227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_6132 on replicon NC_010510
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010510  Mrad2831_6132  D-alanine-D-alanine ligase and related ATP-grasp protein-like protein  100 
 
 
359 aa  727    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0713  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  28.52 
 
 
357 aa  80.9  0.00000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.323281  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1891  GCN5-related N-acetyltransferase  25.53 
 
 
527 aa  79.3  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1644  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  22.93 
 
 
347 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  28.22 
 
 
331 aa  72.8  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1418  D-alanine--D-alanine ligase  26.95 
 
 
731 aa  71.6  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0081  D-alanine--D-alanine ligase  21.32 
 
 
310 aa  71.6  0.00000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.201322  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2722  D-alanine--D-alanine ligase  27.91 
 
 
331 aa  70.9  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3043  D-alanine-D-alanine ligase and related ATP-grasp enzyme-like  27.84 
 
 
351 aa  68.9  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2749  D-alanine--D-alanine ligase  24.36 
 
 
338 aa  67.8  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0655  D-alanine--D-alanine ligase  23.25 
 
 
663 aa  67.4  0.0000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.24382  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1472  D-alanine--D-alanine ligase  25.7 
 
 
326 aa  67.4  0.0000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269509  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0169  D-alanine--D-alanine ligase  24.8 
 
 
337 aa  66.2  0.0000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0022958  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  29.94 
 
 
327 aa  65.1  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0850  D-alanine--D-alanine ligase  27.03 
 
 
314 aa  64.7  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.868675  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4982  D-alanine--D-alanine ligase  27.6 
 
 
319 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0924  D-alanine--D-alanine ligase  25.47 
 
 
313 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  23.75 
 
 
337 aa  63.2  0.000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000736036  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4510  D-alanine--D-alanine ligase  26.03 
 
 
318 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.926971  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1410  D-alanine--D-alanine ligase  24.77 
 
 
728 aa  63.2  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.801372  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57320  D-alanine--D-alanine ligase  27.27 
 
 
319 aa  62.8  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1586  D-alanine--D-alanine ligase  25.09 
 
 
377 aa  62.8  0.000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0347832 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1506  D-alanine--D-alanine ligase  24.54 
 
 
728 aa  62.8  0.000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.736453  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0712  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  25.36 
 
 
326 aa  62.8  0.000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.396337  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2424  D-alanine--D-alanine ligase  25.25 
 
 
308 aa  62.4  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.060178  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1339  D-alanine--D-alanine ligase  26.03 
 
 
318 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266833  normal  0.0340242 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3423  D-alanine--D-alanine ligase  28.33 
 
 
346 aa  62.4  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.206359  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0135  D-alanine--D-alanine ligase  23.95 
 
 
336 aa  62.4  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.71803  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1008  D-alanine--D-alanine ligase  19.02 
 
 
743 aa  62  0.00000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0946  D-alanine--D-alanine ligase  25.62 
 
 
318 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427679  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0360  D-alanine/D-alanine ligase  24.83 
 
 
330 aa  61.2  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5376  D-alanine/D-alanine ligase  26.21 
 
 
350 aa  61.2  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2449  D-alanine--D-alanine ligase  24.54 
 
 
727 aa  60.8  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0420  D-alanine/D-alanine ligase  23.02 
 
 
299 aa  61.2  0.00000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000379989  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  23.89 
 
 
308 aa  61.2  0.00000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4385  D-alanine--D-alanine ligase  25.62 
 
 
318 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0215233  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13270  D-alanine--D-alanine ligase  27.31 
 
 
315 aa  60.5  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.122637  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15051  D-alanyl-alanine synthetase A  22.83 
 
 
355 aa  60.1  0.00000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.442673  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4100  D-alanine--D-alanine ligase  27.13 
 
 
319 aa  59.7  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.555114 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1402  D-alanyl-alanine synthetase A  24.64 
 
 
355 aa  59.7  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  23.67 
 
 
324 aa  59.7  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0604  D-alanine--D-alanine ligase  24.6 
 
 
320 aa  59.7  0.00000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2618  D-alanyl-alanine synthetase A  22.26 
 
 
323 aa  59.7  0.00000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4346  D-alanine--D-alanine ligase A  25.09 
 
 
352 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.515612 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1370  D-alanyl-alanine synthetase A  22.67 
 
 
325 aa  58.9  0.0000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.675036  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1521  D-alanine--D-alanine ligase  25.09 
 
 
352 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.435 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  26.98 
 
 
338 aa  59.3  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2101  D-alanyl-alanine synthetase A  30.86 
 
 
357 aa  59.3  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0423676 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0416  D-alanyl-alanine synthetase A  27.87 
 
 
364 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.532787  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2842  D-alanine--D-alanine ligase  26.87 
 
 
331 aa  58.5  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0633  D-alanyl-alanine synthetase A  27.74 
 
