  207  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.13982  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
248 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.95 
 
 
249 aa  203  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.650053 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1917  short chain dehydrogenase  45.38 
 
 
248 aa  202  3e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.242165  hitchhiker  0.00000598098 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.03 
 
 
258 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4896  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.56 
 
 
249 aa  201  9.999999999999999e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.312016 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.13 
 
 
250 aa  197  1.0000000000000001e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.27381  normal  0.321582 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44 
 
 
252 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4730  putative short-chain dehydrogenases/reductases (SDR) family protein  45.68 
 
 
260 aa  195  4.0000000000000005e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
246 aa  196  4.0000000000000005e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.83 
 
 
247 aa  196  4.0000000000000005e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1853  short chain dehydrogenase  43.62 
 
 
248 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0255739 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4257  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.12 
 
 
256 aa  194  9e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.945101  normal  0.897274 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4705  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.98 
 
 
245 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0218272  normal  0.740514 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5253  short chain dehydrogenase  43.44 
 
 
250 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5146  short chain dehydrogenase  42.97 
 
 
249 aa  193  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.485132 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.86 
 
 
258 aa  192  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.315018 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1510  short chain dehydrogenase  43.95 
 
 
249 aa  192  5e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.360234 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 
243 aa  191  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.191154 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3531  short chain dehydrogenase  43.03 
 
 
250 aa  190  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.78 
 
 
250 aa  189  4e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.880714  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2450  short chain dehydrogenase  41.3 
 
 
248 aa  189  5e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00157623  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4205  short chain dehydrogenase  42 
 
 
249 aa  185  5e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.22 
 
 
251 aa  185  6e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5639  short chain dehydrogenase  41.8 
 
 
250 aa  185  7e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308131  hitchhiker  0.00207751 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1440  short chain dehydrogenase  40.98 
 
 
250 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.637118  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.57 
 
 
258 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.663609 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4615  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
247 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.991587  normal  0.149438 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4625  short chain dehydrogenase  40.73 
 
 
249 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402352  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4230  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
248 aa  183  3e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1276  short chain dehydrogenase  43.78 
 
 
245 aa  182  4.0000000000000006e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.127244 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4922  short chain dehydrogenase  40 
 
 
248 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09158  short chain dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G01040)  41.53 
 
 
251 aa  181  1e-44  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
251 aa  180  2e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5130  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
247 aa  178  7e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.170214  normal  0.189904 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
250 aa  177  1e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>