More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2310 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2310  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 256 aa  525  1e-148  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.141971  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4602  AraC family transcriptional regulator  82.4 
 
 		 279 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0287774  normal  0.364439 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1287  AraC family transcriptional regulator  82 
 
 		 260 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.400393 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4131  AraC family transcriptional regulator  81.35 
 
 		 260 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.696726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1839  AraC family transcriptional regulator  61.96 
 
 		 281 aa  334  7.999999999999999e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4130  putative transcriptional regulator  59.75 
 
 		 265 aa  298  8e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47910  putative transcriptional regulator  62.5 
 
 		 224 aa  289  4e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00926121  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1415  AraC family transcriptional regulator  55.65 
 
 		 290 aa  263  1e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.172682  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1891  AraC family transcriptional regulator  55.65 
 
 		 294 aa  263  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2199  AraC family transcriptional regulator  55.65 
 
 		 290 aa  263  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0477  AraC family transcriptional regulator  55.65 
 
 		 290 aa  263  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.555067  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0885  AraC family transcriptional regulator  55.65 
 
 		 290 aa  263  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2063  AraC family transcriptional regulator  55.22 
 
 		 311 aa  263  2e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0574  AraC family transcriptional regulator  55.65 
 
 		 290 aa  263  2e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.389496  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0341  AraC family transcriptional regulator  53.75 
 
 		 264 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.729431 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5196  AraC family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 264 aa  260  1e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.82206  normal  0.599062 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4668  AraC family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 264 aa  260  1e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.622787 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3416  AraC family transcriptional regulator  54.31 
 
 		 279 aa  259  2e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0904858  normal  0.667905 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4961  AraC family transcriptional regulator  54.78 
 
 		 264 aa  258  8e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0263791 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3060  AraC family transcriptional regulator  54.78 
 
 		 264 aa  258  8e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5307  AraC family transcriptional regulator  54.78 
 
 		 264 aa  258  8e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0878  AraC family transcriptional regulator  51.87 
 
 		 256 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.776666  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4671  AraC family transcriptional regulator  51.93 
 
 		 279 aa  252  3e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4563  transcriptional regulator, AraC family  51.5 
 
 		 255 aa  251  1e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0238722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01433  transcriptional regulator  47.49 
 
 		 242 aa  209  4e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.738294  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2498  AraC family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 245 aa  206  3e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1220  AraC family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 267 aa  203  2e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.21436  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3003  transcriptional regulator, AraC family  43.3 
 
 		 240 aa  194  2e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00723875 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02106  transcriptional regulator AraC/xylS family  41.52 
 
 		 241 aa  187  1e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1669  PAS fold-4 domain protein  34.48 
 
 		 261 aa  157  1e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0361  AraC family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 245 aa  154  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1157  AraC family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 248 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2851  transcriptional regulator with PAS/PAC sensors, AraC family  37.05 
 
 		 256 aa  129  5.0000000000000004e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.595855 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  28.57 
 
 		 255 aa  127  2.0000000000000002e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 295 aa  77.4  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3646  AraC family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 275 aa  77.8  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  34.58 
 
 		 332 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1757  transcriptional regulator, AraC family  27.5 
 
 		 278 aa  72.4  0.000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000137432  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  39.18 
 
 		 273 aa  72.4  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1667  transcriptional regulator, AraC family  34 
 
 		 281 aa  70.5  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3976  helix-turn-helix domain-containing protein  36.89 
 
 		 336 aa  70.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1608  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35 
 
 		 1015 aa  70.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00363686 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 285 aa  70.5  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4098  AraC family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 280 aa  70.5  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424275 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4971  transcriptional regulator, AraC family  37.96 
 
 		 290 aa  70.1  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  hitchhiker  0.0000000000361988 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  39.18 
 
 		 346 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06729  hypothetical protein  37.62 
 
 		 288 aa  69.3  0.00000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0071  transcriptional regulator, AraC family  34.19 
 
 		 308 aa  69.3  0.00000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.462194  normal  0.509071 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  32.76 
 
 		 309 aa  68.2  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4739  proline utilization regulator  37 
 
 		 250 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.284133  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  34.53 
 
 		 548 aa  67.4  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  29.06 
 
 		 296 aa  67.4  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0574  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.64 
 
 		 772 aa  67.4  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122166  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1047  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 285 aa  67.4  0.0000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54190  proline utilization regulator  37 
 
 		 250 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  33.33 
 
 		 284 aa  67  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 345 aa  66.6  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 278 aa  67  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 353 aa  66.6  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1218  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.77 
 
 		 933 aa  66.6  0.0000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.493639  hitchhiker  0.0000319453 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3986  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.62 
 
 		 289 aa  66.2  0.0000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.542106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0973  transcriptional regulator, AraC family  37.11 
 
 		 260 aa  66.2  0.0000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4952  helix-turn-helix domain-containing protein  30.3 
 
 		 292 aa  66.2  0.0000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.017601  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  32.84 
 
 		 321 aa  65.9  0.0000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3855  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 285 aa  65.9  0.0000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  27.35 
 
 		 296 aa  65.9  0.0000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3623  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.15 
 
 		 583 aa  65.9  0.0000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0877329 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  30.1 
 
 		 287 aa  65.1  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  34.17 
 
 		 301 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  35.42 
 
 		 293 aa  64.7  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 291 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1252  AraC family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 388 aa  65.1  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00385086 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  31.13 
 
 		 296 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1138  helix-turn-helix domain-containing protein  27.94 
 
 		 295 aa  64.7  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 		 291 aa  64.3  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  33.33 
 
 		 304 aa  63.9  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 287 aa  63.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3895  helix-turn-helix domain-containing protein  32.61 
 
 		 282 aa  64.3  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4301  transcriptional regulator, AraC family  29.92 
 
 		 286 aa  64.7  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.220521  normal  0.797318 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0382  AraC family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 274 aa  63.9  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1614  transcriptional regulator, AraC family  38.54 
 
 		 366 aa  63.5  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2813  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.71 
 
 		 290 aa  63.5  0.000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0128  putative PAS/PAC sensor protein  30.4 
 
 		 433 aa  63.5  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2605  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.3 
 
 		 1453 aa  63.9  0.000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 296 aa  63.5  0.000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1432  transcriptional regulator, AraC family  36.26 
 
 		 387 aa  63.9  0.000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.185359  normal  0.618503 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1528  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 284 aa  63.5  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2843  AraC family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 296 aa  63.2  0.000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.538425  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.3 
 
 		 986 aa  63.2  0.000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3057  AraC family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 296 aa  63.2  0.000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118978  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1225  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 249 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615855  normal  0.0441463 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4578  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 409 aa  62.4  0.000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0591899  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2356  transcriptional regulator, AraC family  35.51 
 
 		 296 aa  62.8  0.000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4119  transcriptional regulator, AraC family  31.68 
 
 		 262 aa  62.4  0.000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.840918  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  32.17 
 
 		 296 aa  62.8  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 266 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4017  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 255 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00173287 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 327 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 348 aa  62  0.000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>