 
371 aa  58.5  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0422  D-alanyl-alanine synthetase A  27.87 
 
 
364 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.947692  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1331  D-alanyl-alanine synthetase A  30.63 
 
 
361 aa  58.5  0.0000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0415  D-alanyl-alanine synthetase A  27.87 
 
 
364 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.335332  normal  0.0242928 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0476  D-alanyl-alanine synthetase A  27.87 
 
 
364 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0434  D-alanyl-alanine synthetase A  27.87 
 
 
364 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0552987  normal  0.545444 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  26.36 
 
 
336 aa  57.8  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4406  D-alanine--D-alanine ligase  26.32 
 
 
319 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206514  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  24.92 
 
 
302 aa  57.8  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0823  D-alanine--D-alanine ligase  23.62 
 
 
334 aa  58.2  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.595745 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2978  D-alanine--D-alanine ligase  23.67 
 
 
332 aa  57.4  0.0000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00577366  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3668  D-alanine--D-alanine ligase  23.67 
 
 
332 aa  57  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497942  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0136  D-alanine/D-alanine ligase  24.27 
 
 
302 aa  57.4  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444809  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0358  methyltransferase type 11  20.13 
 
 
637 aa  56.6  0.0000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000290663  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1774  protein of unknown function DUF201  27.17 
 
 
340 aa  56.6  0.0000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.119478  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0772  D-alanine--D-alanine ligase  23.72 
 
 
309 aa  55.8  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.170719  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14921  D-alanyl-alanine synthetase A  22.36 
 
 
355 aa  55.8  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2549  D-alanine--D-alanine ligase  31.03 
 
 
312 aa  55.5  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3542  D-alanine--D-alanine ligase  31.03 
 
 
312 aa  55.5  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  26.55 
 
 
327 aa  55.1  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08980  D-alanine--D-alanine ligase  25.75 
 
 
343 aa  55.1  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0470  D-alanine--D-alanine ligase  31.03 
 
 
312 aa  55.5  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1595  D-alanyl-alanine synthetase A  24.51 
 
 
372 aa  54.7  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0878073  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1329  D-alanine--D-alanine ligase  31.03 
 
 
312 aa  55.5  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.336933  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3523  D-alanine--D-alanine ligase  31.03 
 
 
312 aa  55.5  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3548  D-alanine--D-alanine ligase  31.03 
 
 
312 aa  55.5  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.21895  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3234  D-alanine--D-alanine ligase  31.03 
 
 
312 aa  55.5  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  24.77 
 
 
306 aa  54.3  0.000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3919  D-alanyl-alanine synthetase A  28.97 
 
 
363 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.27971  normal  0.219568 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1662  D-alanyl-alanine synthetase A  29.81 
 
 
363 aa  53.9  0.000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3415  D-alanine--D-alanine ligase  28.79 
 
 
325 aa  53.9  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0675936  normal  0.934291 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0382  D-alanine/D-alanine ligase  31 
 
 
308 aa  53.9  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0398495  normal  0.161369 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0203  D-alanine--D-alanine ligase  31 
 
 
308 aa  53.9  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.43186  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0629  D-ala D-ala ligase  23 
 
 
338 aa  53.5  0.000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2285  D-alanine/D-alanine ligase  28.08 
 
 
377 aa  53.5  0.000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.249142  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2121  D-alanyl-alanine synthetase A  34.12 
 
 
339 aa  53.5  0.000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3486  D-alanine--D-alanine ligase  29.53 
 
 
311 aa  53.5  0.000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4182  D-alanine--D-alanine ligase  27.08 
 
 
363 aa  53.1  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0897  D-alanine-D-alanine ligase A  28.65 
 
 
346 aa  53.1  0.000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121426  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10770  D-alanine--D-alanine ligase  26.53 
 
 
376 aa  53.1  0.000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.309547  normal  0.44685 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  22.71 
 
 
306 aa  53.1  0.000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1120  D-alanine--D-alanine ligase  29.89 
 
 
312 aa  53.1  0.000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0532  D-alanine--D-alanine ligase  31.03 
 
 
313 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000500002  normal  0.541798 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2188  D-alanine--D-alanine ligase  28.57 
 
 
314 aa  52.4  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.441149  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1631  D-alanyl-alanine synthetase A  27.78 
 
 
360 aa  52.4  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3672  D-alanine--D-alanine ligase  23.27 
 
 
364 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09600  D-alanine-D-alanine ligase A  29.31 
 
 
346 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0464  D-alanine--D-alanine ligase  26.44 
 
 
319 aa  52.4  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.132669 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0905  D-alanyl-alanine synthetase A  30.83 
 
 
360 aa  51.6  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0672  D-alanyl-alanine synthetase A  26.49 
 
 
377 aa  51.6  0.00002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00380934  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>