More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2299 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_2299  dihydrouridine synthase, DuS  100 
 
 
332 aa  666    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.755764 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2651  dihydrouridine synthase DuS  69.28 
 
 
383 aa  456  1e-127  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3089  dihydrouridine synthase family protein  62.76 
 
 
376 aa  421  1e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1780  dihydrouridine synthase DuS  53.45 
 
 
340 aa  327  2.0000000000000001e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.433236  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0483  dihydrouridine synthase DuS  45.59 
 
 
341 aa  284  2.0000000000000002e-75  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.322917 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.52 
 
 
326 aa  177  3e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  38.14 
 
 
347 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  40.51 
 
 
319 aa  162  9e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.33 
 
 
320 aa  160  3e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.23 
 
 
322 aa  160  3e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  30.86 
 
 
322 aa  160  4e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  37.77 
 
 
352 aa  159  5e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  32.44 
 
 
326 aa  159  7e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  34.36 
 
 
370 aa  159  9e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.67 
 
 
370 aa  156  5.0000000000000005e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  37.66 
 
 
333 aa  154  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.89 
 
 
325 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.12 
 
 
321 aa  152  7e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  33.22 
 
 
362 aa  152  7e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.54 
 
 
351 aa  151  1e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0199  dihydrouridine synthase DuS  36.33 
 
 
362 aa  150  2e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  38.56 
 
 
332 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  38.56 
 
 
332 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  30.19 
 
 
326 aa  149  5e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  30.19 
 
 
326 aa  149  5e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  37.71 
 
 
324 aa  149  8e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1399  nifR3 family TIM-barrel protein  33.94 
 
 
356 aa  148  1.0000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.372686 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  36.63 
 
 
325 aa  147  3e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.91 
 
 
333 aa  147  3e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  34.66 
 
 
320 aa  146  5e-34  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.29 
 
 
324 aa  146  5e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2300  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.09 
 
 
351 aa  145  1e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0905985  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.19 
 
 
321 aa  145  1e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  31.37 
 
 
332 aa  144  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.4 
 
 
330 aa  144  2e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.91 
 
 
328 aa  144  2e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  31.44 
 
 
322 aa  144  3e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.21 
 
 
321 aa  143  3e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.69 
 
 
357 aa  143  5e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  27.95 
 
 
335 aa  143  5e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.18 
 
 
337 aa  142  6e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  33.61 
 
 
318 aa  142  6e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  35.17 
 
 
347 aa  142  8e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.93 
 
 
331 aa  142  8e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11870  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  33.04 
 
 
419 aa  142  9e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0673914  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.5 
 
 
351 aa  142  9e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  34.12 
 
 
379 aa  141  9.999999999999999e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.1 
 
 
381 aa  141  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.74 
 
 
393 aa  140  1.9999999999999998e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.78 
 
 
327 aa  140  1.9999999999999998e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.71 
 
 
332 aa  140  3e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.31 
 
 
335 aa  140  3e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.33 
 
 
355 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.1 
 
 
356 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  28.79 
 
 
335 aa  139  4.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.33 
 
 
355 aa  139  6e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.77 
 
 
321 aa  139  7.999999999999999e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  31.74 
 
 
338 aa  139  8.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3680  dihydrouridine synthase DuS  34.14 
 
 
322 aa  139  8.999999999999999e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.02 
 
 
343 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  31.34 
 
 
329 aa  139  8.999999999999999e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  36.69 
 
 
356 aa  138  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  36.28 
 
 
341 aa  138  1e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  30.65 
 
 
343 aa  138  1e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.4 
 
 
346 aa  138  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  27.78 
 
 
335 aa  138  1e-31  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.32 
 
 
337 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  38.39 
 
 
333 aa  138  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.37 
 
 
327 aa  137  2e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  32.13 
 
 
354 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0389  dihydrouridine synthase family protein  33.45 
 
 
378 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  31.39 
 
 
332 aa  137  3.0000000000000003e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.61 
 
 
327 aa  137  3.0000000000000003e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.58 
 
 
337 aa  136  4e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.52 
 
 
317 aa  136  4e-31  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.73 
 
 
352 aa  136  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  31.9 
 
 
321 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3537  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.11 
 
 
396 aa  136  6.0000000000000005e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  29.87 
 
 
330 aa  135  7.000000000000001e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  32.78 
 
 
322 aa  135  7.000000000000001e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  31.33 
 
 
333 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  36.14 
 
 
357 aa  135  8e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  38.3 
 
 
332 aa  135  9e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  36.14 
 
 
355 aa  135  9e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3919  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.55 
 
 
394 aa  135  9.999999999999999e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  35.29 
 
 
317 aa  135  9.999999999999999e-31  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.32 
 
 
343 aa  135  9.999999999999999e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  32.26 
 
 
327 aa  135  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  37.45 
 
 
349 aa  135  9.999999999999999e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1517  NifR3 family TIM-barrel protein  29.25 
 
 
350 aa  135  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0632964 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.32 
 
 
330 aa  134  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10838  transcriptional regulator  33.89 
 
 
389 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000011847  hitchhiker  0.0000346308 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07710  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  39.47 
 
 
331 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.829113 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  38.39 
 
 
332 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  37.95 
 
 
332 aa  133  3e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.95 
 
 
332 aa  133  3e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.43 
 
 
355 aa  133  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.04 
 
 
353 aa  134  3e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.44 
 
 
332 aa  134  3e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.95 
 
 
332 aa  133  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>