More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1358 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1358  ABC transporter, permease protein  100 
 
 		 306 aa  591  1e-168  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1167  inner-membrane translocator  97.39 
 
 		 306 aa  513  1e-144  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.54838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0851  inner-membrane translocator  66.78 
 
 		 310 aa  393  1e-108  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6455  inner-membrane translocator  65.76 
 
 		 308 aa  388  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0310554 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4476  inner-membrane translocator  66.1 
 
 		 308 aa  387  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1703  inner-membrane translocator  67.99 
 
 		 306 aa  382  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.209292 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4622  ABC transporter permease  63.31 
 
 		 308 aa  380  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0459008 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5241  inner-membrane translocator  74.5 
 
 		 308 aa  372  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.560429  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2022  inner-membrane translocator  67.99 
 
 		 306 aa  374  1e-102  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.61701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1370  ABC transporter, inner membrane subunit  73.83 
 
 		 308 aa  368  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.164625  normal  0.0722651 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1115  inner-membrane translocator  66.67 
 
 		 306 aa  361  8e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.250731  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0272  inner-membrane translocator  64.63 
 
 		 307 aa  343  2e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0838291  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3024  inner-membrane translocator  59.87 
 
 		 307 aa  342  5e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5656  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  64.07 
 
 		 308 aa  333  2e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.423786  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0767  inner-membrane translocator  64.05 
 
 		 305 aa  320  9.999999999999999e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0432903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0838  inner-membrane translocator  65.42 
 
 		 307 aa  310  2e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2174  inner-membrane translocator  38.59 
 
 		 310 aa  180  2e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1925  inner-membrane translocator  39.13 
 
 		 306 aa  169  4e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0121722 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3028  inner-membrane translocator  40.4 
 
 		 308 aa  169  6e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.921735 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1924  inner-membrane translocator  38.73 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.323081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0840  inner-membrane translocator  33.8 
 
 		 308 aa  159  4e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1909  inner-membrane translocator  36.82 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2168  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  37.63 
 
 		 305 aa  157  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00258855  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1509  branched chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.15 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00806638  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0214  inner-membrane translocator  39.8 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2137  inner-membrane translocator  36.79 
 
 		 306 aa  154  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.120618  normal  0.332234 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0137  putative simple sugar transport system permease protein  35.81 
 
 		 309 aa  154  2e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697381  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2766  inner-membrane translocator  36.08 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2992  inner-membrane translocator  37.93 
 
 		 308 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0785712 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0671  inner-membrane translocator  38.16 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2963  putative ABC type branched chain amino acid transport system  38.01 
 
 		 308 aa  151  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.40426 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2445  inner-membrane translocator  36.07 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3943  inner-membrane translocator  35.03 
 
 		 310 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.287921  normal  0.576427 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0568  ABC transporter, permease protein  37.46 
 
 		 306 aa  149  6e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0767  ABC transporter, permease protein  38.08 
 
 		 308 aa  149  6e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3630  inner-membrane translocator  37.1 
 
 		 306 aa  149  7e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01690  putative permease of ABC transporter  39.8 
 
 		 326 aa  148  9e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143832  normal  0.694457 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0535  ABC transporter, permease protein  37.46 
 
 		 306 aa  148  9e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3164  inner-membrane translocator  36.52 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.703733  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1289  inner-membrane translocator  36.24 
 
 		 309 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.922436 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0679  inner-membrane translocator  37.95 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00497271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2319  inner-membrane translocator  37.09 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.316553 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1355  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 310 aa  147  3e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0215  ABC transporter permease  39.47 
 
 		 308 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.709099  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1940  ABC transporter, inner membrane subunit  37.09 
 
 		 309 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0398259  normal  0.718712 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1485  inner-membrane translocator  36.52 
 
 		 306 aa  145  9e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3455  inner-membrane translocator  33.93 
 
 		 306 aa  145  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0440389 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1134  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 306 aa  142  7e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.289983 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3235  inner-membrane translocator  36.48 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3901  inner-membrane translocator  35 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.725338  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1246  inner-membrane translocator  37.99 
 
