More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0688 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0688  TonB-dependent receptor plug  100 
 
 		 1117 aa  2296    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.850484 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2514  PepSY-associated TM helix domain protein  49.63 
 
 		 437 aa  437  1e-121  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7063  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  50.79 
 
 		 410 aa  426  1e-117  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1453  TonB-dependent receptor  32.9 
 
 		 798 aa  409  1.0000000000000001e-112  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.545362  normal  0.722557 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4269  TonB-dependent receptor, plug  34.47 
 
 		 797 aa  389  1e-106  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1428  TonB-dependent receptor plug  34.14 
 
 		 791 aa  385  1e-105  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000022223  normal  0.0329458 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0259  TonB-linked outer membrane receptor  32.18 
 
 		 782 aa  380  1e-103  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3755  tonB-linked outer membrane receptor P92  31.57 
 
 		 799 aa  376  1e-102  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2516  TonB-dependent receptor plug  31.61 
 
 		 772 aa  338  3.9999999999999995e-91  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.839663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3315  TonB-dependent receptor, plug  31.16 
 
 		 781 aa  311  4e-83  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0621  TonB-dependent receptor plug  30.34 
 
 		 713 aa  308  3e-82  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5346  TonB-dependent receptor plug  30.76 
 
 		 763 aa  297  9e-79  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0257  sulfite reductase/membrane protein  42.12 
 
 		 391 aa  291  6e-77  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.748657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4071  TonB-dependent receptor  28.61 
 
 		 792 aa  288  5e-76  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1579  Propeptide PepSY amd peptidase M4  42.26 
 
 		 385 aa  286  1.0000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5756  Propeptide PepSY amd peptidase M4  41.76 
 
 		 388 aa  280  2e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2028  TonB family protein  28.93 
 
 		 960 aa  274  8.000000000000001e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.38309 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04095  putative TonB-linked outer membrane receptor  27.59 
 
 		 767 aa  268  5.999999999999999e-70  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.221249  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1669  TonB-dependent receptor plug  29.77 
 
 		 823 aa  263  2e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.306127 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4666  Propeptide PepSY amd peptidase M4  39.01 
 
 		 385 aa  263  2e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5305  PepSY-associated TM helix domain protein  39.08 
 
 		 385 aa  256  2.0000000000000002e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0359696 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3179  TonB-dependent receptor, plug  28.87 
 
 		 788 aa  249  2e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0200  transmembrane protein  37.03 
 
 		 394 aa  246  1.9999999999999999e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.426608 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4267  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.48 
 
 		 482 aa  243  1e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.230745  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0020  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  38.29 
 
 		 425 aa  240  1e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1313  Propeptide PepSY amd peptidase M4  36.41 
 
 		 405 aa  227  9e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2283  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.7 
 
 		 382 aa  223  1.9999999999999999e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.882817  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1251  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.77 
 
 		 369 aa  209  2e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0684  hypothetical protein  35.2 
 
 		 406 aa  201  5e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.15671  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07035  putative iron-regulated transmembrane protein  34.95 
 
 		 377 aa  196  3e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.346517  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  34.14 
 
 		 369 aa  184  7e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1730  PepSY-associated TM helix domain protein  32.49 
 
 		 384 aa  177  7e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2784  PepSY-associated TM helix domain protein  33.24 
 
 		 371 aa  167  1.0000000000000001e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000955959  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4297  PepSY-associated TM helix domain protein  28.89 
 
 		 410 aa  162  5e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.984499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0213  PepSY-associated TM helix domain protein  30.65 
 
 		 388 aa  160  1e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0764  PepSY-associated TM helix domain protein  30.85 
 
 		 360 aa  152  3e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.346881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3757  iron uptake protein  35.17 
 
 		 459 aa  152  4e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.251046  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11438  putative sulfite reductase flavoprotein component  28.06 
 
 		 381 aa  150  1.0000000000000001e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0860  flavodoxin/nitric oxide synthase  26.92 
 
 		 849 aa  116  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0890  flavodoxin/nitric oxide synthase  26.41 
 
 		 850 aa  115  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.208883  normal  0.710482 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0797  flavodoxin/nitric oxide synthase  27.43 
 
 		 842 aa  115  7.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292991 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4318  flavodoxin/nitric oxide synthase  25.43 
 
 		 851 aa  112  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00140327 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0903  flavodoxin/nitric oxide synthase  25.9 
 
 		 850 aa  111  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127756  hitchhiker  0.00576689 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4243  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:PepSY-associated TM helix:flavodoxin/nitric oxide synthase  24.57 
 
 		 840 aa  102  5e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4238  PepSY-associated TM helix  26.8 
 
 		 397 aa  101  8e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.593429 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6053  hypothetical protein  28.03 
 
 		 388 aa  95.5  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4558  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.78 
 
 		 409 aa  93.2  3e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179796 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5127  oxidoreductase  26.12 
 
