More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0340 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_0340  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
239 aa  471  1e-132  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.240035 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1402  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  70.04 
 
 
249 aa  330  1e-89  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1997  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  56.96 
 
 
238 aa  288  5.0000000000000004e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.650979  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1169  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.56 
 
 
252 aa  234  9e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.979878  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1562  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.36 
 
 
244 aa  221  8e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.297066 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0661  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.04 
 
 
244 aa  189  4e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2190  protein of unknown function DUF558  35.06 
 
 
256 aa  96.7  3e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2234  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.38 
 
 
258 aa  91.3  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2013  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.83 
 
 
245 aa  90.9  2e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.551557 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  32.78 
 
 
246 aa  90.5  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0201  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.71 
 
 
247 aa  89.7  4e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1573  protein of unknown function DUF558  31.76 
 
 
259 aa  88.2  9e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.475919  normal  0.0145737 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2960  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.18 
 
 
248 aa  87.8  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000379617  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4594  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.16 
 
 
235 aa  85.9  5e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.246782  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  32.37 
 
 
249 aa  85.9  5e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  30.98 
 
 
245 aa  85.5  6e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2703  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.49 
 
 
251 aa  85.5  6e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.553721 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2764  protein of unknown function DUF558  33.48 
 
 
252 aa  85.1  8e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.162938  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1597  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.38 
 
 
234 aa  84.7  0.000000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.269441  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0090  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.71 
 
 
250 aa  84  0.000000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13450  conserved hypothetical protein TIGR00046  32.62 
 
 
257 aa  83.6  0.000000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.959245  normal  0.237333 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0866  RNA methyltransferase, RsmE family  26.88 
 
 
265 aa  82.8  0.000000000000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1905  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.05 
 
 
246 aa  83.2  0.000000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.208469  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  28.51 
 
 
251 aa  82.4  0.000000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0227  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.83 
 
 
247 aa  82.4  0.000000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17280  conserved hypothetical protein TIGR00046  32.35 
 
 
262 aa  82.4  0.000000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.69 
 
 
263 aa  82.4  0.000000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1971  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.28 
 
 
257 aa  82.4  0.000000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000062031 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.12 
 
 
244 aa  82.4  0.000000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00075899 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3161  protein of unknown function DUF558  32.92 
 
 
249 aa  82  0.000000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0757532  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.73 
 
 
248 aa  82  0.000000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4065  protein of unknown function DUF558  27.66 
 
 
234 aa  82  0.000000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1352  protein of unknown function DUF558  29.46 
 
 
239 aa  81.3  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.13252  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3458  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.91 
 
 
248 aa  80.9  0.00000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.40759  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3521  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.91 
 
 
248 aa  80.9  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.270155 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3835  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.02 
 
 
246 aa  80.5  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.15 
 
 
241 aa  80.1  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.49 
 
 
244 aa  80.1  0.00000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3469  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.19 
 
 
248 aa  79.3  0.00000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00733732 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3251  protein of unknown function DUF558  34.1 
 
 
244 aa  79.7  0.00000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.131486  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0247  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.75 
 
 
240 aa  79.3  0.00000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.148044  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  30.21 
 
 
251 aa  78.6  0.00000000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.8 
 
 
239 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  25.9 
 
 
248 aa  78.6  0.00000000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.98 
 
 
246 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1243  protein of unknown function DUF558  31.98 
 
 
244 aa  78.2  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.291917  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  25.83 
 
 
247 aa  78.2  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.64 
 
 
249 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.35 
 
 
246 aa  77  0.0000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.110015  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0840  hypothetical protein  32.14 
 
 
248 aa  76.6  0.0000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.240115  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0173  protein of unknown function DUF558  25.91 
 
 
236 aa  76.6  0.0000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3454  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.54 
 
 
244 aa  76.6  0.0000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.118235 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.36 
 
 
226 aa  76.3  0.0000000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1403  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.7 
 
 
222 aa  76.3  0.0000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.295774  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1645  protein of unknown function DUF558  33.8 
 
 
255 aa  75.9  0.0000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.97 
 
 
245 aa  75.5  0.0000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0226  hypothetical protein  29.22 
 
 
253 aa  75.5  0.0000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1449  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.15 
 
 
222 aa  75.5  0.0000000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.110046  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.12 
 
 
250 aa  75.5  0.0000000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  30.25 
 
 
239 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7237  protein of unknown function DUF558  29.07 
 
 
234 aa  74.7  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.8 
 
 
246 aa  74.7  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0598  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.8 
 
 
265 aa  73.9  0.000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.70785  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0097  protein of unknown function DUF558  31.47 
 
 
250 aa  74.3  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.4 
 
 
244 aa  73.9  0.000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3975  protein of unknown function DUF558  30.4 
 
 
251 aa  73.9  0.000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0248  protein of unknown function DUF558  29.17 
 
 
253 aa  73.6  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.32 
 
 
240 aa  73.9  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.58191  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  31.39 
 
 
244 aa  73.9  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.39 
 
 
239 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0703  protein of unknown function DUF558  32.78 
 
 
245 aa  73.2  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.54 
 
 
239 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.32 
 
 
240 aa  73.2  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0317407  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1295  hypothetical protein  26.48 
 
 
230 aa  73.2  0.000000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.15 
 
 
239 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2601  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.84 
 
 
251 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00264444 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2983  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.4 
 
 
247 aa  72.8  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0240  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.92 
 
 
246 aa  72  0.000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000270837  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2208  protein of unknown function DUF558  33.04 
 
 
252 aa  72  0.000000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.332319  hitchhiker  0.00486279 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  30.41 
 
 
242 aa  72.4  0.000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.24 
 
 
257 aa  72  0.000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.02 
 
 
246 aa  71.6  0.000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1997  protein of unknown function DUF558  34.5 
 
 
232 aa  71.2  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1548  protein of unknown function DUF558  28.69 
 
 
257 aa  71.2  0.00000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.43 
 
 
251 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  24.08 
 
 
249 aa  71.2  0.00000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.94 
 
 
250 aa  71.6  0.00000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.22 
 
 
247 aa  71.2  0.00000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0200  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.78 
 
 
245 aa  70.9  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07670  conserved hypothetical protein TIGR00046  28.4 
 
 
260 aa  70.9  0.00000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.437211 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.67 
 
 
240 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2275  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.56 
 
 
249 aa  70.5  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.05 
 
 
240 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1088  protein of unknown function DUF558  27.93 
 
 
233 aa  70.5  0.00000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1968  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.83 
 
 
246 aa  69.7  0.00000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  30.21 
 
 
242 aa  69.7  0.00000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.05 
 
 
244 aa  69.3  0.00000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  27.05 
 
 
246 aa  69.3  0.00000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  31.62 
 
 
244 aa  69.3  0.00000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  29.69 
 
 
249 aa  69.3  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>