More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_5799 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_5799  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  610  1e-173  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2124  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  50 
 
 		 320 aa  286  2.9999999999999996e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.797631  normal  0.149196 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2150  LysR family substrate binding transcriptional regulator  49.67 
 
 		 320 aa  285  8e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.651941  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2259  LysR family transcriptional regulator  49.67 
 
 		 314 aa  283  2.0000000000000002e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1695  LysR family transcriptional regulator  48.17 
 
 		 299 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0814  LysR family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 295 aa  265  7e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.35587  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1564  LysR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 295 aa  265  8e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2039  LysR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 295 aa  265  8e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.479863  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0603  LysR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 295 aa  265  8e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0718  LysR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 295 aa  265  8e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.921816  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2198  LysR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 295 aa  265  8e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158475  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2111  LysR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 295 aa  265  8e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.308302  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0788  LysR family transcriptional regulator  52.01 
 
 		 334 aa  264  1e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  37.66 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3079  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 300 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.149584  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0204  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 339 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0888  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 300 aa  146  5e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3933  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 306 aa  145  8.000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6251  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 327 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6469  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 305 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5969  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0037011 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5605  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 291 aa  136  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1231  transcriptional regulator, LysR family  29.1 
 
 		 298 aa  133  5e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.214878  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5799  transcriptional regulator, LysR family  28.95 
 
 		 332 aa  132  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2901  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 325 aa  131  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0129461 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2124  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 297 aa  115  6e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.01237  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  29.02 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1507  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 304 aa  112  6e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5281  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 310 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3458  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 310 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1845  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.136314  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1667  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 321 aa  109  6e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1946  transcriptional regulator, LysR family  27.5 
 
 		 316 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3622  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2882  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 320 aa  106  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130369 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2365  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 310 aa  106  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 317 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 311 aa  106  6e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1892  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 304 aa  105  8e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0154443  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3970  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 310 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2577  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 310 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571324  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5126  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 310 aa  104  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0428454 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  27.88 
 
 		 363 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 307 aa  103  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3549  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 310 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 296 aa  103  5e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 296 aa  102  6e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 294 aa  102  6e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  27.92 
 
 		 311 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5771  transcriptional regulator LysR family  30.94 
 
 		 307 aa  97.8  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 294 aa  97.1  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4468  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 315 aa  97.4  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 296 aa  96.3  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 294 aa  96.3  6e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 311 aa  96.3  6e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 303 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0007  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 324 aa  95.1  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  24.81 
 
 		 296 aa  94.4  2e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3053  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 309 aa  94.4  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.979958  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4974  transcriptional regulator, LysR family  30.65 
 
 		 301 aa  93.6  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19467  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 307 aa  93.2  5e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 294 aa  93.2  5e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 294 aa  93.2  5e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0960  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 295 aa  92.4  7e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.234863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2571  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 292 aa  92.8  7e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.159237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 294 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4579  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 303 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3879  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 303 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0569  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 290 aa  91.7  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 321 aa  92  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0724  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 327 aa  91.3  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.546759 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1310  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 303 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000494191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5155  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 303 aa  90.9  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 347 aa  91.3  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0382  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 317 aa  90.9  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3349  LysR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 297 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 296 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 298 aa  90.9  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3213  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 283 aa  90.9  3e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.146504  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3810  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 293 aa  90.9  3e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430923 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3815  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 361 aa  90.1  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407942 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3582  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 342 aa  90.1  4e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283353  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4785  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 342 aa  90.1  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0237769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4100  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 303 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2122  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 297 aa  89.7  5e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.303428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 296 aa  90.1  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0354  transcriptional regulator OxyR  27.53 
 
 		 317 aa  89.4  6e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.241733  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 348 aa  89.7  6e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5498  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 345 aa  89.7  6e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0321  transcriptional regulator OxyR  27.53 
 
 		 325 aa  89.4  7e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4170  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 349 aa  88.6  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 287 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5056  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 375 aa  88.2  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0334022  normal  0.243634 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2588  transcriptional regulator, LysR family protein  26.03 
 
 		 293 aa  87.8  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0357  transcriptional regulator  31.98 
 
 		 286 aa  87  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.449267  unclonable  0.0000000664485 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1747  transcriptional regulator, LysR family  26.97 
 
 		 283 aa  87  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.337394  normal  0.482419 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 307 aa  87  3e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>