More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_3466 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_3466  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 245 aa  482  1e-135  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.130911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3482  TetR family transcriptional regulator  48.83 
 
 		 248 aa  199  3e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0660414  normal  0.032442 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3340  TetR family transcriptional regulator  55.61 
 
 		 224 aa  192  3e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.841293 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5045  transcriptional regulator, TetR family  53.27 
 
 		 208 aa  186  4e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.301448 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3636  putative transcriptional regulator, TetR family  52.71 
 
 		 212 aa  177  1e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1981  TetR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 227 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0412771  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6001  transcriptional regulator, TetR family  37 
 
 		 224 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.903994  normal  0.20153 
 
 
-
 
NC_004310  BR1403  TetR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 241 aa  107  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1636  TetR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 226 aa  105  7e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.232227 
 
 
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NC_012858  Rleg_7149  transcriptional regulator, TetR family  36 
 
 		 224 aa  105  9e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0552  transcriptional regulator, TetR family  38.07 
 
 		 208 aa  101  1e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0548  transcriptional regulator, TetR family  37.56 
 
 		 208 aa  100  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1360  TetR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 270 aa  98.6  8e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.100226  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 212 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5077  transcriptional regulator, TetR family  36.32 
 
 		 212 aa  96.3  4e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1461  putative transcriptional regulator  33.67 
 
 		 212 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2309  transcriptional regulator, TetR family  38.07 
 
 		 204 aa  95.5  6e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.601552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0519  TetR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 220 aa  94.7  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8103  transcriptional regulator, TetR family  40.12 
 
 		 223 aa  91.3  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 211 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0570  TetR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 209 aa  89  7e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6537  transcriptional regulator, TetR family  34.15 
 
 		 230 aa  87.4  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.563628  normal  0.0265458 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1774  TetR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 231 aa  84  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.277997  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1276  transcriptional regulator, TetR family  32.51 
 
 		 214 aa  84.3  0.000000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.933053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6562  TetR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 210 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.67895  normal  0.0476005 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3185  TetR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 208 aa  82.4  0.000000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579993  normal  1 
 
 
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NC_010501  PputW619_4103  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 209 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012669  Bcav_3880  transcriptional regulator, TetR family  36.99 
 
 		 217 aa  82  0.000000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.133053 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1938  transcriptional regulator, TetR family  32.93 
 
 		 226 aa  82  0.000000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.165177  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1078  TetR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 211 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  35.05 
 
 		 222 aa  80.1  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1142  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 210 aa  80.5  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.282615  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  32.31 
 
 		 209 aa  79  0.00000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5925  transcriptional regulator, TetR family  32.82 
 
 		 211 aa  79  0.00000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 207 aa  78.2  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3341  transcriptional regulator, TetR family  31.86 
 
 		 226 aa  77.8  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0155  TetR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 222 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2443  transcriptional regulator, TetR family  29.74 
 
 		 237 aa  76.3  0.0000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0506357 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6768  transcriptional regulator, TetR family  36.53 
 
 		 221 aa  75.9  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2669  transcriptional regulator, TetR family  31.28 
 
 		 226 aa  75.5  0.0000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00411812  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3443  TetR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 212 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.61751 
 
 
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NC_003296  RS00902  transcription regulator protein  33.01 
 
 		 209 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.806346  normal  0.603909 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2442  transcriptional regulator, TetR family  34.73 
 
 		 218 aa  73.6  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.510523  normal  0.120027 
 
 
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NC_008043  TM1040_3451  TetR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 216 aa  74.3  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.6413 
 
 
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NC_009720  Xaut_1944  TetR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 234 aa  73.9  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.358022  decreased coverage  0.0015067 
 
 
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NC_010322  PputGB1_1119  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 213 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009719  Plav_0533  TetR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 208 aa  73.2  0.000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0518509 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2624  TetR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 214 aa  72.8  0.000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.373378  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 213 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 208 aa  72.4  0.000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
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NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 213 aa  72  0.000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4265  TetR/AcrR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 228 aa  71.6  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.752062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  30.43 
 
