More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0776 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0776  integrase family protein  100 
 
 		 333 aa  678    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000202923 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0769  integrase family protein  52.55 
 
 		 326 aa  338  9.999999999999999e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000875329 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7459  integrase family protein  40.94 
 
 		 318 aa  249  3e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.202368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0371  integrase family protein  41.85 
 
 		 310 aa  218  1e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.366696  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3506  phage integrase family protein  41.82 
 
 		 313 aa  213  4.9999999999999996e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.524614  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3265  phage integrase family protein  41.46 
 
 		 313 aa  211  2e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4898  integrase family protein  38.82 
 
 		 316 aa  210  3e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6201  phage integrase family protein  41.32 
 
 		 307 aa  205  7e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0422  integrase family protein  41.72 
 
 		 316 aa  204  1e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2007  integrase family protein  40.5 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.16033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5349  integrase family protein  40.5 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.447665 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2229  integrase family protein  40.5 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.73098 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5407  phage integrase family protein  38.58 
 
 		 312 aa  195  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.114789 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1272  phage integrase  37.18 
 
 		 315 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0100836 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5938  phage integrase family protein  38.79 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1216  integrase family protein  39.46 
 
 		 330 aa  167  2e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4386  integrase family protein  39.46 
 
 		 330 aa  167  2e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2983  integrase family protein  39.46 
 
 		 330 aa  167  2e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4358  integrase family protein  39.46 
 
 		 330 aa  167  2e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.922527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2282  integrase family protein  36.33 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8115  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.3 
 
 		 312 aa  157  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00832586  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0601  phage integrase family protein  34.64 
 
 		 332 aa  155  7e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6462  phage integrase family protein  35.56 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.893515 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0712  phage integrase  37.9 
 
 		 311 aa  139  4.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2398  site-specific recombinase, phage integrase family  31.69 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0327  integrase family protein  31.69 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0873412 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0834  site-specific recombinase, phage integrase family  31.69 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0668  integrase family protein  31.69 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0508  site-specific recombinase, phage integrase family  31.69 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.181544  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2030  integrase family protein  31.69 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4005  integrase family protein  33.66 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3697  integrase family protein  33.66 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0439  phage integrase  31.48 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1240  phage integrase  33.03 
 
 		 330 aa  122  7e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.173806 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7594  integrase family protein  31.42 
 
 		 309 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6954  integrase family protein  35.66 
 
 		 325 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7621  integrase family protein  30.37 
 
 		 325 aa  113  5e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0244  integrase family protein  34.95 
 
 		 449 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4019  phage integrase family protein  28.53 
 
 		 322 aa  108  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8260  integrase/recombinase  30.72 
 
 		 325 aa  100  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.164193  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0739  site-specific recombinase XerD-like protein  27.72 
 
 		 321 aa  99  9e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2242  integrase family protein  24.01 
 
 		 324 aa  87.4  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.435795  hitchhiker  0.000783825 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1435  integrase family protein  26.18 
 
 		 323 aa  83.6  0.000000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0031  Integrase  28.91 
 
 		 321 aa  82  0.00000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.293171  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0311  Integrase  28.91 
 
 		 321 aa  82  0.00000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.018395  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1805  Integrase  28.91 
 
 		 321 aa  82  0.00000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.871906  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1334  Integrase  28.91 
 
 		 321 aa  81.3  0.00000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.93106  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1191  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.58 
 
 		 313 aa  78.6  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.60628  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3693  integrase family protein  28.09 
 
 		 321 aa  79  0.0000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0177  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.56 
 
 		 323 aa  73.6  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0452  tyrosine recombinase XerC subunit  30.29 
 
 		 335 aa  72  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.577676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1412  integrase family protein  28.42 
 
 		 323 aa  70.5  0.00000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.157207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  26.27 
 
 		 290 aa  70.5  0.00000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  32.68 
 
 		 304 aa  70.5  0.00000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0478  integrase family protein  30.43 
 
 		 312 aa  67  0.0000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4805  tyrosine recombinase XerC  33.75 
 
 		 367 aa  66.2  0.0000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.104736  normal  0.146847 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2640  hypothetical protein  38.94 
 
 		 240 aa  65.9  0.0000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00286282  hitchhiker  0.00560989 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0271  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.91 
 
 		 351 aa  65.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28022  normal  0.462537 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0553  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.25 
 
 		 329 aa  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.172687  normal  0.167276 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1428  phage integrase  29.46 
 
 		 317 aa  65.1  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.473602  normal  0.0585003 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  26.96 
 
 		 296 aa  65.5  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1347  tyrosine recombinase XerD  29.57 
 
 		 306 aa  63.5  0.000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.816733  normal  0.74121 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1225  integrase family protein  27.59 
 
 		 301 aa  63.2  0.000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.103765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2933  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.23 
 
 		 313 aa  63.5  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0370  phage integrase family protein  29.59 
 
 		 304 aa  63.5  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1001  integrase family protein  26.43 
 
 		 333 aa  63.2  0.000000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  27.3 
 
 		 298 aa  62.8  0.000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4114  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.49 
 
 		 322 aa  62.8  0.000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0978  phage integrase family protein  26.35 
 
 		 283 aa  62.8  0.000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3700  integrase family protein  30.1 
 
 		 295 aa  62.8  0.000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1177  integrase family protein  29 
 
 		 329 aa  62.4  0.000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.151473 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1316  integrase/recombinase  25.23 
 
 		 306 aa  62.8  0.000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.718184  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  28.7 
 
 		 295 aa  62.8  0.000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4655  tyrosine recombinase XerC  32.5 
 
 		 365 aa  62.8  0.000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.223284 
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  23.88 
 
 		 302 aa  62  0.00000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1554  integrase family protein  30.95 
 
 		 339 aa  62.4  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.86595  decreased coverage  0.00111318 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_5002  hypothtical protein  29.28 
 
 		 308 aa  62  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0748381  hitchhiker  0.0000000255834 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4288  tyrosine recombinase XerC  32.5 
 
 		 365 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.710874 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1468  phage integrase family protein  28.82 
 
 		 304 aa  61.6  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1762  phage/XerD family site-specific recombinase  25.39 
 
 		 338 aa  62  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1220  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.03 
 
 		 330 aa  61.2  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1687  tyrosine recombinase XerD subunit  26.95 
 
 		 314 aa  61.6  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1639  integrase family protein  25.86 
 
 		 301 aa  61.6  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0514216  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3066  integrase family protein  30 
 
 		 390 aa  61.6  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0221886  normal  0.652565 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1222  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.72 
 
 		 306 aa  61.6  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.120622 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1383  integrase family protein  28.83 
 
 		 307 aa  61.6  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  25.3 
 
 		 302 aa  60.8  0.00000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  29.58 
 
 		 319 aa  60.8  0.00000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1934  phage integrase family protein  25.91 
 
 		 297 aa  60.8  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  25 
 
 		 302 aa  60.8  0.00000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  29.39 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1205  integrase/recombinase XerD  28.45 
 
 		 274 aa  60.5  0.00000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1312  tyrosine recombinase XerC  24.58 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.199373  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0180  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.54 
 
 		 324 aa  60.5  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1337  tyrosine recombinase XerC  24.58 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0149085  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  27.8 
 
 		 321 aa  60.5  0.00000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0928  integrase family protein  28.87 
 
 		 326 aa  60.5  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.669409 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  27.8 
 
 		 320 aa  60.1  0.00000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  29.44 
 
 		 304 aa  59.3  0.00000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11080  phage integrase family protein  27.43 
 
 		 310 aa  59.7  0.00000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0105178  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>