More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2951 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2951  sigma-54 dependent transcriptional regulator  100 
 
 
561 aa  1148    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.201799  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2735  helix-turn-helix, Fis-type  87.59 
 
 
587 aa  993    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.366185 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0505  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  62.5 
 
 
587 aa  706    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05195  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  55.25 
 
 
623 aa  621  1e-176  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000454847  normal  0.120965 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0127  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  56.25 
 
 
604 aa  620  1e-176  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.857442 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0962  putative phenol-degradative gene regulator transcription regulator protein  51.04 
 
 
623 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4638  putative sigma54 specific transcriptional regulator  48.57 
 
 
592 aa  528  1e-149  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.335351  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3562  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  48.57 
 
 
592 aa  528  1e-149  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.705523 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6646  xylR-like aromatic hydrocarbon degradgation transcriptional regulatory protein  50.27 
 
 
587 aa  525  1e-148  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.165566 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1305  sigma-54 factor, interaction region  47.06 
 
 
614 aa  522  1e-147  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.506042  normal  0.0778502 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5673  helix-turn-helix, Fis-type  47.62 
 
 
592 aa  518  1.0000000000000001e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450699  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3310  Fis family transcriptional regulator  46.76 
 
 
587 aa  504  1e-141  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3798  helix-turn-helix, Fis-type  46.22 
 
 
558 aa  491  1e-137  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.852136  hitchhiker  0.00299193 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3117  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.86 
 
 
555 aa  479  1e-134  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124819  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.57 
 
 
540 aa  481  1e-134  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2797  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.19 
 
 
560 aa  475  1e-133  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.284817  normal  0.341611 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4640  putative sigma54 specific transcriptional regulator  46.35 
 
 
564 aa  474  1e-132  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.277441  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5671  helix-turn-helix, Fis-type  46.44 
 
 
564 aa  473  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3564  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.35 
 
 
564 aa  474  1e-132  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.592238  normal  0.192769 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2114  Fis family transcriptional regulator  44.01 
 
 
573 aa  473  1e-132  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2116  Fis family transcriptional regulator  43.47 
 
 
579 aa  472  1e-132  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1494  Fis family transcriptional regulator  44.23 
 
 
574 aa  471  1.0000000000000001e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1002  phenol-degradation regulator  48.21 
 
 
570 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3312  putative sigma54 specific transcriptional regulator  44.94 
 
 
562 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08880  sigma54-dependent activator protein, XylR/DmpR family  46.67 
 
 
564 aa  464  1e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.493647  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2099  Fis family transcriptional regulator  45.5 
 
 
574 aa  465  1e-129  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.22 
 
 
566 aa  456  1e-127  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3898  Fis family transcriptional regulator  43.86 
 
 
590 aa  457  1e-127  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2286  phenol-degradation regulator  44.48 
 
 
550 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2855  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.35 
 
 
582 aa  453  1.0000000000000001e-126  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3262  Fis family transcriptional regulator  43.66 
 
 
581 aa  449  1e-125  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0731246  hitchhiker  0.00134549 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2972  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.42 
 
 
562 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3364  putative sigma54 specific transcriptional regulator  46.86 
 
 
585 aa  446  1.0000000000000001e-124  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1698  helix-turn-helix, Fis-type  42.47 
 
 
540 aa  434  1e-120  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3204  Fis family transcriptional regulator  41.8 
 
 
570 aa  429  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.832965  normal  0.0333314 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3839  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.24 
 
 
546 aa  431  1e-119  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.719613  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1788  sigma-54 factor, interaction region  42.07 
 
 
542 aa  430  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.337598  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30810  sigma54-dependent activator protein  43.92 
 
 
564 aa  423  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1542  Fis family transcriptional regulator  41.56 
 
 
586 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.332914  normal  0.115616 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3191  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.82 
 
 
553 aa  330  3e-89  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0917  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.94 
 
 
568 aa  322  9.999999999999999e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0299  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.18 
 
