More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_1716 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
218 aa  438  9.999999999999999e-123  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2302  ribulose-phosphate 3-epimerase  66.51 
 
 
231 aa  304  5.0000000000000004e-82  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.492163  hitchhiker  0.000182482 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.79 
 
 
214 aa  295  4e-79  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.32 
 
 
214 aa  295  5e-79  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.32 
 
 
214 aa  294  7e-79  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.32 
 
 
214 aa  294  9e-79  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.32 
 
 
214 aa  294  9e-79  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.32 
 
 
214 aa  294  9e-79  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.32 
 
 
214 aa  294  9e-79  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.32 
 
 
214 aa  294  9e-79  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.32 
 
 
214 aa  294  9e-79  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  64.32 
 
 
221 aa  293  1e-78  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.85 
 
 
214 aa  293  2e-78  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  63.38 
 
 
214 aa  289  2e-77  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3842  Ribulose-phosphate 3-epimerase  63.89 
 
 
224 aa  288  5.0000000000000004e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0107323  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1586  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.04 
 
 
219 aa  279  3e-74  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.134483  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0604  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.79 
 
 
247 aa  277  8e-74  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000939667  normal  0.65152 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1309  ribulose-phosphate 3-epimerase  62.15 
 
 
215 aa  276  2e-73  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.763619  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.26 
 
 
218 aa  276  2e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0576  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  58.69 
 
 
220 aa  270  2e-71  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.885825  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2606  ribulose-phosphate 3-epimerase  61.57 
 
 
236 aa  268  2.9999999999999997e-71  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.203389 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0240  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.02 
 
 
221 aa  268  5.9999999999999995e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1646  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.65 
 
 
234 aa  267  1e-70  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5270  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.8 
 
 
235 aa  266  1e-70  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.12238 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1619  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.65 
 
 
234 aa  267  1e-70  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.48 
 
 
221 aa  265  5e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.48 
 
 
221 aa  265  5e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4675  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.33 
 
 
235 aa  262  2e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1747  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.48 
 
 
216 aa  262  2e-69  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000490404  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1252  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.75 
 
 
227 aa  261  4.999999999999999e-69  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1996  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.35 
 
 
238 aa  261  6e-69  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3229  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.8 
 
 
235 aa  261  6e-69  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.247025  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3971  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  59.53 
 
 
224 aa  260  1e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0517248  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16821  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.02 
 
 
264 aa  256  1e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3613  Ribulose-phosphate 3-epimerase  60.75 
 
 
221 aa  255  3e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1230  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.6 
 
 
221 aa  253  1.0000000000000001e-66  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.942402  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0067  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  58.33 
 
 
221 aa  253  2.0000000000000002e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0194  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.41 
 
 
221 aa  252  2.0000000000000002e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000208894  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0287  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.35 
 
 
232 aa  252  3e-66  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09961  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.08 
 
 
221 aa  251  5.000000000000001e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.469289  normal  0.317171 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0491  Ribulose-phosphate 3-epimerase  54.93 
 
 
221 aa  251  6e-66  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2484  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.5 
 
 
220 aa  250  1e-65  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1537  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.17 
 
 
222 aa  250  1e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4115  Ribulose-phosphate 3-epimerase  60 
 
 
224 aa  249  3e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0155127  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4082  Ribulose-phosphate 3-epimerase  60 
 
 
224 aa  249  3e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.349999  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1509  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  57.49 
 
 
218 aa  248  6e-65  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00871161  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2229  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.8 
 
 
219 aa  248  7e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.561803  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3374  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.94 
 
 
221 aa  247  8e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0914  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  57.08 
 
 
223 aa  247  1e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000393455  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1739  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.53 
 
 
227 aa  247  1e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3128  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.92 
 
 
223 aa  246  2e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3241  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.41 
 
 
221 aa  246  2e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0447  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.46 
 
 
230 aa  245  4e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.423262  normal  0.174808 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4780  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.61 
 
 
221 aa  244  4.9999999999999997e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.833549 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0022  ribulose-phosphate 3-epimerase  57 
 
