More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3707 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3707  ATPase  100 
 
 		 1277 aa  2598    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.405586  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1405  Exodeoxyribonuclease V  28.46 
 
 		 1214 aa  354  5.9999999999999994e-96  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  26.92 
 
 		 733 aa  106  3e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  26.76 
 
 		 740 aa  105  4e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4247  RecD/TraA family helicase  27.26 
 
 		 736 aa  96.7  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4567  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  28.22 
 
 		 708 aa  95.1  7e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  27.8 
 
 		 744 aa  93.6  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0246  RecD/TraA family helicase  24.56 
 
 		 742 aa  93.2  3e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1892  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.63 
 
 		 594 aa  92  6e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.087164  hitchhiker  0.00000000000433292 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3804  ATPase  23.66 
 
 		 686 aa  91.7  9e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.101814  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  26.4 
 
 		 728 aa  90.9  2e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  26.34 
 
 		 762 aa  90.1  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1393  RecD/TraA family helicase  23.29 
 
 		 719 aa  89.7  3e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0764  helicase, RecD/TraA family  25.88 
 
 		 728 aa  89.4  5e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0607896  normal  0.527893 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  27.38 
 
 		 728 aa  89  5e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4895  exodeoxyribonuclease V  27.94 
 
 		 776 aa  88.2  9e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.382382  normal  0.0563011 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  26.26 
 
 		 750 aa  87.8  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  26.29 
 
 		 735 aa  87  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  30.87 
 
 		 733 aa  85.9  0.000000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  25.99 
 
 		 733 aa  85.1  0.000000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2673  RecD/TraA family helicase  26.75 
 
 		 736 aa  85.1  0.000000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2548  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.35 
 
 		 650 aa  84.3  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.975526 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2772  Exodeoxyribonuclease V  30.23 
 
 		 653 aa  84.3  0.00000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00547941  hitchhiker  0.000384136 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  30.74 
 
 		 727 aa  84.7  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1980  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.95 
 
 		 714 aa  84  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2353  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.34 
 
 		 767 aa  83.6  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5137  Exodeoxyribonuclease V  26.21 
 
 		 749 aa  82.8  0.00000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.34484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2933  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.35 
 
 		 646 aa  82.4  0.00000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.238613  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  25.4 
 
 		 742 aa  82  0.00000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0578  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.44 
 
 		 601 aa  82  0.00000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1847  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.87 
 
 		 683 aa  81.3  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.401727  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1987  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.01 
 
 		 676 aa  81.3  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000228018  normal  0.266094 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0915  exonuclease V subunit alpha  24.65 
 
 		 619 aa  80.5  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.718919  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2965  exonuclease V subunit alpha  25.63 
 
 		 608 aa  80.1  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02667  exonuclease V (RecBCD complex), alpha chain  25.79 
 
 		 608 aa  79  0.0000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.690529  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02628  hypothetical protein  25.79 
 
 		 608 aa  79  0.0000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.627808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0872  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.79 
 
 		 608 aa  79  0.0000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.938405  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3139  exonuclease V subunit alpha  25.79 
 
 		 608 aa  79  0.0000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3043  exonuclease V subunit alpha  25.79 
 
 		 608 aa  79  0.0000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.225396  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0896  exonuclease V subunit alpha  25.79 
 
 		 608 aa  79  0.0000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.367719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0522  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.28 
 
 		 735 aa  78.6  0.0000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.496827  hitchhiker  0.000245551 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2249  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  34.21 
 
 		 746 aa  78.6  0.0000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000721338  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4084  exonuclease V subunit alpha  25.47 
 
 		 608 aa  77.8  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2966  exonuclease V subunit alpha  25.08 
 
 		 608 aa  77.4  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3319  exonuclease V subunit alpha  25.04 
 
 		 611 aa  77  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.940485 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3219  exonuclease V subunit alpha  25.18 
 
 		 611 aa  76.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3205  exonuclease V subunit alpha  25.18 
 
 		 611 aa  76.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3156  exonuclease V subunit alpha  25.18 
 
 		 611 aa  76.3  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3139  exonuclease V subunit alpha  25.18 
 
 		 611 aa  76.3  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1753  helicase RecD/TraA  23.92 
 
 		 736 aa  75.9  0.000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.473009  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0690  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  24.6 
 
 		 702 aa  75.5  0.000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0371  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.5 
 