 
547 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00444177  hitchhiker  0.000000221219 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3095  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.08 
 
 
575 aa  314  2.9999999999999996e-84  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.458911 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0890  putative sigma54 specific transcriptional regulator  40.46 
 
 
543 aa  307  4.0000000000000004e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0365  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.46 
 
 
554 aa  301  3e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0352  putative sigma54 specific transcriptional regulator  33.04 
 
 
554 aa  299  1e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  33.75 
 
 
535 aa  294  3e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.928628  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.51 
 
 
470 aa  293  5e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0338  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.1 
 
 
552 aa  293  5e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0337  putative sigma54 specific transcriptional regulator  39.19 
 
 
541 aa  293  8e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0888  putative sigma54 specific transcriptional regulator  34.74 
 
 
543 aa  292  1e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0349  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.97 
 
 
541 aa  290  6e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.497351  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.61 
 
 
473 aa  290  7e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0508  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  33.39 
 
 
547 aa  290  7e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.61 
 
 
473 aa  288  2e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.61 
 
 
473 aa  288  2e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.75 
 
 
502 aa  282  1e-74  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  41.67 
 
 
549 aa  281  2e-74  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.28 
 
 
472 aa  276  9e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.39 
 
 
454 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.97 
 
 
448 aa  275  2.0000000000000002e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0944  putative sigma54 specific transcriptional regulator  38.08 
 
 
545 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  43.94 
 
 
542 aa  273  7e-72  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  46.06 
 
 
466 aa  272  1e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0437  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.99 
 
 
490 aa  271  2e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  46.08 
 
 
533 aa  271  2.9999999999999997e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0789  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.55 
 
 
448 aa  271  2.9999999999999997e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1013  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.74 
 
 
456 aa  271  2.9999999999999997e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0616674 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.27 
 
 
442 aa  270  4e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0085  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.24 
 
 
452 aa  270  4e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06720  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.74 
 
 
581 aa  270  5e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1713  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.58 
 
 
748 aa  270  5.9999999999999995e-71  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000552259  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1179  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.15 
 
 
457 aa  270  5.9999999999999995e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.655382  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.39 
 
 
460 aa  268  2e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2018  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.15 
 
 
447 aa  268  2.9999999999999995e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.110893  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.02 
 
 
452 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.11 
 
 
544 aa  267  4e-70  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.74 
 
 
463 aa  267  4e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3335  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.18 
 
 
458 aa  267  5e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0594  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  45.48 
 
 
529 aa  266  7e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00846378  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3302  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.62 
 
 
469 aa  266  8e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.498619  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0300  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.99 
 
 
457 aa  266  8e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0260  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.66 
 
 
687 aa  265  1e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.94 
 
 
454 aa  265  1e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1312  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.39 
 
 
455 aa  265  1e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.502008  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2124  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45 
 
 
474 aa  265  2e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0345179 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2453  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.15 
 
 
461 aa  265  2e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000196128  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1366  sigma-54 factor, interaction region  46.67 
 
 
469 aa  265  2e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1204  transcriptional regulator NifA  45.76 
 
 
550 aa  265  2e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.132443  hitchhiker  0.00777378 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5989  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.15 
 
 
459 aa  264  3e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.999422  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.27 
 
 
469 aa  264  3e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1010  NifA subfamily transcriptional regulator  43.94 
 
 
510 aa  264  3e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.502201  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1320  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  44.61 
 
 
460 aa  264  4e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.32 
 
 
670 aa  263  4.999999999999999e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  43.64 
 
 
461 aa  263  4.999999999999999e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2924  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.73 
 
 
470 aa  263  4.999999999999999e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.777319  hitchhiker  0.0000000000564278 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2930  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.32 
 
 
457 aa  263  4.999999999999999e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1295  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.88 
 
 
457 aa  263  6e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.62254e-16 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0790  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.24 
 
 
466 aa  263  6e-69  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  45.32 
 
 
648 aa  263  6e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>