 
223 aa  245  4.9999999999999997e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09980  Ribulose-phosphate 3-epimerase  53.74 
 
 
217 aa  244  8e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0536  Ribulose-phosphate 3-epimerase  52.11 
 
 
221 aa  243  9.999999999999999e-64  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2848  Ribulose-phosphate 3-epimerase  54.21 
 
 
220 aa  243  1.9999999999999999e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.19951  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3247  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.21 
 
 
220 aa  243  1.9999999999999999e-63  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1957  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.85 
 
 
225 aa  243  1.9999999999999999e-63  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.163102 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1223  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.05 
 
 
218 aa  243  1.9999999999999999e-63  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.797627  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1941  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  54.21 
 
 
220 aa  243  1.9999999999999999e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2125  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.42 
 
 
225 aa  242  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00642843 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1858  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.01 
 
 
230 aa  241  3.9999999999999997e-63  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0651  Ribulose-phosphate 3-epimerase  55.24 
 
 
221 aa  241  5e-63  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2590  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.29 
 
 
234 aa  241  5e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0691249  normal  0.0209735 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32100  predicted protein  53.7 
 
 
265 aa  241  5e-63  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0416889  normal  0.0231462 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1918  Ribulose-phosphate 3-epimerase  55.96 
 
 
225 aa  240  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.301545  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0469  Ribulose-phosphate 3-epimerase  53.52 
 
 
221 aa  240  1e-62  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0954  Ribulose-phosphate 3-epimerase  55.5 
 
 
227 aa  240  2e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.516916  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2632  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  56.06 
 
 
217 aa  239  2e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2402  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  53.02 
 
 
228 aa  239  2e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1951  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.56 
 
 
229 aa  239  2.9999999999999997e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0532  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  53.52 
 
 
221 aa  239  2.9999999999999997e-62  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.266071  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0104  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  54.07 
 
 
219 aa  238  5e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0454  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  54.26 
 
 
243 aa  238  6.999999999999999e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0801863 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1489  ribulose-phosphate 3-epimerase  60.3 
 
 
226 aa  238  8e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0453865 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2051  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.88 
 
 
224 aa  237  1e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.623176  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0850  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.3 
 
 
225 aa  236  2e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2395  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.05 
 
 
221 aa  236  2e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0842  ribulose-phosphate 3-epimerase  59.3 
 
 
225 aa  236  3e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.804917  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0856  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.94 
 
 
230 aa  235  3e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0271981  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2620  ribulose-phosphate 3-epimerase  56.85 
 
 
233 aa  235  4e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.498011  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2376  ribulose-phosphate 3-epimerase  58.79 
 
 
225 aa  235  5.0000000000000005e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1167  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  55.02 
 
 
217 aa  235  5.0000000000000005e-61  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000257786  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5429  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.81 
 
 
227 aa  235  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0790  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  59.3 
 
 
226 aa  234  6e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0049  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  50.23 
 
 
222 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1047  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.83 
 
 
221 aa  233  2.0000000000000002e-60  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000178019  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3710  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  57.29 
 
 
226 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0845805 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2195  ribulose-phosphate 3-epimerase  54.04 
 
 
216 aa  233  2.0000000000000002e-60  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0714  ribulose-phosphate 3-epimerase  52.02 
 
 
222 aa  232  3e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.23803  normal  0.485653 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1322  ribulose-phosphate 3-epimerase  55.76 
 
 
220 aa  232  4.0000000000000004e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.307834  hitchhiker  0.00000000745159 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0082  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.3 
 
 
228 aa  231  6e-60  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2925  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  59.9 
 
 
219 aa  231  9e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  53.73 
 
 
224 aa  231  9e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1024  ribulose-phosphate 3-epimerase  57.6 
 
 
225 aa  230  1e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5433  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
219 aa  230  1e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.591445  normal  0.901905 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1989  ribulose-phosphate 3-epimerase  53.24 
 
 
217 aa  230  1e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1319  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.93 
 
 
229 aa  229  2e-59  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>