More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4205 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4205  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 333 aa  669    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3939  regulatory protein, GntR  94.89 
 
 		 359 aa  632  1e-180  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0108432 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2086  GntR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 358 aa  236  5.0000000000000005e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0701877 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0992  GntR family transcriptional regulator  43.83 
 
 		 336 aa  223  4.9999999999999996e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5871  transcriptional regulator GntR family  38.11 
 
 		 332 aa  197  2.0000000000000003e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1033  GntR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000187092  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1603  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 338 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1402  GntR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 341 aa  138  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1750  GntR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 322 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.271582  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3969  GntR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 323 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3370  GntR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 323 aa  122  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000130554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4672  GntR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 343 aa  117  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.626925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4461  GntR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 230 aa  70.1  0.00000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 226 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 226 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 214 aa  62.8  0.000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  32.6 
 
 		 227 aa  62.8  0.000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 226 aa  62  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3215  GntR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 224 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 240 aa  62  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3541  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 218 aa  62.4  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3241  transcriptional regulator, GntR family  32.49 
 
 		 218 aa  62  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 211 aa  62  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  27.27 
 
 		 226 aa  61.6  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3738  GntR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 237 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2168  GntR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 237 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0196493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 237 aa  61.2  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3020  GntR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 239 aa  60.8  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2025  GntR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 244 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1768  GntR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 227 aa  60.5  0.00000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000893003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 230 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1958  GntR domain protein  24.26 
 
 		 340 aa  59.7  0.00000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 241 aa  59.7  0.00000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 233 aa  59.3  0.00000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_003296  RS05438  transcription regulator protein  27.21 
 
 		 311 aa  59.3  0.00000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.185679  normal  0.066253 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0584  transcriptional regulator, GntR family  30.41 
 
 		 231 aa  58.9  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.525368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 255 aa  58.9  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2350  GntR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 242 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0293  GntR family transcriptional regulator  28 
 
 		 230 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.972725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 229 aa  58.9  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  31.68 
 
 		 223 aa  58.9  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  30.88 
 
 		 237 aa  58.9  0.0000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2728  transcriptional regulator, GntR family  25.91 
 
 		 218 aa  58.2  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.246809  normal  0.158024 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 231 aa  58.5  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  28.34 
 
 		 258 aa  58.2  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2036  transcriptional regulator, GntR family  26.17 
 
 		 213 aa  57.8  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00223971  normal  0.0618137 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 255 aa  58.5  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7701  transcriptional regulator, GntR family  25.7 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.788387  normal  0.631599 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 255 aa  57.4  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 255 aa  57.4  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 262 aa  57.4  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 256 aa  57.8  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5188  GntR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 216 aa  57  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.948488  normal  0.0144297 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  30.65 
 
 		 228 aa  57  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  28.91 
 
 		 233 aa  57  0.0000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2680  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 229 aa  57  0.0000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.224385  normal  0.117444 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  30.65 
 
 		 230 aa  57  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 229 aa  57  0.0000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 238 aa  56.6  0.0000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2906  transcriptional regulator VanR  52.73 
 
 		 236 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.118956  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2710  transcriptional regulator GntR  50 
 
 		 236 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0839086  normal  0.32208 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 262 aa  57  0.0000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 262 aa  57  0.0000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 231 aa  56.6  0.0000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3337  transcriptional regulator, GntR family  29.69 
 
 		 246 aa  56.2  0.0000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0218222  normal  0.194173 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1076  GntR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 222 aa  56.2  0.0000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.928588  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  25.24 
 
 		 231 aa  55.8  0.0000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  31.22 
 
 		 238 aa  55.5  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 233 aa  55.8  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  25.74 
 
 		 226 aa  55.5  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4090  GntR family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 224 aa  55.5  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  29.73 
 
 		 239 aa  55.5  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6879  GntR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 297 aa  55.5  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0423677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5262  GntR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 228 aa  55.5  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4108  transcriptional regulator, GntR family  29.61 
 
 		 227 aa  55.8  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.724357  normal  0.672697 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1381  transcriptional regulator, GntR family  25.77 
 
 		 297 aa  55.8  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0297  transcriptional regulator, GntR family  28.65 
 
 		 220 aa  55.5  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2015  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 239 aa  55.5  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 227 aa  55.1  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_003296  RS00895  transcription regulator protein  29.67 
 
 		 205 aa  55.1  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0473063  normal  0.887973 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1352  transcriptional regulator, GntR family  26.24 
 
 		 228 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0611  GntR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 242 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.600848  normal  0.0221334 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1121  GntR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 234 aa  55.1  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2043  GntR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 237 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 222 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0845  GntR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 231 aa  55.1  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 235 aa  54.7  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2314  transcriptional regulator, GntR family  30.37 
 
 		 252 aa  54.7  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  26.67 
 
 		 238 aa  55.1  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3891  transcriptional regulator GntR family  29.21 
 
 		 231 aa  54.3  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.556155  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  36.73 
 
 		 226 aa  54.3  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  29.14 
 
 		 224 aa  54.3  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 219 aa  54.3  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3780  GntR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 245 aa  54.3  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104971 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 239 aa  53.9  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6398  transcriptional regulator, GntR family  32.33 
 
 		 215 aa  53.9  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5100  GntR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 226 aa  53.9  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2531  normal  0.563225 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  25.79 
 
 		 228 aa  53.9  0.000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 245 aa  53.5  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 240 aa  53.5  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>