More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_1120 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_1120  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 218 aa  444  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.595793 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 233 aa  81.6  0.000000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2247  GntR domain protein  32.84 
 
 		 242 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3340  regulatory protein GntR, HTH:GntR-like  39.6 
 
 		 254 aa  74.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0714467 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  30.38 
 
 		 239 aa  73.9  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1522  GntR domain-containing protein  29.22 
 
 		 245 aa  70.9  0.00000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0133617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1888  GntR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 257 aa  69.7  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.146862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3125  GntR domain-containing protein  32.28 
 
 		 248 aa  69.7  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.062959 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 252 aa  69.3  0.00000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4148  GntR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 246 aa  69.3  0.00000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1229  GntR domain-containing protein  27.73 
 
 		 249 aa  69.3  0.00000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1255  GntR domain-containing protein  27.27 
 
 		 234 aa  68.6  0.00000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0035  GntR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 233 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.840145  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 268 aa  67  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0753  GntR family transcriptional regulator  22.9 
 
 		 256 aa  66.6  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3532  GntR-like  31.19 
 
 		 244 aa  66.6  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6346  GntR domain-containing protein  28.05 
 
 		 233 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385639  normal  0.289379 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11478  transcriptional regulator, GntR family protein  26.03 
 
 		 233 aa  65.5  0.0000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6337  GntR domain-containing protein  27.52 
 
 		 226 aa  65.1  0.0000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.0092025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  27.46 
 
 		 243 aa  64.7  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1244  GntR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 231 aa  64.7  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  28.5 
 
 		 250 aa  64.3  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 238 aa  63.5  0.000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4074  GntR domain-containing protein  27.55 
 
 		 261 aa  63.9  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 262 aa  63.2  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  27.52 
 
 		 262 aa  62.8  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1298  GntR domain protein  28.35 
 
 		 242 aa  62  0.000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0878835  normal  0.515032 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 255 aa  62  0.000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  0.000000169252 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1994  GntR domain-containing protein  28.1 
 
 		 268 aa  62  0.000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.255259  normal  0.0993193 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 262 aa  62  0.000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 262 aa  62  0.000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1263  GntR domain protein  28.66 
 
 		 229 aa  61.6  0.000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1899  GntR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 241 aa  61.6  0.000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.671252  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5742  GntR domain protein  25.98 
 
 		 233 aa  61.6  0.000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.343946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 255 aa  61.6  0.000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  27.65 
 
 		 235 aa  61.2  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  29.49 
 
 		 230 aa  61.2  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4982  GntR domain protein  29.61 
 
 		 229 aa  61.2  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 255 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26860  GntR family regulatory protein  25.26 
 
 		 241 aa  61.2  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2075  GntR domain-containing protein  25.33 
 
 		 255 aa  60.8  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3580  GntR domain protein  28.8 
 
 		 240 aa  60.8  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.486373 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0978  transcriptional regulator, GntR family  30.37 
 
 		 234 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134109  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  29.78 
 
 		 272 aa  60.5  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 267 aa  60.8  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  28.33 
 
 		 222 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4197  GntR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 255 aa  60.5  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.675851  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5470  GntR domain protein  27.27 
 
 		 233 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1636  GntR domain-containing protein  28.36 
 
 		 266 aa  60.5  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000195276  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 255 aa  60.1  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3223  GntR domain protein  28.17 
 
 		 239 aa  59.7  0.00000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159971 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  28.5 
 
 		 258 aa  60.1  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5550  putative GntR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 240 aa  59.7  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1106  GntR domain-containing protein  29.41 
 
 		 251 aa  60.1  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4037  GntR domain protein  29.19 
 
 		 226 aa  60.1  0.00000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 268 aa  60.1  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 255 aa  60.1  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  23.94 
 
 		 245 aa  59.3  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  28.76 
 
 		 231 aa  59.3  0.00000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3543  GntR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 242 aa  58.9  0.00000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  22.94 
 
 		 238 aa  58.9  0.00000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03670  transcriptional regulator, GntR family  31.09 
 
 		 268 aa  58.9  0.00000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.99262 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1606  GntR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 233 aa  58.5  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.360023  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4063  GntR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 242 aa  58.5  0.00000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3676  GntR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 250 aa  58.5  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0260  GntR domain-containing protein  31.03 
 
 		 233 aa  58.5  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1760  GntR domain protein  28.65 
 
 		 277 aa  58.2  0.00000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2862  GntR domain protein  25.81 
 
 		 229 aa  58.2  0.00000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3340  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.11 
 
 		 240 aa  58.2  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.155868 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 242 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1359  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 240 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0317585 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03462  DNA-binding transcriptional repressor  29.3 
 
 		 258 aa  57  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0101  GntR domain protein  29.3 
 
 		 258 aa  57  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0104  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.3 
 
 		 258 aa  57  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4977  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.3 
 
 		 258 aa  57  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2639  transcriptional regulator, GntR family  32.03 
 
 		 228 aa  57  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.995505  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1289  GntR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 253 aa  57  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 251 aa  57  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0693  GntR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 218 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362471  normal  0.707531 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03413  hypothetical protein  29.3 
 
 		 258 aa  57  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3816  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.3 
 
 		 258 aa  57  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  28.11 
 
 		 214 aa  57  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  27.88 
 
 		 230 aa  57  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4108  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.3 
 
 		 258 aa  57  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  27.23 
 
 		 228 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5865  GntR domain-containing protein  28.71 
 
 		 230 aa  56.2  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.119327  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0459  GntR family transcriptional regulator  28 
 
 		 235 aa  56.2  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7371  transcriptional regulator NanR  25 
 
 		 260 aa  56.2  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0399  GntR family transcriptional regulator  28 
 
 		 235 aa  56.2  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.333354  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  27.45 
 
 		 227 aa  56.6  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.328409 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5224  GntR domain protein  25.67 
 
 		 244 aa  56.2  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  25.7 
 
 		 240 aa  56.6  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3401  GntR domain-containing protein  28.57 
 
 		 235 aa  55.8  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4030  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.3 
 
 		 258 aa  55.8  0.0000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 222 aa  56.2  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2978  GntR domain-containing protein  24.26 
 
 		 229 aa  56.2  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0763  GntR domain protein  26.5 
 
 		 239 aa  56.2  0.0000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3689  GntR domain-containing protein  27.93 
 
 		 247 aa  56.2  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.349225 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  23.86 
 
 		 241 aa  56.2  0.0000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 233 aa  55.8  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>