 		 230 aa  70.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
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NC_009049  Rsph17029_2507  TetR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 207 aa  70.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.881075  normal  0.842438 
 
 
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NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 236 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal  1 
 
 
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NC_007925  RPC_3598  TetR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 222 aa  70.1  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.822043 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6137  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 207 aa  69.3  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.150449  n/a   
 
 
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NC_011004  Rpal_2537  transcriptional regulator, TetR family  29.1 
 
 		 231 aa  69.3  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 228 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010717  PXO_02619  transcriptional regulator  30.15 
 
 		 217 aa  68.9  0.00000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0747  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 206 aa  68.6  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4471  transcriptional regulator, TetR family  32.21 
 
 		 220 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4103  regulatory protein TetR  32.21 
 
 		 220 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5065  TetR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 202 aa  67.8  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.174952  normal  0.51505 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4695  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 215 aa  67.8  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3113  TetR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 214 aa  66.2  0.0000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.527228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1019  TetR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 200 aa  66.6  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0929  TetR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 205 aa  66.2  0.0000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.99421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2634  TetR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 209 aa  65.9  0.0000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.001775  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  33.14 
 
 		 207 aa  65.9  0.0000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0120  transcription regulator protein  28.09 
 
 		 209 aa  65.9  0.0000000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0106  transcriptional regulator  31.58 
 
 		 207 aa  65.9  0.0000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1511  TetR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 225 aa  65.5  0.0000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5533  transcriptional regulator, TetR family  30.41 
 
 		 215 aa  65.1  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374337  normal  0.0421471 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2341  TetR family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 206 aa  64.7  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.554096 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2925  TetR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 259 aa  65.1  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2732  transcriptional regulator, TetR family  33.13 
 
 		 208 aa  65.1  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.498805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3994  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 225 aa  64.7  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4201  hypothetical protein  22.34 
 
 		 201 aa  63.9  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38900  transcriptional regulator, TetR family  48.28 
 
 		 226 aa  64.3  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.749862  normal  0.429215 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 210 aa  64.3  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013456  VEA_003358  transcriptional regulator  25.51 
 
 		 251 aa  64.3  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.433364  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1326  TetR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 205 aa  63.9  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.892925  n/a   
 
 
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NC_008751  Dvul_0496  TetR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 202 aa  63.9  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.250936 
 
 
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NC_011071  Smal_2606  transcriptional regulator, TetR family  28.16 
 
 		 218 aa  63.5  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.193859  normal  0.0512709 
 
 
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NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 213 aa  63.5  0.000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
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NC_007794  Saro_0532  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 424 aa  63.2  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008321  Shewmr4_1247  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 206 aa  63.5  0.000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012912  Dd1591_2113  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 207 aa  63.5  0.000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.918403  n/a   
 
 
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NC_011138  MADE_00486  transcriptional regulator, TetR family protein  27.05 
 
 		 224 aa  63.2  0.000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009767  Rcas_1767  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 209 aa  62.8  0.000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.271955  normal  1 
 
 
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NC_004347  SO_3277  TetR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 188 aa  62.4  0.000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_009380  Strop_0138  TetR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 218 aa  62  0.000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010551  BamMC406_1993  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 210 aa  62  0.000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209055  normal  0.134866 
 
 
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NC_008322  Shewmr7_1317  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 206 aa  62  0.000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.237455  normal  1 
 
 
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NC_013131  Caci_0166  transcriptional regulator, TetR family  39.71 
 
 		 221 aa  61.6  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0611363  normal  1 
 
 
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NC_008577  Shewana3_1297  TetR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 206 aa  61.6  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00583227  normal  1 
 
 
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NC_009720  Xaut_2329  TetR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 221 aa  61.6  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009427  Saro_3694  TetR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 222 aa  61.6  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010725  Mpop_4585  transcriptional regulator, TetR family  31.4 
 
 		 220 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.448621  normal  1 
 
 
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