 		 311 aa  140  3e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.147742  normal  0.139079 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5876  inner-membrane translocator  34.97 
 
 		 306 aa  140  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.585609  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1978  inner-membrane translocator  36.86 
 
 		 306 aa  139  7e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0494  inner-membrane translocator  37.59 
 
 		 306 aa  139  7e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0299784  normal  0.0482055 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2378  inner-membrane translocator  36.86 
 
 		 306 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.205992  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0795  inner-membrane translocator  36.62 
 
 		 306 aa  138  8.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.261256 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2500  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.426672  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3692  inner-membrane translocator  31.76 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.24708  normal  0.497835 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1459  inner-membrane translocator  38.49 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1038  inner-membrane translocator  36.03 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.331122  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2175  transmembrane ABC transporter protein  36.18 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1950  inner-membrane translocator  37.85 
 
 		 311 aa  136  4e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00535854 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3559  ABC transporter, inner membrane subunit  36.05 
 
 		 310 aa  136  5e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.922335  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1691  inner-membrane translocator  38.87 
 
 		 304 aa  136  5e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00294001  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3242  inner-membrane translocator  36.05 
 
 		 310 aa  136  5e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.165584  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1409  inner-membrane translocator  32.47 
 
 		 313 aa  135  8e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00403433  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2079  inner-membrane translocator  37.66 
 
 		 311 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.37561  normal  0.0101179 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08800  inner-membrane translocator  31.79 
 
 		 309 aa  134  9.999999999999999e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00310971  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1765  inner-membrane translocator  38.6 
 
 		 296 aa  133  3.9999999999999996e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.309051 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4010  inner-membrane translocator  35.67 
 
 		 310 aa  132  6.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0842  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 319 aa  132  7.999999999999999e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0819  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 319 aa  132  7.999999999999999e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3847  inner-membrane translocator  30.38 
 
 		 425 aa  132  9e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00193148  decreased coverage  0.00000485883 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0145  inner-membrane translocator  31.8 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2058  ABC transporter permease  34.25 
 
 		 304 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.636859  normal  0.279361 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2603  inner-membrane translocator  31.48 
 
 		 312 aa  129  6e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0930  inner-membrane translocator  36.71 
 
 		 307 aa  129  6e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.774145  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2296  inner-membrane translocator  40.64 
 
 		 313 aa  128  9.000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.3963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4235  inner-membrane translocator  34.26 
 
 		 308 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.169564  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1902  inner-membrane translocator  36.18 
 
 		 306 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.26134 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3657  inner-membrane translocator  34.13 
 
 		 315 aa  127  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.103238 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0639  inner-membrane translocator  32.48 
 
 		 309 aa  127  3e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.136053 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5005  inner-membrane translocator  36.4 
 
 		 305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.539192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4468  inner-membrane translocator  35.19 
 
 		 303 aa  125  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0443774 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5057  inner-membrane translocator  35.96 
 
 		 305 aa  125  7e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.799835  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0007  inner-membrane translocator  31.68 
 
 		 319 aa  125  7e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00338005  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1301  inner-membrane translocator  30.1 
 
 		 313 aa  125  9e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0556044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3339  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.460732 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1581  inner-membrane translocator  31.03 
 
 		 311 aa  125  1e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.788444  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3306  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 314 aa  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.701348  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1718  inner-membrane translocator  35.15 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.819345  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0506  inner-membrane translocator  30.39 
 
 		 286 aa  124  2e-27  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1119  inner-membrane translocator  35.69 
 
 		 305 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0373772  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6462  inner-membrane translocator  34.49 
 
 		 303 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.485911 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2787  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 313 aa  122  7e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0792044  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4346  inner-membrane translocator  35.02 
 
 		 311 aa  122  7e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.214102  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0404  inner-membrane translocator  31.54 
 
 		 306 aa  122  9e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0341436  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1779  inner-membrane translocator  30.11 
 
 		 309 aa  122  9e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000172094  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1003  ABC transporter, inner membrane subunit  35.29 
 
 		 306 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0030  inner-membrane translocator  31.18 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>