More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_3860 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_3860  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.722283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2546  LysR family transcriptional regulator  43.6 
 
 		 298 aa  219  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.715041  normal  0.706169 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2111  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 298 aa  172  5e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2182  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3014  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2041  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 296 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3464  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 309 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.26806  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3109  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 309 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.1017  normal  0.129161 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2142  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4972  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 306 aa  149  4e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.884957  normal  0.156049 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2069  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 309 aa  148  9e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.156662 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2416  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.312815 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1436  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 313 aa  140  3.9999999999999997e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.636393 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2619  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 297 aa  139  4.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2094  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 329 aa  139  6e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1935  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 307 aa  139  6e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0403569 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0199  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.493239 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4408  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 344 aa  136  5e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.830984  normal  0.0872893 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1544  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 300 aa  136  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0067  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 301 aa  136  6.0000000000000005e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0699  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 317 aa  135  6.0000000000000005e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0791561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6547  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.94219  normal  0.418859 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6063  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5699  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2197  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 312 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.567497  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2078  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.89 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3662  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.89 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1589  DNA-binding transcriptional regulator LysR  32.56 
 
 		 311 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963842  normal  0.282156 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2590  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 338 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614241  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0119  transcriptional regulator, LysR family  27.56 
 
 		 316 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2847  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 317 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.310868  normal  0.325567 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1898  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 322 aa  132  9e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113483  normal  0.573852 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5993  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.248146 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2342  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 312 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5998  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1998  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 299 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.499289 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5821  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.430138  normal  0.815813 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4432  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 323 aa  130  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4752  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.222249  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0496  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 315 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7048  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 320 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.617294 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2988  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.68 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0261246 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5703  transcriptional regulator, LysR family  30.45 
 
 		 295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.351778 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2701  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.992427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6146  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.69148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3022  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.68 
 
 		 311 aa  126  5e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02687  DNA-binding transcriptional dual regulator  27.68 
 
 		 311 aa  125  9e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6120  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 313 aa  125  9e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.387063 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02648  hypothetical protein  27.68 
 
 		 311 aa  125  9e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0876  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.68 
 
 		 311 aa  125  9e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2986  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.68 
 
 		 311 aa  125  9e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0851  transcriptional regulator, LysR family  27.34 
 
 		 311 aa  125  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3161  DNA-binding transcriptional regulator LysR  27.34 
 
 		 311 aa  125  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000034  transcriptional regulator LysR family protein  28.57 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000511263  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8309  transcriptional regulator LysR family  31.93 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4109  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.99 
 
 		 311 aa  124  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000450007 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0354  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5518  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 300 aa  123  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.192387  normal  0.294784 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5825  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2704  Transcriptional regulator  29 
 
 		 304 aa  123  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321039  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5108  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 300 aa  123  5e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00133603 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3285  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.83 
 
 		 307 aa  122  8e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3435  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67170  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 318 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.161893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8322  transcriptional regulator LysR family  29.77 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.489992  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4421  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 304 aa  119  7.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.655491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8014  transcriptional regulator, LysR family  30.91 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.865808  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4411  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.753366  normal  0.429795 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4707  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0240771 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1384  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.684256  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7088  DNA-binding transcriptional regulator LysR  28.57 
 
 		 309 aa  117  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4167  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3713  transcriptional regulator, LysR family  32.45 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0343753 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0752  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.01 
 
 		 306 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0319733  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0848  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 302 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0228944  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3245  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.71 
 
 		 311 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000462598 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3164  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.71 
 
 		 311 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3346  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.71 
 
 		 311 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0358858 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3230  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.71 
 
 		 311 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000332914 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5291  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 303 aa  116  6e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0732  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.69 
 
 		 309 aa  116  6e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4442  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 334 aa  116  6e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0413506  normal  0.600336 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6637  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 		 301 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.252067 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2788  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 292 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2760  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.436538 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0212  transcriptional activator LysR  27.43 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3821  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.19 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.503579  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1407  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 344 aa  114  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0833584 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4395  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.322468  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6343  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5454  transcriptional regulator, LysR family  31 
 
 		 305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.803003  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3634  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.246418 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2357  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 321 aa  112  5e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0418601  normal  0.167767 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6292  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 303 aa  112  6e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2435  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 306 aa  112  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.736044 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3182  DNA-binding transcriptional regulator LysR  26.03 
 
 		 311 aa  112  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2808  transcriptional regulator, LysR family  28.22 
 
 		 316 aa  112  9e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.464629  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2536  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.47 
 
 		 329 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.941748  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4343  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 301 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4203  LysR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>