More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_5006 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_5006  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 302 aa  593  1e-169  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  85.05 
 
 		 301 aa  482  1e-135  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  85.38 
 
 		 301 aa  473  1e-132  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8514  transcriptional regulator, LysR family  72.82 
 
 		 302 aa  419  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  63.09 
 
 		 296 aa  369  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3328  LysR family transcriptional regulator  62.75 
 
 		 296 aa  365  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1345  LysR family transcriptional regulator  63.14 
 
 		 296 aa  357  9.999999999999999e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2765  LysR family transcriptional regulator  59.04 
 
 		 302 aa  327  1.0000000000000001e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  56.46 
 
 		 298 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  56.31 
 
 		 298 aa  319  3e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4126  LysR family transcriptional regulator  56.7 
 
 		 301 aa  318  5e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  53.06 
 
 		 310 aa  318  6e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  55.97 
 
 		 298 aa  317  2e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  54.76 
 
 		 298 aa  312  4.999999999999999e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  54.95 
 
 		 298 aa  311  7.999999999999999e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3317  LysR family transcriptional regulator  58.31 
 
 		 317 aa  299  5e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  52.33 
 
 		 300 aa  298  6e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  54.27 
 
 		 299 aa  296  4e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  49.66 
 
 		 299 aa  292  6e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  52.56 
 
 		 308 aa  290  2e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  48.5 
 
 		 302 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  47.33 
 
 		 299 aa  287  2e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  47.83 
 
 		 301 aa  287  2e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5566  LysR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 316 aa  286  2e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0372777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3429  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 312 aa  283  2.0000000000000002e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000310427 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1525  LysR family transcriptional regulator  54.3 
 
 		 313 aa  283  3.0000000000000004e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 299 aa  281  8.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3226  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 307 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2351  LysR family transcriptional regulator  53.77 
 
 		 296 aa  268  1e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0828194 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6536  LysR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 308 aa  267  2e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268886 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 300 aa  265  5e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  46.28 
 
 		 308 aa  261  8e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  50.33 
 
 		 309 aa  260  2e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6852  transcriptional regulator, LysR family  47.33 
 
 		 310 aa  258  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 298 aa  257  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  50.69 
 
 		 294 aa  255  5e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  49.34 
 
 		 342 aa  253  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  50.86 
 
 		 299 aa  253  3e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 303 aa  250  2e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  51.92 
 
 		 319 aa  250  2e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3912  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 315 aa  248  9e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  47.97 
 
 		 299 aa  248  1e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2089  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 307 aa  246  3e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  51.57 
 
 		 322 aa  246  3e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  44.97 
 
 		 304 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  48.45 
 
 		 305 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 301 aa  242  5e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  52.6 
 
 		 319 aa  239  2.9999999999999997e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  42.38 
 
 		 319 aa  238  8e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5526  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 317 aa  238  1e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.77187 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  46.13 
 
 		 299 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4867  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 308 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.169405 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1793  transcriptional regulator, LysR family  42.28 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  45.61 
 
 		 308 aa  230  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 320 aa  230  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4963  transcriptional regulator, LysR family  44.56 
 
 		 296 aa  229  5e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 300 aa  228  7e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0820  transcriptional regulator, LysR family  46 
 
 		 311 aa  227  2e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5569  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 305 aa  223  2e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0364819 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 301 aa  220  3e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3091  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0637726 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  44.48 
 
 		 297 aa  215  5.9999999999999996e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 297 aa  214  9.999999999999999e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1975  transcriptional regulator, LysR family  42.32 
 
 		 302 aa  209  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.718981  normal  0.0815311 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 303 aa  209  4e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  41.1 
 
 		 305 aa  208  8e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 295 aa  206  3e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3225  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 296 aa  206  4e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0644  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 296 aa  205  6e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  42.76 
 
 		 297 aa  203  2e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0847  LysR family transcriptional regulator  43.98 
 
 		 289 aa  204  2e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 302 aa  202  5e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4540  transcriptional regulator, LysR family  47.6 
 
 		 303 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.438902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  46.39 
 
 		 305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 334 aa  199  5e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3283  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 298 aa  199  6e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.96132  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  39.02 
 
 		 308 aa  199  6e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 334 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 334 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  41.46 
 
 		 293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11490  Transcriptional regulator, LysR family  42.01 
 
 		 327 aa  196  3e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.135778  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  38.78 
 
 		 315 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3618  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 301 aa  196  5.000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.219787  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 334 aa  195  6e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 313 aa  195  6e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 302 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 328 aa  195  8.000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 294 aa  195  9e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 294 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 294 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.7 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 338 aa  194  2e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 334 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 334 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 334 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 334 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 289 aa  192  4e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 334 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>