More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmc1_2493 on replicon NC_008576
Organism: Magnetococcus sp. MC-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008576  Mmc1_2493  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  100 
 
 
484 aa  978    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00408967  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0342  nickel-dependent hydrogenase large subunit  57.35 
 
 
485 aa  557  1e-157  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0846503  normal  0.979503 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  55.46 
 
 
485 aa  527  1e-148  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.935689  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  54.53 
 
 
488 aa  516  1.0000000000000001e-145  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2806  HupV protein  54.23 
 
 
485 aa  512  1e-144  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2010  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  56.85 
 
 
482 aa  511  1e-143  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3960  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  56.64 
 
 
472 aa  506  9.999999999999999e-143  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3774  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  53.93 
 
 
480 aa  501  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.967031 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1995  uptake hydrogenase accessory  53.21 
 
 
479 aa  494  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1153  nickel-dependent hydrogenase large subunit  53.29 
 
 
481 aa  491  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0493  hydrogenase large subunit  56.61 
 
 
475 aa  488  1e-136  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2144  hydrogen:quinone oxidoreductase  55.99 
 
 
475 aa  485  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.883688  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3378  NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 kDa subunit  52.89 
 
 
474 aa  477  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.40537  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1161  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  53.29 
 
 
481 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4121  hydrogen:quinone oxidoreductase  53.31 
 
 
496 aa  464  1e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3095  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  52.81 
 
 
477 aa  462  1e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2889  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  37.35 
 
 
505 aa  315  9.999999999999999e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2907  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.51 
 
 
531 aa  291  2e-77  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3213  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.51 
 
 
531 aa  291  2e-77  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3368  hydrogen:quinone oxidoreductase  33.92 
 
 
534 aa  290  4e-77  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1348  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.13 
 
 
509 aa  286  5.999999999999999e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.92 
 
 
540 aa  285  1.0000000000000001e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.793332 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1076  hydrogen:quinone oxidoreductase  34.05 
 
 
535 aa  284  3.0000000000000004e-75  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.108784  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3886  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.27 
 
 
531 aa  284  3.0000000000000004e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.713091 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1818  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.55 
 
 
531 aa  283  5.000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3763  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.18 
 
 
532 aa  280  5e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3198  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.86 
 
 
547 aa  279  7e-74  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.14 
 
 
485 aa  276  7e-73  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2366  hydrogen:quinone oxidoreductase  33.01 
 
 
536 aa  274  3e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.201655  normal  0.04307 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3224  cytochrome-c3 hydrogenase  32.49 
 
 
535 aa  272  9e-72  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.851787  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.2 
 
 
481 aa  272  1e-71  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1071  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.03 
 
 
470 aa  270  2.9999999999999997e-71  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018808  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0471  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.29 
 
 
545 aa  270  2.9999999999999997e-71  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.980581  normal  0.166741 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3865  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.94 
 
 
562 aa  270  4e-71  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0461  uptake hydrogenase large subunit  32.88 
 
 
532 aa  265  1e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0412944  normal  0.0758473 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0702  hydrogenase-2, large subunit  31.43 
 
 
532 aa  264  2e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0850  Hydrogen:quinone oxidoreductase  31.43 
 
 
532 aa  264  2e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.844824 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4595  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.37 
 
 
531 aa  261  2e-68  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.63509  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.85 
 
 
458 aa  257  3e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  33.6 
 
 
475 aa  252  8.000000000000001e-66  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0923  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.47 
 
 
513 aa  252  9.000000000000001e-66  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  31.89 
 
 
518 aa  246  4.9999999999999997e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  31.05 
 
 
526 aa  241  2e-62  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.12 
 
 
465 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  31.55 
 
 
526 aa  241  2.9999999999999997e-62  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.73 
 
 
526 aa  239  6.999999999999999e-62  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2135  periplasmic (NiFeSe) hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing  32.02 
 
 
488 aa  231  3e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.67 
 
 
517 aa  230  4e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.64 
 
 
488 aa  220  5e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.43 
 
 
514 aa  219  6e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.52 
 
 
566 aa  219  7.999999999999999e-56  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.95 
 
 
546 aa  216  8e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.1 
 
 
570 aa  213  3.9999999999999995e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1733  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.75 
 
 
549 aa  214  3.9999999999999995e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.75 
 
 
570 aa  212  1e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.72 
 
 
488 aa  210  4e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1846  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  28.9 
 
 
591 aa  209  1e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3756  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 2  29.11 
 
 
554 aa  209  1e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2915  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.96 
 
 
571 aa  208  2e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.289083 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.45 
 
 
560 aa  207  3e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0718  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.62 
 
 
549 aa  207  3e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.338951 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0766  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.34 
 
 
569 aa  205  2e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.79 
 
 
569 aa  204  3e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.49 
 
 
566 aa  203  6e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12910  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  29.57 
 
 
545 aa  202  9.999999999999999e-51  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.343906  normal  0.388227 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.43 
 
 
571 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1840  methanophenazine-reducing hydrogenase, large subunit  28.47 
 
 
596 aa  200  6e-50  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0613857  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4240  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.54 
 
 
563 aa  199  1.0000000000000001e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  29.98 
 
 
568 aa  197  3e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2037  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.37 
 
 
568 aa  197  4.0000000000000005e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2098  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, large subunit  29.04 
 
 
567 aa  196  7e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.34 
 
 
560 aa  196  1e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2156  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.87 
 
 
567 aa  194  4e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.352792  normal  0.370314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1879  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.87 
 
 
567 aa  194  4e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1821  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.87 
 
 
567 aa  193  5e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.545248  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.24 
 
 
566 aa  192  8e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  28.7 
 
 
567 aa  191  2e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2089  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.7 
 
 
567 aa  191  4e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.68 
 
 
558 aa  190  5e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1764  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.4 
 
 
568 aa  190  5.999999999999999e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.29 
 
 
566 aa  189  1e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2032  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.47 
 
 
567 aa  189  1e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0709763  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.04 
 
 
564 aa  188  2e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.13 
 
 
567 aa  187  3e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.022032 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.98 
 
 
572 aa  187  4e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.23 
 
 
573 aa  187  5e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3136  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.27 
 
 
559 aa  186  7e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.32 
 
 
572 aa  186  8e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  28.27 
 
 
559 aa  186  9e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2104  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  28.12 
 
 
567 aa  186  9e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1105  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.1 
 
 
584 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.49 
 
 
567 aa  183  6e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.62 
 
 
559 aa  183  7e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03860  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.83 
 
 
470 aa  183  7e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0862  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase large chain  27.27 
 
 
573 aa  182  1e-44  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1375  Ni-Fe hydrogenase large chain  27.87 
 
 
596 aa  181  2.9999999999999997e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0200361  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0179  uptake hydrogenase large subunit  28.93 
 
 
570 aa  181  2.9999999999999997e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.07 
 
 
572 aa  181  2.9999999999999997e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.03 
 
 
566 aa  177  3e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1402  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase, large subunit  27.44 
 
 
571 aa  176  9.999999999999999e-43  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>