 		 850 aa  92  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0793  flavodoxin/nitric oxide synthase  25.44 
 
 		 843 aa  90.5  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58560  oxidoreductase  25.33 
 
 		 850 aa  86.7  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0007  PepSY-associated TM helix domain protein  25.2 
 
 		 381 aa  84  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4569  iron-uptake factor  25.4 
 
 		 822 aa  83.6  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0971  hypothetical protein  24.74 
 
 		 381 aa  79.7  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.31513  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4883  hypothetical protein  26.34 
 
 		 379 aa  79.3  0.0000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.740599  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0298  PepSY-associated TM helix family protein  24.27 
 
 		 374 aa  78.6  0.0000000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0757143  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0250  TonB-dependent receptor plug  29.71 
 
 		 597 aa  78.2  0.0000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3375  hypothetical protein  24.68 
 
 		 383 aa  78.2  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0248134  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1565  PepSY-associated TM helix domain protein  23.39 
 
 		 381 aa  77  0.000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0530  flavodoxin/nitric oxide synthase  24.37 
 
 		 885 aa  76.6  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016747 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2403  PepSY-associated TM helix  24.04 
 
 		 393 aa  76.6  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2094  putative bifunctional protein: sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component; iron-uptake factor  24.93 
 
 		 372 aa  77  0.000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39830  hypothetical protein  24.42 
 
 		 383 aa  77  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.123723  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1027  hypothetical protein  25.06 
 
 		 444 aa  76.6  0.000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.203435  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02819  iron-uptake factor  25 
 
 		 844 aa  76.6  0.000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4788  flavodoxin/nitric oxide synthase  26.65 
 
 		 892 aa  75.9  0.000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2122  PepSY-associated TM helix domain protein  25.86 
 
 		 389 aa  75.9  0.000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000205192  normal  0.356963 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5028  flavodoxin/nitric oxide synthase  24.62 
 
 		 849 aa  75.5  0.000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0237  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.61 
 
 		 435 aa  74.7  0.000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.613226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7219  TonB-dependent receptor  32.03 
 
 		 698 aa  74.3  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4347  TonB-dependent receptor  31.28 
 
 		 642 aa  74.7  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2341  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.99 
 
 		 389 aa  74.7  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000753672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2134  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.85 
 
 		 389 aa  74.3  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.674924  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2548  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  24.47 
 
 		 390 aa  72.8  0.00000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.023404  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3886  TonB-dependent receptor  33.56 
 
 		 642 aa  73.2  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.322303 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  27.73 
 
 		 653 aa  72.8  0.00000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0714  hypothetical protein  31.43 
 
 		 362 aa  72.4  0.00000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0335793 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1802  putative oxidoreductase  25.6 
 
 		 385 aa  71.6  0.00000000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12440  sulfite reductase (NADPH) flavoprotein alpha-component/ iron-regulated membrane protein  24.87 
 
 		 783 aa  71.2  0.00000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91057  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 		 626 aa  71.2  0.0000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1485  TonB-dependent receptor  32.21 
 
 		 735 aa  70.9  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.22369 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1444  PepSY-associated TM helix  27.34 
 
 		 396 aa  71.2  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.156778  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0201  peptidase  22.6 
 
 		 451 aa  70.5  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2319  propeptide, PepSY amd peptidase M4  24.38 
 
 		 461 aa  69.7  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1651  TonB-dependent receptor  25.87 
 
 		 648 aa  69.3  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.613844 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52120  TonB-dependent receptor  27.78 
 
 		 668 aa  69.7  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.618776  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4253  PepSY-associated TM helix  30.4 
 
 		 408 aa  69.7  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0667  PepSY-associated TM helix  22.9 
 
 		 405 aa  69.3  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4173  TonB-dependent receptor  31.21 
 
 		 638 aa  68.9  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.422037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  26.32 
 
 		 626 aa  69.3  0.0000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2666  putative uncharacterized iron-regulated membrane protein  29.91 
 
 		 382 aa  68.9  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0181017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  29.72 
 
 		 398 aa  68.9  0.0000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  27.16 
 
 		 593 aa  68.6  0.0000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4648  TonB-dependent receptor  29.1 
 
 		 653 aa  68.9  0.0000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.34211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3462  TonB-dependent receptor  33.85 
 
 		 668 aa  68.2  0.0000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  24.26 
 
 		 623 aa  67.8  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5855  TonB-dependent receptor  28.9 
 
 		 642 aa  67.4  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.699256  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3613  TonB-dependent receptor plug  33.83 
 
 		 664 aa  66.6  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.659898  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1822  PepSY-associated TM helix  23.56 
 
 		 428 aa  67  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.646512  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3545  TonB-dependent receptor  33.83 
 
 		 666 aa  66.6  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4452  TonB-dependent receptor  30.22 
 
 		 642 aa  67.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>