 		 588 aa  75.5  0.000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.219276  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0608  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  29.57 
 
 		 825 aa  75.1  0.000000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0956  helicase, RecD/TraA family  25.04 
 
 		 786 aa  75.1  0.000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0758  helicase, RecD/TraA family  30.66 
 
 		 719 aa  74.3  0.00000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0446  RecD/TraA family helicase  34.43 
 
 		 735 aa  74.3  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000295111  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2745  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  30.45 
 
 		 641 aa  74.3  0.00000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3388  exonuclease V subunit alpha  25.45 
 
 		 618 aa  73.6  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  31.69 
 
 		 738 aa  74.3  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2289  helicase, RecD/TraA family  23.01 
 
 		 749 aa  73.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00901153  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0010  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  24.77 
 
 		 750 aa  73.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1462  helicase RecD/TraA  28.87 
 
 		 739 aa  73.2  0.00000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3262  exonuclease V subunit alpha  26.51 
 
 		 607 aa  73.2  0.00000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2292  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  24.65 
 
 		 740 aa  72.8  0.00000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.615762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3813  exonuclease V subunit alpha  25.82 
 
 		 621 aa  72.4  0.00000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.752384  hitchhiker  0.00686322 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2093  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  22.84 
 
 		 740 aa  72  0.00000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1183  RecD/TraA family helicase  29.8 
 
 		 810 aa  72  0.00000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0818  RecD/TraA family helicase  34.21 
 
 		 688 aa  72  0.00000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.662153  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51700  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.5 
 
 		 703 aa  71.6  0.00000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.64 
 
 		 739 aa  71.6  0.00000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000685942 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2767  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  22.13 
 
 		 769 aa  71.2  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3230  exonuclease V subunit alpha  24.74 
 
 		 652 aa  70.9  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.91996 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2726  helicase, RecD/TraA family  31.41 
 
 		 741 aa  70.9  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000501325  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1742  exonuclease V subunit alpha  26.87 
 
 		 834 aa  71.2  0.0000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1724  helicase, putative  27.41 
 
 		 806 aa  70.9  0.0000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0232  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  28.84 
 
 		 475 aa  70.9  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.14834  normal  0.233843 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1044  exonuclease V subunit alpha  25.36 
 
 		 657 aa  70.9  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0696  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  30.85 
 
 		 795 aa  70.9  0.0000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  25.18 
 
 		 738 aa  70.5  0.0000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0253  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  28.04 
 
 		 584 aa  69.7  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl322  exodeoxyribonuclease V  25.65 
 
 		 743 aa  69.7  0.0000000004  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000862926  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0992  exonuclease V subunit alpha  25.05 
 
 		 657 aa  69.3  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55660  exodeoxyribonuclease V alpha chain  26.74 
 
 		 721 aa  69.7  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.866156  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3006  exonuclease V subunit alpha  23.77 
 
 		 616 aa  68.9  0.0000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1623  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  27.12 
 
 		 679 aa  68.9  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.127673  normal  0.170261 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1460  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  23.69 
 
 		 698 aa  68.9  0.0000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1425  helicase, RecD/TraA family  27.66 
 
 		 737 aa  68.6  0.0000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1903  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  27.8 
 
 		 833 aa  68.6  0.0000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1903  exodeoxyribonuclease V, 67 kDa subunit  24.5 
 
 		 706 aa  68.6  0.0000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1706  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V), alpha subunit  35.38 
 
 		 730 aa  68.2  0.0000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.129548  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0692  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.01 
 
 		 603 aa  67.8  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  32.21 
 
 		 731 aa  67.8  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3231  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  25.94 
 
 		 639 aa  68.2  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00025834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14781  exodeoxyribonuclease V 67 kD polypeptide  21.78 
 
 		 573 aa  67.8  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.922098  normal  0.231202 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0778  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.13 
 
 		 697 aa  67  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1676  RecD/TraA family helicase  28.79 
 
 		 825 aa  67.4  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4627  RecD/TraA family helicase  30 
 
 		 871 aa  67  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0750551  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2535  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  24.64 
 
 		 687 aa  67  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2495  helicase, RecD/TraA family  30.59 
 
 		 784 aa  67  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4850  exodeoxyribonuclease V alpha chain  25.82 
 
 		 720 aa  67  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.61173  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>