More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_0119 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_0119  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 334 aa  638    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.625019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1146  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 329 aa  186  4e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.720199 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2099  LysR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 324 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000451168  normal  0.223668 
 
 
-
 
NC_004310  BR1951  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 327 aa  179  8e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4699  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 320 aa  176  7e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0481  transcriptional regulator, LysR family  37.1 
 
 		 331 aa  175  9e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0399  transcriptional regulator, LysR family  37.1 
 
 		 331 aa  174  9.999999999999999e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2906  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 333 aa  164  3e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0113134 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0160  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 343 aa  163  5.0000000000000005e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0559  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 352 aa  153  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0351204  normal  0.326115 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7793  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 328 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4684  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 353 aa  152  5.9999999999999996e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0676  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 321 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0955164 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3698  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 320 aa  113  5e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.799138 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2229  putative transcriptional regulator  28.92 
 
 		 314 aa  108  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 301 aa  102  1e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  32.56 
 
 		 288 aa  98.6  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 306 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 297 aa  92.4  9e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 301 aa  89.4  8e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  31.13 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 295 aa  86.7  5e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.67 
 
 		 290 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 287 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 287 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 287 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  27.88 
 
 		 290 aa  84.3  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  28.68 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 286 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 303 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 289 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 291 aa  80.1  0.00000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  30.39 
 
 		 291 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 292 aa  79.7  0.00000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 291 aa  79.3  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 294 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 316 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  30.23 
 
 		 304 aa  77.8  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 321 aa  78.2  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0617  transcriptional regulator, LysR family  32.94 
 
 		 306 aa  78.6  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 290 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 305 aa  77.4  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  29.05 
 
 		 293 aa  76.3  0.0000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 300 aa  76.3  0.0000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 288 aa  75.9  0.0000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 292 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2285  LysR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 309 aa  75.1  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4593  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 291 aa  75.1  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.314026  normal  0.0384972 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5471  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 302 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390315  normal  0.0214131 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3347  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 		 308 aa  73.9  0.000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0221177  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 304 aa  73.9  0.000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 295 aa  73.9  0.000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3147  LysR, substrate-binding  29.32 
 
 		 290 aa  73.9  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.873813  normal  0.524387 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3997  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 308 aa  73.9  0.000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.494365 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0027  transcriptional regulatory protein  28.8 
 
 		 312 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000739069  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3859  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 312 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.000387155  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0247  transcriptional regulator, LysR family  26.61 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3798  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 312 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000000255369  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3501  transcriptional regulator, LysR family  23.88 
 
 		 283 aa  73.2  0.000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2570  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 295 aa  73.2  0.000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.271517 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1309  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 303 aa  73.2  0.000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  27.94 
 
 		 293 aa  73.2  0.000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0815  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 288 aa  72.8  0.000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2197  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 312 aa  72.8  0.000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.567497  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 288 aa  72  0.00000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 299 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  27.89 
 
 		 300 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  28.21 
 
 		 294 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 292 aa  72.4  0.00000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  27.38 
 
 		 300 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  29.35 
 
 		 311 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 288 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 288 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 288 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2958  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 324 aa  71.2  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.835393 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 288 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  25.4 
 
 		 288 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6389  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 291 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0907959  normal  0.0995777 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4647  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 302 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.71207 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5097  transcriptional regulator, LysR family  26.21 
 
 		 288 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 288 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 386 aa  70.9  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3114  transcriptional regulator, LysR family  26.55 
 
 		 304 aa  70.5  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  32.4 
 
 		 330 aa  70.9  0.00000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0361  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 322 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353114  normal  0.67829 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 294 aa  70.5  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5176  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 302 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55626  normal  0.248949 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0582  transcriptional regulator, LysR family  31.92 
 
 		 312 aa  70.9  0.00000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0048  transcriptional regulator  21.82 
 
 		 308 aa  70.5  0.00000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  28.36 
 
 		 294 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 303 aa  69.7  0.00000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>